seq1 = pF1KB4000.tfa, 642 bp
seq2 = pF1KB4000/gi568815584f_63104870.tfa (gi568815584f:63104870_63391021), 286152 bp

>pF1KB4000 642
>gi568815584f:63104870_63391021 (Chr14)

1-178  (100001-100178)   99% ->
179-237  (164241-164299)   100% ->
238-402  (176102-176266)   100% ->
403-498  (178252-178347)   100% ->
499-642  (186009-186152)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTGCAAAGAGGGAACTGACAGCAGCTGCGGCTGCAGGGGCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTGCAAAGAGGGAACTGACAGCAGCTGCGGCTGCAGGGGCAACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAAGAAGATGTTGAAGTGTGTGGTGGTGGGGGACGGTGCCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAAGAAGATGTTGAAGTGTGTGGTGGTGGGGGACGGTGCCGTGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAACCTGCCTGCTGATGAGCTACGCCAACGACGCCTTCCCAGGGGAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100101 AAACCTGCCTGCTGATGAGCTACGCCAACGACGCCTTCCCAGAGGAATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCCCACTGTGTTTGACCACTATGCAG         TTACTGTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 GTGCCCACTGTGTTTGACCACTATGCAGGTA...TAGTTACTGTGACTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAGGCAAGCAACACTTGCTCGGACTGTATGACACCGCGGGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 164254 GGGAGGCAAGCAACACTTGCTCGGACTGTATGACACCGCGGGACAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GAGGACTACAACCAGCTGAGGCCACTCTCCTACCCCAACACGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164304 ..CAGGAGGACTACAACCAGCTGAGGCCACTCTCCTACCCCAACACGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTTTTTGATCTGCTTCTCTGTCGTAAACCCTGCCTCTTACCACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176147 GTGTTTTTGATCTGCTTCTCTGTCGTAAACCCTGCCTCTTACCACAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGGAGGAATGGGTCCCCGAGCTCAAGGACTGCATGCCTCACGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176197 CCAGGAGGAATGGGTCCCCGAGCTCAAGGACTGCATGCCTCACGTGCCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTCCTCATAGGGACCCAG         ATTGATCTCCGTGATGACCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 176247 ATGTCCTCATAGGGACCCAGGTT...CAGATTGATCTCCGTGATGACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAACCTTGGCCCGTTTGCTGTATATGAAAGAGAAACCTCTCACTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178273 AAAACCTTGGCCCGTTTGCTGTATATGAAAGAGAAACCTCTCACTTACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCATGGTGTGAAGCTCGCAAAAGCG         ATCGGAGCACAGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 178323 GCATGGTGTGAAGCTCGCAAAAGCGGTA...AAGATCGGAGCACAGTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTGGAATGTTCAGCTCTGACTCAGAAAGGTCTCAAAGCGGTTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186025 ACTTGGAATGTTCAGCTCTGACTCAGAAAGGTCTCAAAGCGGTTTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGCAATCCTCACCATTTTCCACCCCAAGAAAAAGAAGAAACGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186075 GAAGCAATCCTCACCATTTTCCACCCCAAGAAAAAGAAGAAACGCTGTTC

    650     .    :    .    :    .
    615 TGAGGGTCACAGCTGCTGTTCAATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 186125 TGAGGGTCACAGCTGCTGTTCAATTATC