seq1 = pF1KB3969.tfa, 576 bp
seq2 = pF1KB3969/gi568815595r_23793098.tfa (gi568815595r:23793098_24010904), 217807 bp

>pF1KB3969 576
>gi568815595r:23793098_24010904 (Chr3)

(complement)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-340  (109856-110101)   99% ->
341-576  (117572-117807)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAGGGCTGCAAGGTTGTGGTTTGTGGATTGTTATCTGTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAGGGCTGCAAGGTTGTGGTTTGTGGATTGTTATCTGTGGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTGCAATTTTGGAGCAGCTCCTTTATGGAAATCATACTATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 AACTGCAATTTTGGAGCAGCTCCTTTATGGAAATCATACTATTGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GAATGGAAGATTGCGAAACAATGGAAGATGTATACATGGCTTCAGTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 CAGGAATGGAAGATTGCGAAACAATGGAAGATGTATACATGGCTTCAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACAGACCGAGGAGTAAAAGAACAGTTACATCTTTATGACACCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109903 GAAACAGACCGAGGAGTAAAAGAACAGTTACATCTTTATGACACCAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTACAGGAAGGCGTGGAGCTGCCAAAGCATTATTTTTCATTTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109953 TCTACAGGAAGGCGTGGAGCTGCCAAAGCATTATTTTTCATTTGCTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTTCGTTCTTGTGTACAGTGTGAATAACCTTGAATCCTTTCAAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110003 GCTTCGTTCTTGTGTACAGTGTGAATAACCTTGAATCCTTTCAAAGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCTTCTGAAGAAAGAAATCGATAAGTTCAAAGACAAAAAAGAGGTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | >
 110053 GAGCTTCTGAAGAAAGAAATCGATAAGTTCAAAGACAAAAAAGAGGCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         CAATTGTGGTATTAGGAAACAAAATCGACCTTTCTGAGCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110103 TG...TAGCAATTGTGGTATTAGGAAACAAAATCGACCTTTCTGAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACAAGTGGACGCTGAAGTGGCACAGCAGTGGGCAAAAAGTGAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117614 GACAAGTGGACGCTGAAGTGGCACAGCAGTGGGCAAAAAGTGAGAAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGACTGTGGGAGGTGACTGTTACAGATCGGAAAACTCTGATTGAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117664 AGACTGTGGGAGGTGACTGTTACAGATCGGAAAACTCTGATTGAACCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACTTTATTAGCCAGTAAACTTTCTCAACCCCAGAGCAAATCAAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117714 CACTTTATTAGCCAGTAAACTTTCTCAACCCCAGAGCAAATCAAGCTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTTGCCTGGGAGGAAAAACAAAGGGAACTCTAATTCTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117764 CTTTGCCTGGGAGGAAAAACAAAGGGAACTCTAATTCTGAGAAC