seq1 = pF1KB4031.tfa, 2370 bp
seq2 = pF1KB4031/gi568815589f_97540793.tfa (gi568815589f:97540793_97771196), 230404 bp

>pF1KB4031 2370
>gi568815589f:97540793_97771196 (Chr9)

1-34  (93090-93123)   100% ->
35-123  (100002-100090)   100% ->
124-224  (100770-100870)   100% ->
225-381  (102412-102568)   100% ->
382-489  (104325-104432)   99% ->
490-611  (104819-104940)   100% ->
612-681  (106700-106769)   100% ->
682-897  (107216-107431)   100% ->
898-995  (109711-109808)   100% ->
996-1059  (110518-110581)   100% ->
1060-1170  (113006-113116)   100% ->
1171-1235  (114088-114152)   100% ->
1236-1298  (114910-114972)   100% ->
1299-1373  (115219-115293)   100% ->
1374-1477  (117848-117951)   100% ->
1478-1600  (120154-120276)   100% ->
1601-1703  (121250-121352)   100% ->
1704-1797  (122162-122255)   100% ->
1798-1901  (123548-123651)   100% ->
1902-2016  (125971-126085)   100% ->
2017-2145  (128054-128182)   100% ->
2146-2259  (128801-128914)   100% ->
2260-2370  (130294-130404)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGGCGGCGGCACAGCGACGAGAACGACG         GTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  93090 ATGTCGCGGCGGCGGCACAGCGACGAGAACGACGGTG...TAGGTGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCTCACAAAAGGAGAAAGACCTCTGATGCAAATGAAACTGAAGATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GCCTCACAAAAGGAGAAAGACCTCTGATGCAAATGAAACTGAAGATCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAATCTTTAATATGTAAAGTAGGAGAAAAG         AGTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100059 TGGAATCTTTAATATGTAAAGTAGGAGAAAAGGTA...CAGAGTGCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCTTTGGAGAGCAACCTAGAAGGCTTGGCTGGTGTTTTGGAAGCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100779 TCTTTGGAGAGCAACCTAGAAGGCTTGGCTGGTGTTTTGGAAGCTGATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTAACTACAAGAGCAAGATCTTAAGGCTTCTTTGTACAGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100829 TCCTAACTACAAGAGCAAGATCTTAAGGCTTCTTTGTACAGTGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  TGCACGCCTATTACCTGAGAAGCTGACAATTTATACAACATTAGTTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 GTGCACGCCTATTACCTGAGAAGCTGACAATTTATACAACATTAGTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTACTGAATGCCAGGAATTACAATTTTGGTGGAGAATTTGTAGAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 CTACTGAATGCCAGGAATTACAATTTTGGTGGAGAATTTGTAGAAGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTCGTCAACTTAAAGAATCATTGAAAGCAAACAATTATAATGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 GATTCGTCAACTTAAAGAATCATTGAAAGCAAACAATTATAATGAAGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTATTTG         GTCCGTTTTTTATCTGATCTTGTGAATTGTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 TGTATTTGGTA...CAGGTCCGTTTTTTATCTGATCTTGTGAATTGTCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGATTGCCGCCCCATCAATGGTTGCTATGTTTGAAAATTTTGTAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 GTGATTGCCGCCCCATCAATGGTTGCTATGTTTGAAAATTTTGTAAGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACTCAGGAAGATGATGTACCTCAG         GTGCGACGAGATTGGT
        |||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104408 AACTCAGGAAGAAGATGTACCTCAGGTA...TAGGTGCGACGAGATTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGTGTATGCATTTCTGTCATCTTTGCCCTGGGTTGGAAAGGAGTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 ATGTGTATGCATTTCTGTCATCTTTGCCCTGGGTTGGAAAGGAGTTGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAAGAAAGATGCAGAGATGGACCGCATCTTTGCCAACACTGAAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104885 GAAAAGAAAGATGCAGAGATGGACCGCATCTTTGCCAACACTGAAAGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTTAA         AAGACGCCAAAAGACTCATGTACCCATGTTACAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104935 TCTTAAGTA...TAGAAGACGCCAAAAGACTCATGTACCCATGTTACAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TATGGACTGCTGATAAACCACATCCACAAGAAGAG         TATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106735 TATGGACTGCTGATAAACCACATCCACAAGAAGAGGTA...TAGTATTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATTGCCTGTGGGCCCAGATTCAGAAATTGAAAAAGGATCGCTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 GATTGCCTGTGGGCCCAGATTCAGAAATTGAAAAAGGATCGCTGGCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACGGCACATCCTAAGACCTTATCTTGCCTTTGACAGCATCCTGTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 ACGGCACATCCTAAGACCTTATCTTGCCTTTGACAGCATCCTGTGTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACTGCAGCACAATCTGCCTCCTTTTACACCACCTCCTCACACTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107322 CACTGCAGCACAATCTGCCTCCTTTTACACCACCTCCTCACACTGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAGTGTACCCAATGCCAAGGGTCATCTTCAGAATGTTTGATTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107372 TCAGTGTACCCAATGCCAAGGGTCATCTTCAGAATGTTTGATTACACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGATCCCGAG         GGTCCTGTCATGCCAGGGAGTCATTCAGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107422 TGATCCCGAGGTA...CAGGGTCCTGTCATGCCAGGGAGTCATTCAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAGATTTGTAATAGAAGAGAATCTTCACTGCATCATTAAGTCCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109742 AAAGATTTGTAATAGAAGAGAATCTTCACTGCATCATTAAGTCCCACTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGAAAGGAAGACTTG         TGCTGCACAGTTAGTGAGCTATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109792 AAGGAAAGGAAGACTTGGTA...TAGTGCTGCACAGTTAGTGAGCTATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGGGAAGAACAAGATCCCCTTGAACTACCACATAGTTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110542 AGGGAAGAACAAGATCCCCTTGAACTACCACATAGTTGAGGTA...TAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGATCTTTGCAGAGCTGTTTCAACTTCCAGCACCCCCTCACATTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113007 TGATCTTTGCAGAGCTGTTTCAACTTCCAGCACCCCCTCACATTGATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGTACACAACACTCCTCATTGAACTGTGCAAACTTCAACCTGGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113057 ATGTACACAACACTCCTCATTGAACTGTGCAAACTTCAACCTGGCTCTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACCCCAAGTT         CTTGCACAGGCAACTGAAATGCTATACATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113107 ACCCCAAGTTGTA...CAGCTTGCACAGGCAACTGAAATGCTATACATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTTTGGACACAATGAACACTACCTGTGTAGACAG         GTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114119 GTTTGGACACAATGAACACTACCTGTGTAGACAGGTA...TAGGTTTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AATTGGTTTTCTCATCATCTAAGTAACTTCCAGTTCCGTTGGAGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114917 AATTGGTTTTCTCATCATCTAAGTAACTTCCAGTTCCGTTGGAGCTGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGATTG         GTCAGATTGTCTTAGTCAAGATCCTGAAAGTCCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114967 AGATTGGTA...TAGGTCAGATTGTCTTAGTCAAGATCCTGAAAGTCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AACCGAAGTTTGTAAGAGAAGTTCTAGAAAAATGTATGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115254 AACCGAAGTTTGTAAGAGAAGTTCTAGAAAAATGTATGAGGTA...TAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTGTCTTACCATCAGCGTATATTAGATATTGTTCCTCCTACCTTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117849 TTGTCTTACCATCAGCGTATATTAGATATTGTTCCTCCTACCTTCTCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TCTGTGTCCTGCAAACCCAACCTGCATTTACAAGTATGGAGATGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117899 TCTGTGTCCTGCAAACCCAACCTGCATTTACAAGTATGGAGATGAAAGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GCA         ATTCTCTTCCTGGACATTCTGTTGCCCTCTGTTTAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117949 