seq1 = pF1KB3968.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB3968/gi568815578f_5027093.tfa (gi568815578f:5027093_5290231), 263139 bp

>pF1KB3968 1335
>gi568815578f:5027093_5290231 (Chr20)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-194  (146431-146567)   100% ->
195-291  (148091-148187)   100% ->
292-389  (149556-149653)   100% ->
390-529  (151725-151864)   100% ->
530-588  (155295-155353)   100% ->
589-671  (155969-156051)   100% ->
672-759  (157766-157853)   100% ->
760-828  (158666-158734)   100% ->
829-981  (159595-159747)   100% ->
982-1101  (161975-162094)   100% ->
1102-1205  (162643-162746)   100% ->
1206-1335  (163010-163139)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGAGCTGAGGCAGAGGGTGGCCCATGAGCCGGTTGCGCCACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGAGCTGAGGCAGAGGGTGGCCCATGAGCCGGTTGCGCCACCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAAG         GAGTCAGAGTCAGAAGCAAAGGTAGATGGAGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACAAGGTA...TAGGAGTCAGAGTCAGAAGCAAAGGTAGATGGAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCATCGGACAGTGAGAGCCGGGCAGAATCCGCACCCCTGCCAGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146465 CTGCATCGGACAGTGAGAGCCGGGCAGAATCCGCACCCCTGCCAGTCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGATGATACCCCGGAGGTCCTCAATAGGGCCCTTTCCAACTTGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146515 GCAGATGATACCCCGGAGGTCCTCAATAGGGCCCTTTCCAACTTGTCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAG         ATGGAAGAACTGGTGGGTGAGAGGCATCCTGACTTTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146565 AAGGTA...TAGATGGAAGAACTGGTGGGTGAGAGGCATCCTGACTTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATGATTGCATTTTTCTTCATCATCATTTACCTGGGACCAATGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148129 CCATGATTGCATTTTTCTTCATCATCATTTACCTGGGACCAATGGTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGATAATC         GTGATGTGCGTTCAGATTAAGTGTTTCCATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 148179 ATGATAATCGTA...CAGGTGATGTGCGTTCAGATTAAGTGTTTCCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATAATCACTATTGGCTACAACGTCTACCACTCATATGATCTGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149588 GATAATCACTATTGGCTACAACGTCTACCACTCATATGATCTGCCCTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGGACGCTCAGCTG         GTACTTTCTCCTGTGTGTAAACTAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 149638 TCAGGACGCTCAGCTGGTA...CAGGTACTTTCTCCTGTGTGTAAACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCTTCTATGGTGAGACAGTGACGGATTACTTCTTCACCCTGGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151750 TTCTTCTATGGTGAGACAGTGACGGATTACTTCTTCACCCTGGTCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAGAGCCTTTGCGGATTCTCAGTAAATACCACCGGTTCATTTCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151800 AGAAGAGCCTTTGCGGATTCTCAGTAAATACCACCGGTTCATTTCCTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTCTATCTAATAG         GATTCTGCATGTTTGTACTGAGTCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 151850 CTCTCTATCTAATAGGTA...TAGGATTCTGCATGTTTGTACTGAGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCAAGAAGCATTATCGACTGCAGTTCTACATG         TTTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 155321 GTCAAGAAGCATTATCGACTGCAGTTCTACATGGTA...CAGTTTGGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACCCATGTGACATTGCTGATTGTTGTAACACAGTCACATCTTGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155977 GACCCATGTGACATTGCTGATTGTTGTAACACAGTCACATCTTGTTATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAACCTATTTGAAGGAATGATCTG         GTTCATTGTCCCCATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 156027 ACAACCTATTTGAAGGAATGATCTGGTG...TAGGTTCATTGTCCCCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCTTGTGTGATCTGTAATGACATCATGGCCTATATGTTTGGCTTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157782 TCTTGTGTGATCTGTAATGACATCATGGCCTATATGTTTGGCTTTTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGTCGGACCCCACTCATCAAG         CTGTCCCCGAAGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 157832 TGGTCGGACCCCACTCATCAAGGTA...CAGCTGTCCCCGAAGAAGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGGAAGGCTTCATTGGGGGCTTCTTTGCTACTGTGGTGTTTGGCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158685 GGGAAGGCTTCATTGGGGGCTTCTTTGCTACTGTGGTGTTTGGCCTTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829          CTGTCCTATGTGATGTCCGGGTACAGATGCTTTGTCTGCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158735 GTA...CAGCTGTCCTATGTGATGTCCGGGTACAGATGCTTTGTCTGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGTGGAGTACAACAATGACACCAACAGCTTCACTGTGGACTGTGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159636 TGTGGAGTACAACAATGACACCAACAGCTTCACTGTGGACTGTGAGCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGGACCTGTTTCGCCTGCAGGAGTACAACATTCCTGGGGTGATCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159686 CGGACCTGTTTCGCCTGCAGGAGTACAACATTCCTGGGGTGATCCAGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCATTGGCTGG         AAAACGGTCCGGATGTACCCCTTCCAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 159736 GTCATTGGCTGGGTA...CAGAAAACGGTCCGGATGTACCCCTTCCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCACAGCATCGCTCTCTCCACCTTTGCCTCGCTCATTGGCCCCTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162004 TCACAGCATCGCTCTCTCCACCTTTGCCTCGCTCATTGGCCCCTTTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GATTCTTCGCAAGTGGATTCAAACGAGCCTTTAAAATCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 162054 GATTCTTCGCAAGTGGATTCAAACGAGCCTTTAAAATCAAAGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GACTTTGCCAATACCATTCCTGGCCATGGAGGCATCATGGATCGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162643 GACTTTGCCAATACCATTCCTGGCCATGGAGGCATCATGGATCGCTTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTGCCAGTATCTGATGGCCACCTTTGTCAATGTATACATCGCCAGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162693 CTGCCAGTATCTGATGGCCACCTTTGTCAATGTATACATCGCCAGTTTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCAG         AGGCCCTAACCCAAGCAAACTGATTCAGCAGTTCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162743 TCAGGTA...CAGAGGCCCTAACCCAAGCAAACTGATTCAGCAGTTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACTTTACGGCCAGATCAGCAGCTCCACATCTTCAACACGCTGCGGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163047 ACTTTACGGCCAGATCAGCAGCTCCACATCTTCAACACGCTGCGGTCTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCTGATCGACAAAGGGATGCTGACATCCACCACAGAGGACGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163097 TCTGATCGACAAAGGGATGCTGACATCCACCACAGAGGACGAG