seq1 = pF1KB4020.tfa, 1992 bp
seq2 = pF1KB4020/gi568815597f_156014919.tfa (gi568815597f:156014919_156238757), 223839 bp

>pF1KB4020 1992
>gi568815597f:156014919_156238757 (Chr1)

1-356  (100001-100356)   100% ->
357-513  (115699-115855)   100% ->
514-639  (119485-119610)   100% ->
640-810  (119887-120057)   100% ->
811-936  (120269-120394)   100% ->
937-1157  (120983-121203)   100% ->
1158-1380  (121296-121518)   100% ->
1381-1488  (122003-122110)   100% ->
1489-1608  (122195-122314)   100% ->
1609-1698  (122736-122825)   100% ->
1699-1968  (123570-123839)   100% ->
1969-1992  (124162-124185)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCCCGTCCCAGCGGCGCGCCACCCGCAGCGGGGCGCAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCCCGTCCCAGCGGCGCGCCACCCGCAGCGGGGCGCAGGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCACTCCGCTGTCGCCCACCCGCATCACCCGGCTGCAGGAGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCACTCCGCTGTCGCCCACCCGCATCACCCGGCTGCAGGAGAAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCAGGAGCTCAATGATCGCTTGGCGGTCTACATCGACCGTGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCAGGAGCTCAATGATCGCTTGGCGGTCTACATCGACCGTGTGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCTGGAAACGGAGAACGCAGGGCTGCGCCTTCGCATCACCGAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGCTGGAAACGGAGAACGCAGGGCTGCGCCTTCGCATCACCGAGTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGGTGGTCAGCCGCGAGGTGTCCGGCATCAAGGCCGCCTACGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGGTGGTCAGCCGCGAGGTGTCCGGCATCAAGGCCGCCTACGAGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTCGGGGATGCCCGCAAGACCCTTGACTCAGTAGCCAAGGAGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTCGGGGATGCCCGCAAGACCCTTGACTCAGTAGCCAAGGAGCGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCTGCAGCTGGAGCTGAGCAAAGTGCGTGAGGAGTTTAAGGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCTGCAGCTGGAGCTGAGCAAAGTGCGTGAGGAGTTTAAGGAGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCGCG         CAATACCAAGAAGGAGGGTGACCTGATAGCTGCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCGCGGTG...TAGCAATACCAAGAAGGAGGGTGACCTGATAGCTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCTCGGCTGAAGGACCTGGAGGCTCTGCTGAACTCCAAGGAGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115734 AGGCTCGGCTGAAGGACCTGGAGGCTCTGCTGAACTCCAAGGAGGCCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGAGCACTGCTCTCAGTGAGAAGCGCACGCTGGAGGGCGAGCTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115784 CTGAGCACTGCTCTCAGTGAGAAGCGCACGCTGGAGGGCGAGCTGCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTGCGGGGCCAGGTGGCCAAG         CTTGAGGCAGCCCTAGGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115834 TCTGCGGGGCCAGGTGGCCAAGGTG...CAGCTTGAGGCAGCCCTAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGCCAAGAAGCAACTTCAGGATGAGATGCTGCGGCGGGTGGATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119504 AGGCCAAGAAGCAACTTCAGGATGAGATGCTGCGGCGGGTGGATGCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACAGGCTGCAGACCATGAAGGAGGAACTGGACTTCCAGAAGAACATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119554 AACAGGCTGCAGACCATGAAGGAGGAACTGGACTTCCAGAAGAACATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGTGAG         GAGCTGCGTGAGACCAAGCGCCGTCATGAGACCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119604 CAGTGAGGTG...CAGGAGCTGCGTGAGACCAAGCGCCGTCATGAGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GACTGGTGGAGATTGACAATGGGAAGCAGCGTGAGTTTGAGAGCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119921 GACTGGTGGAGATTGACAATGGGAAGCAGCGTGAGTTTGAGAGCCGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCGGATGCGCTGCAGGAACTGCGGGCCCAGCATGAGGACCAGGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119971 GCGGATGCGCTGCAGGAACTGCGGGCCCAGCATGAGGACCAGGTGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTATAAGAAGGAGCTGGAGAAGACTTATTCTGCCAAG         CTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120021 GTATAAGAAGGAGCTGGAGAAGACTTATTCTGCCAAGGTG...CAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAATGCCAGGCAGTCTGCTGAGAGGAACAGCAACCTGGTGGGGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120273 ACAATGCCAGGCAGTCTGCTGAGAGGAACAGCAACCTGGTGGGGGCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACGAGGAGCTGCAGCAGTCGCGCATCCGCATCGACAGCCTCTCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120323 CACGAGGAGCTGCAGCAGTCGCGCATCCGCATCGACAGCCTCTCTGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTCAGCCAGCTCCAGAAGCAG         CTGGCAGCCAAGGAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120373 