seq1 = pF1KB4011.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KB4011/gi568815577r_6345561.tfa (gi568815577r:6345561_6563871), 218311 bp

>pF1KB4011 1653
>gi568815577r:6345561_6563871 (Chr21)

(complement)

1-209  (100001-100209)   100% ->
210-316  (103579-103685)   100% ->
317-451  (105817-105951)   100% ->
452-531  (106499-106578)   100% ->
532-666  (106673-106807)   100% ->
667-736  (106922-106991)   98% ->
737-828  (108203-108294)   100% ->
829-954  (109116-109241)   100% ->
955-1039  (109799-109883)   100% ->
1040-1145  (111648-111753)   99% ->
1146-1223  (112891-112968)   100% ->
1224-1358  (113226-113360)   100% ->
1359-1467  (113941-114049)   100% ->
1468-1552  (115307-115391)   100% ->
1553-1653  (118211-118311)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTCTGAGACCCCCCAGGCAGAAGTGGGGCCCACAGGCTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTCTGAGACCCCCCAGGCAGAAGTGGGGCCCACAGGCTGCCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTCAGGGCCACACTCGGCGAAGGGGAGCCTGGAGAAGGGGTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTCAGGGCCACACTCGGCGAAGGGGAGCCTGGAGAAGGGGTCCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATAAGGAAGCCAAGGAGCCCCTGTGGATCCGGCCCGATGCTCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATAAGGAAGCCAAGGAGCCCCTGTGGATCCGGCCCGATGCTCCGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGTGCACCTGGCAGCTGGGCCGGCCTGCCTCCGAGTCCCCACATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTGCACCTGGCAGCTGGGCCGGCCTGCCTCCGAGTCCCCACATCACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTGCCCC         GGCAAAATCTCCAAAAATCTTGCCAGATATTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTGCCCCGTA...CAGGGCAAAATCTCCAAAAATCTTGCCAGATATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGAAAATCGGGGACACCCCTATGGTCAGAATCAACAAGATTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103611 TGAAGAAAATCGGGGACACCCCTATGGTCAGAATCAACAAGATTGGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTTCGGCCTGAAGTGTGAGCTCT         TGGCCAAGTGTGAGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103661 AAGTTCGGCCTGAAGTGTGAGCTCTGTG...CAGTGGCCAAGTGTGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCAACGCGGGCGGGAGCGTGAAGGACCGCATCAGCCTGCGGATGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105833 CTTCAACGCGGGCGGGAGCGTGAAGGACCGCATCAGCCTGCGGATGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGATGCTGAGCGCGACGGGACGCTGAAGCCCGGGGACACGATTATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105883 AGGATGCTGAGCGCGACGGGACGCTGAAGCCCGGGGACACGATTATCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCGACATCCGGGAACACCG         GGATCGGGCTGGCCCTGGCTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105933 CCGACATCCGGGAACACCGGTG...CAGGGATCGGGCTGGCCCTGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCAGTGAGGGGCTATCGCTGCATCATCGTGATGCCAGAGAAGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106521 GGCAGTGAGGGGCTATCGCTGCATCATCGTGATGCCAGAGAAGATGAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGAAG         GTGGACGTGCTGCGGGCACTGGGGGCTGAGATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106571 CCGAGAAGGTG...CAGGTGGACGTGCTGCGGGCACTGGGGGCTGAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGAGGACGCCCACCAATGCCAGGTTCGACTCCCCGGAGTCACACGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106706 GTGAGGACGCCCACCAATGCCAGGTTCGACTCCCCGGAGTCACACGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGGCCTGGCGGCTGAAGAACGAAATCCCCAATTCTCACATCCTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106756 GGTGGCCTGGCGGCTGAAGAACGAAATCCCCAATTCTCACATCCTAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AG         TACCGCAACGCCAGCAACCCCCTGGCTCACTACGACACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 106806 AGGTG...CAGTACCGCAACGCCAGCAACCCCCTGGCTCACTATGACACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCGCTGATGAGATCCTGCAGCAGTGTGATG         GGAAGCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106961 