GCAGTA...TAGATTCTCTTCCTGGACATTCTGTTGCCCTCTGTTTAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GTTGCCTTTAAAAGTAAGGCAACCAATGATGAAATCTTCAGCATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120192 GTTGCCTTTAAAAGTAAGGCAACCAATGATGAAATCTTCAGCATTCTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 AGATGTACCAAATCCTAACCAGGATGATGACGACG         ATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120242 AGATGTACCAAATCCTAACCAGGATGATGACGACGGTA...CAGATGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GATTCAGTTTTAACCCATTGAAAATAGAAGTCTTTGTACAGACTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121256 GATTCAGTTTTAACCCATTGAAAATAGAAGTCTTTGTACAGACTCTGCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CACTTGGCAGCCAAATCATTCAGCCACTCCTTCAGTGCTCTTGCAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121306 CACTTGGCAGCCAAATCATTCAGCCACTCCTTCAGTGCTCTTGCAAAGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1704       GTTTCATGAAGTCTTCAAAACCCTAGCTGAAAGTGATGAAGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121356 ...AAGGTTTCATGAAGTCTTCAAAACCCTAGCTGAAAGTGATGAAGGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGTTACATGTGCTAAGAGTTATGTTTGAGGTCTGGAGGAACCATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122206 AGTTACATGTGCTAAGAGTTATGTTTGAGGTCTGGAGGAACCATCCACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798          ATGATTGCTGTACTAGTGGATAAGATGATTCGTACACAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122256 GTA...TAGATGATTGCTGTACTAGTGGATAAGATGATTCGTACACAAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 AGTTGATTGTGCTGCCGTAGCAAATTGGATCTTCTCTTCAGAACTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123589 AGTTGATTGTGCTGCCGTAGCAAATTGGATCTTCTCTTCAGAACTATCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GTGACTTTACCAG         ATTGTTTGTTTGGGAAATTTTGCACTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123639 GTGACTTTACCAGGTA...AAGATTGTTTGTTTGGGAAATTTTGCACTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ACAATTCGTAAGATGAACAAACATGTCCTGAAGATCCAGAAAGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125999 ACAATTCGTAAGATGAACAAACATGTCCTGAAGATCCAGAAAGAGCTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 AGAAGCTAAAGAGAAACTTGCTAGGCAACACAAACGG         CGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126049 AGAAGCTAAAGAGAAACTTGCTAGGCAACACAAACGGGTA...TAGCGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 GTGATGATGACGACAGAAGCAGTGACAGGAAAGACGGGGTTCTTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128058 GTGATGATGACGACAGAAGCAGTGACAGGAAAGACGGGGTTCTTGAGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CAAATAGAACGACTTCAGGAAAAAGTGGAATCTGCTCAGAGTGAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128108 CAAATAGAACGACTTCAGGAAAAAGTGGAATCTGCTCAGAGTGAACAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GAATCTTTTCCTCGTTATATTTCAG         CGGTTTATCATGATCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128158 GAATCTTTTCCTCGTTATATTTCAGGTA...CAGCGGTTTATCATGATCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TGACCGAGCACCTAGTACGATGCGAAACTGATGGGACCAGTGTATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128817 TGACCGAGCACCTAGTACGATGCGAAACTGATGGGACCAGTGTATTAACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CCATGGTATAAGAACTGTATAGAGAGGCTGCAGCAGATCTTCCTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128867 CCATGGTATAAGAACTGTATAGAGAGGCTGCAGCAGATCTTCCTACAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2260        CATCACCAAATAATCCAGCAGTACATGGTGACCCTGGAGAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128917 A...CAGCATCACCAAATAATCCAGCAGTACATGGTGACCCTGGAGAACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 TTCTCTTCACTGCTGAATTAGACCCTCATATCTTGGCCGTGTTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130337 TTCTCTTCACTGCTGAATTAGACCCTCATATCTTGGCCGTGTTCCAGCAG

   2550     .    :    .
   2353 TTCTGTGCCCTGCAGGCC
        ||||||||||||||||||
 130387 TTCTGTGCCCTGCAGGCC