GCTCAGCCAGCTCCAGAAGCAGGTG...CAGCTGGCAGCCAAGGAGGCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCTTCGAGACCTGGAGGACTCACTGGCCCGTGAGCGGGACACCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 AGCTTCGAGACCTGGAGGACTCACTGGCCCGTGAGCGGGACACCAGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGGCTGCTGGCGGAAAAGGAGCGGGAGATGGCCGAGATGCGGGCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121052 CGGCTGCTGGCGGAAAAGGAGCGGGAGATGGCCGAGATGCGGGCAAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCAGCAGCAGCTGGACGAGTACCAGGAGCTTCTGGACATCAAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121102 GCAGCAGCAGCTGGACGAGTACCAGGAGCTTCTGGACATCAAGCTGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGACATGGAGATCCACGCCTACCGCAAGCTCTTGGAGGGCGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121152 TGGACATGGAGATCCACGCCTACCGCAAGCTCTTGGAGGGCGAGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AG         GCTACGCCTGTCCCCCAGCCCTACCTCGCAGCGCAGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121202 AGGTG...CAGGCTACGCCTGTCCCCCAGCCCTACCTCGCAGCGCAGCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGCCGTGCTTCCTCTCACTCATCCCAGACACAGGGTGGGGGCAGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121335 TGGCCGTGCTTCCTCTCACTCATCCCAGACACAGGGTGGGGGCAGCGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAAAAAGCGCAAACTGGAGTCCACTGAGAGCCGCAGCAGCTTCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121385 CCAAAAAGCGCAAACTGGAGTCCACTGAGAGCCGCAGCAGCTTCTCACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CACGCACGCACTAGCGGGCGCGTGGCCGTGGAGGAGGTGGATGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121435 CACGCACGCACTAGCGGGCGCGTGGCCGTGGAGGAGGTGGATGAGGAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAAGTTTGTCCGGCTGCGCAACAAGTCCAATGAG         GACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121485 CAAGTTTGTCCGGCTGCGCAACAAGTCCAATGAGGTA...CAGGACCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCATGGGCAATTGGCAGATCAAGCGCCAGAATGGAGATGATCCCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122010 CCATGGGCAATTGGCAGATCAAGCGCCAGAATGGAGATGATCCCTTGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 ACTTACCGGTTCCCACCAAAGTTCACCCTGAAGGCTGGGCAGGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122060 ACTTACCGGTTCCCACCAAAGTTCACCCTGAAGGCTGGGCAGGTGGTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 G         ATCTGGGCTGCAGGAGCTGGGGCCACCCACAGCCCCCCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122110 GGTG...CAGATCTGGGCTGCAGGAGCTGGGGCCACCCACAGCCCCCCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCGACCTGGTGTGGAAGGCACAGAACACCTGGGGCTGCGGGAACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122235 CCGACCTGGTGTGGAAGGCACAGAACACCTGGGGCTGCGGGAACAGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CGTACGGCTCTCATCAACTCCACTGGGGAA         GAAGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122285 CGTACGGCTCTCATCAACTCCACTGGGGAAGTA...CAGGAAGTGGCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCGCAAGCTGGTGCGCTCAGTGACTGTGGTTGAGGACGACGAGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122747 GCGCAAGCTGGTGCGCTCAGTGACTGTGGTTGAGGACGACGAGGATGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGGAGATGACCTGCTCCATCACCACCAC         GGCTCCCACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122797 ATGGAGATGACCTGCTCCATCACCACCACGTG...CAGGGCTCCCACTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGCAGCTCGGGGGACCCCGCTGAGTACAACCTGCGCTCGCGCACCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123582 AGCAGCTCGGGGGACCCCGCTGAGTACAACCTGCGCTCGCGCACCGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GTGCGGGACCTGCGGGCAGCCTGCCGACAAGGCATCTGCCAGCGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123632 GTGCGGGACCTGCGGGCAGCCTGCCGACAAGGCATCTGCCAGCGGCTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GAGCCCAGGTGGGCGGACCCATCTCCTCTGGCTCTTCTGCCTCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123682 GAGCCCAGGTGGGCGGACCCATCTCCTCTGGCTCTTCTGCCTCCAGTGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ACGGTCACTCGCAGCTACCGCAGTGTGGGGGGCAGTGGGGGTGGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123732 ACGGTCACTCGCAGCTACCGCAGTGTGGGGGGCAGTGGGGGTGGCAGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CGGGGACAATCTGGTCACCCGCTCCTACCTCCTGGGCAACTCCAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123782 CGGGGACAATCTGGTCACCCGCTCCTACCTCCTGGGCAACTCCAGCCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GAACCCAG         AGCCCCCAGAACTGCAGCATCATG
        ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123832 GAACCCAGGTG...TAGAGCCCCCAGAACTGCAGCATCATG