ACCGCTGATGAGATCCTGCAGCAGTGTGATGGTG...CAGGGAAGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATGCTGGTGGCTTCAGTGGGCACGGGCGGCACCATCACGGGCATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108213 CATGCTGGTGGCTTCAGTGGGCACGGGCGGCACCATCACGGGCATTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGAAGCTGAAGGAGAAGTGTCCTGGATGCAGG         ATCATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108263 GGAAGCTGAAGGAGAAGTGTCCTGGATGCAGGGTG...CAGATCATTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGATCCCGAAGGGTCCATCCTCGCAGAGCCGGAGGAGCTGAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109125 GTGGATCCCGAAGGGTCCATCCTCGCAGAGCCGGAGGAGCTGAACCAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGCAGACAACCTACGAGGTGGAAGGGATCGGCTACGACTTCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109175 GGAGCAGACAACCTACGAGGTGGAAGGGATCGGCTACGACTTCATCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGTGCTGGACAGGACG         GTGGTGGACAAGTGGTTCAAGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109225 CGGTGCTGGACAGGACGGTA...CAGGTGGTGGACAAGTGGTTCAAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACGATGAGGAGGCGTTCACCTTTGCCCGCATGCTGATCGCGCAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109823 AACGATGAGGAGGCGTTCACCTTTGCCCGCATGCTGATCGCGCAAGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGCTGTGCG         GTGGCAGTGCTGGCAGCACGGTGGCGGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109873 GCTGCTGTGCGGTG...CAGGTGGCAGTGCTGGCAGCACGGTGGCGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCGTGAAGGCTGCGCAGGAGCTGCAGGAGGGCCAGCGCTGCGTGGTCATT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111678 CCGTGAAGGCCGCGCAGGAGCTGCAGGAGGGCCAGCGCTGCGTGGTCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGCCCGACTCAGTGCGGAACTACAT         GACCAAGTTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111728 CTGCCCGACTCAGTGCGGAACTACATGTA...CAGGACCAAGTTCCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGACAGGTGGATGCTGCAGAAGGGCTTTCTGAAGGAGGAGGACCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112906 CGACAGGTGGATGCTGCAGAAGGGCTTTCTGAAGGAGGAGGACCTCACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAAGAAGCCCTG         GTGGTGGCACCTCCGTGTTCAGGAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112956 AGAAGAAGCCCTGGTA...CAGGTGGTGGCACCTCCGTGTTCAGGAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGCCTGTCAGCCCCGCTGACCGTGCTCCCGACCATCACCTGTGGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113254 GGCCTGTCAGCCCCGCTGACCGTGCTCCCGACCATCACCTGTGGGCACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATCGAGATCCTCCGGGAGAAGGGCTTCGACCAGGCGCCCGTGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113304 CATCGAGATCCTCCGGGAGAAGGGCTTCGACCAGGCGCCCGTGGTGGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGCGGG         GGTAATCCTGGGAATGGTGACGCTTGGGAACATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113354 AGGCGGGGTC...CAGGGTAATCCTGGGAATGGTGACGCTTGGGAACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTCTCGTCCCTGCTTGCCGGGAAGGTGCAGCCGTCAGACCAAGTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113975 CTCTCGTCCCTGCTTGCCGGGAAGGTGCAGCCGTCAGACCAAGTTGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGTCATCTACAAGCAGTTCAAACAG         ATCCGCCTCACGGACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114025 AGTCATCTACAAGCAGTTCAAACAGGTA...CAGATCCGCCTCACGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CGCTGGGCAGGCTCTCGCACATCCTGGAGATGGACCACTTCGCCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115323 CGCTGGGCAGGCTCTCGCACATCCTGGAGATGGACCACTTCGCCCTGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGCACGAGCAGATCCAGT         ACCACAGCACCGGGAAGTCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115373 GTGCACGAGCAGATCCAGTGTG...CAGACCACAGCACCGGGAAGTCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TCAGCGGCAGATGGTGTTCGGGGTGGTCACCGCCATTGACTTGCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118233 TCAGCGGCAGATGGTGTTCGGGGTGGTCACCGCCATTGACTTGCTGAACT

   1750     .    :    .    :    .
   1625 TCGTGGCCGCCCAGGAGCGGGACCAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 118283 TCGTGGCCGCCCAGGAGCGGGACCAGAAG