seq1 = pF1KB4035.tfa, 1419 bp
seq2 = pF1KB4035/gi568815593r_88622607.tfa (gi568815593r:88622607_88923788), 301182 bp

>pF1KB4035 1419
>gi568815593r:88622607_88923788 (Chr5)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-258  (118988-119191)   100% ->
259-402  (162461-162604)   100% ->
403-589  (171746-171932)   100% ->
590-637  (174672-174719)   100% ->
638-810  (191888-192060)   100% ->
811-834  (193555-193578)   100% ->
835-964  (194442-194571)   100% ->
965-1100  (195161-195296)   100% ->
1101-1419  (200864-201182)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGAAAAAAGATTCAGATTACGAGGATTATGGATGAACGTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGAAAAAAGATTCAGATTACGAGGATTATGGATGAACGTAACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAG         GTGACATTTACAAAGAGGAAATTTGGGTTGATGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGGTG...TAGGTGACATTTACAAAGAGGAAATTTGGGTTGATGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCTTATGAGCTGAGCGTGCTGTGTGACTGTGAGATTGCGCTGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119025 AGGCTTATGAGCTGAGCGTGCTGTGTGACTGTGAGATTGCGCTGATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAACAGCACCAACAAGCTGTTCCAGTATGCCAGCACCGACATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119075 TTCAACAGCACCAACAAGCTGTTCCAGTATGCCAGCACCGACATGGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGCTTCTCAAGTACACGGAGTACAACGAGCCGCATGAGAGCCGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119125 AGTGCTTCTCAAGTACACGGAGTACAACGAGCCGCATGAGAGCCGGACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTCAGACATCGTGGAG         ACGTTGAGAAAGAAGGGCCTTAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119175 ACTCAGACATCGTGGAGGTG...CAGACGTTGAGAAAGAAGGGCCTTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTGTGACAGCCCAGACCCCGATGCGGACGATTCCGTAGGTCACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162485 GGCTGTGACAGCCCAGACCCCGATGCGGACGATTCCGTAGGTCACAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGTCTGAGGACAAGTACAGGAAAATTAACGAAGATATTGATCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162535 TGAGTCTGAGGACAAGTACAGGAAAATTAACGAAGATATTGATCTAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGCAGGCAAAGATTGTGT         GCTGTTCCACCTCCCAACTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 162585 TCAGCAGGCAAAGATTGTGTGTA...CAGGCTGTTCCACCTCCCAACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATGCCAGTCTCCATCCCAGTGTCCAGCCACAACAGTTTGGTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171767 GAGATGCCAGTCTCCATCCCAGTGTCCAGCCACAACAGTTTGGTGTACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACCCTGTCAGCTCACTGGGAAACCCCAACCTATTGCCACTGGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171817 CAACCCTGTCAGCTCACTGGGAAACCCCAACCTATTGCCACTGGCTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTCTCTGCAGAGGAATAGTATGTCTCCTGGTGTAACACATCGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171867 CTTCTCTGCAGAGGAATAGTATGTCTCCTGGTGTAACACATCGACCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTGCAGGTAACACAG         GTGGTCTGATGGGTGGAGACCTCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 171917 AGTGCAGGTAACACAGGTA...TAGGTGGTCTGATGGGTGGAGACCTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCTGGTGCAGGCACCAGTGCAG         GGAACGGGTATGGCAATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 174697 GTCTGGTGCAGGCACCAGTGCAGGTA...CAGGGAACGGGTATGGCAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCGAAACTCACCAGGTCTGCTGGTCTCACCTGGTAACTTGAACAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191906 CCCGAAACTCACCAGGTCTGCTGGTCTCACCTGGTAACTTGAACAAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGCAAGCAAAATCTCCTCCCCCAATGAATTTAGGAATGAATAACCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191956 ATGCAAGCAAAATCTCCTCCCCCAATGAATTTAGGAATGAATAACCGTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCAGATCTCCGAGTTCTTATTCCACCAGGCAGCAAGAATACGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192006 ACCAGATCTCCGAGTTCTTATTCCACCAGGCAGCAAGAATACGATGCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGTG         TCTGAGGATGTCGACCTGCTTTTG         AAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 192056 CAGTGGTA...CAGTCTGAGGATGTCGACCTGCTTTTGGTA...AAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAAGGATAAATAACTCCCAGTCGGCTCAGTCATTGGCTACCCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194445 CAAAGGATAAATAACTCCCAGTCGGCTCAGTCATTGGCTACCCCAGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCCGTAGCAACTCCTACTTTACCAGGACAAGGAATGGGAGGATATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194495 TTCCGTAGCAACTCCTACTTTACCAGGACAAGGAATGGGAGGATATCCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGCCATTTCAACAACATATGGTACCG         AGTACTCTCTGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 194545 CAGCCATTTCAACAACATATGGTACCGGTG...TAGAGTACTCTCTGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTGCAGACCTGTCATCTCTGTCTGGGTTTAACACCGCCAGCGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195175 AGTGCAGACCTGTCATCTCTGTCTGGGTTTAACACCGCCAGCGCTCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTTGGTTCAGTAACTGGCTGGCAACAGCAACACCTACATAACATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195225 CCTTGGTTCAGTAACTGGCTGGCAACAGCAACACCTACATAACATGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATCTGCCCTCAGTCAGTTGGG         AGCTTGCACTAGCACTCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 195275 CATCTGCCCTCAGTCAGTTGGGGTA...CAGAGCTTGCACTAGCACTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTATCTCAGAGTTCAAATCTCTCCCTGCCTTCTACTCAAAGCCTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200883 TTATCTCAGAGTTCAAATCTCTCCCTGCCTTCTACTCAAAGCCTCAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAAGTCAGAACCTGTTTCTCCTCCTAGAGACCGTACCACCACCCCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200933 CAAGTCAGAACCTGTTTCTCCTCCTAGAGACCGTACCACCACCCCTTCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GATACCCACAACACACGCGCCACGAGGCGGGGAGATCTCCTGTTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200983 GATACCCACAACACACGCGCCACGAGGCGGGGAGATCTCCTGTTGACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGAGCAGCTGTAGCAGTTCGTACGACGGGAGCGACCGAGAGGATCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201033 TTGAGCAGCTGTAGCAGTTCGTACGACGGGAGCGACCGAGAGGATCACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAACGAATTCCACTCCCCCATTGGACTCACCAGACCTTCGCCGGACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201083 GAACGAATTCCACTCCCCCATTGGACTCACCAGACCTTCGCCGGACGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGGAAAGTCCCTCAGTCAAGCGCATGCGACTTTCTGAAGGATGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201133 GGGAAAGTCCCTCAGTCAAGCGCATGCGACTTTCTGAAGGATGGGCAACA