seq1 = pF1KB3965.tfa, 2292 bp
seq2 = pF1KB3965/gi568815584f_80855681.tfa (gi568815584f:80855681_81244350), 388670 bp

>pF1KB3965 2292
>gi568815584f:80855681_81244350 (Chr14)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-242  (206468-206539)   100% ->
243-317  (212574-212648)   100% ->
318-392  (232274-232348)   100% ->
393-467  (235389-235463)   100% ->
468-545  (236851-236928)   100% ->
546-614  (240959-241027)   100% ->
615-692  (252695-252772)   100% ->
693-881  (283999-284187)   100% ->
882-2292  (287260-288670)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCCGGCGGACTTGCTGCAGCTGGTGCTGCTGCTCGACCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCCGGCGGACTTGCTGCAGCTGGTGCTGCTGCTCGACCTGCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCTGGGCGGAATGGGGTGTTCGTCTCCACCCTGCGAGTGCCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCTGGGCGGAATGGGGTGTTCGTCTCCACCCTGCGAGTGCCATCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGACTTCAGAGTCACCTGCAAGGATATTCAACGCATCCCCAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGGACTTCAGAGTCACCTGCAAGGATATTCAACGCATCCCCAGCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCCAGTACGCAGACTCT         GAAGCTTATTGAGACTCACCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCCAGTACGCAGACTCTGTG...CAGGAAGCTTATTGAGACTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGAACTATTCCAAGTCATGCATTTTCTAATCTGCCCAATATTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206489 GAGAACTATTCCAAGTCATGCATTTTCTAATCTGCCCAATATTTCCAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 T         CTACGTATCTATAGATGTGACTCTGCAGCAGCTGGAATCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206539 TGTA...CAGCTACGTATCTATAGATGTGACTCTGCAGCAGCTGGAATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACTCCTTCTACAATTTGAGTAAAGTGACTCACAT         AGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 212614 CACTCCTTCTACAATTTGAGTAAAGTGACTCACATGTA...CAGAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGAATACCAGGAACTTAACTTACATAGACCCTGATGCCCTCAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232280 TCGGAATACCAGGAACTTAACTTACATAGACCCTGATGCCCTCAAAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCCCCTCCTAAAGTTCCT         TGGCATTTTCAACACTGGACTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 232330 TCCCCCTCCTAAAGTTCCTGTA...TAGTGGCATTTTCAACACTGGACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAATGTTCCCTGACCTGACCAAAGTTTATTCCACTGATATATTCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235411 AAAATGTTCCCTGACCTGACCAAAGTTTATTCCACTGATATATTCTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACT         TGAAATTACAGACAACCCTTACATGACGTCAATCCCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235461 ACTGTA...CAGTGAAATTACAGACAACCCTTACATGACGTCAATCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAATGCTTTTCAGGGACTATGCAATGAAACCTTGACACT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 236889 TGAATGCTTTTCAGGGACTATGCAATGAAACCTTGACACTGTG...TAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGCTGTACAACAATGGCTTTACTTCAGTCCAAGGATATGCTTTCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240960 AAGCTGTACAACAATGGCTTTACTTCAGTCCAAGGATATGCTTTCAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACAAAGCTGGATGCTGT         TTACCTAAACAAGAATAAATACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 241010 GACAAAGCTGGATGCTGTGTA...TAGTTACCTAAACAAGAATAAATACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGACAGTTATTGACAAAGATGCATTTGGAGGAGTATACAGTGGACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252718 TGACAGTTATTGACAAAGATGCATTTGGAGGAGTATACAGTGGACCAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTGCT         GGACGTGTCTCAAACCAGTGTCACTGCCCTTCCATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252768 TTGCTGTG...CAGGGACGTGTCTCAAACCAGTGTCACTGCCCTTCCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAAGGCCTGGAGCACCTGAAGGAACTGATAGCAAGAAACACCTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284035 CAAAGGCCTGGAGCACCTGAAGGAACTGATAGCAAGAAACACCTGGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTAAGAAACTTCCACTTTCCTTGAGTTTCCTTCACCTCACACGGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284085 TTAAGAAACTTCCACTTTCCTTGAGTTTCCTTCACCTCACACGGGCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTTTCTTACCCAAGCCACTGCTGTGCTTTTAAGAATCAGAAGAAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284135 CTTTCTTACCCAAGCCACTGCTGTGCTTTTAAGAATCAGAAGAAAATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGG         AATCCTTGAGTCCTTGATGTGTAATGAGAGCAGTATGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284185 AGGGTA...CAGAATCCTTGAGTCCTTGATGTGTAATGAGAGCAGTATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGAGCTTGCGCCAGAGAAAATCTGTGAATGCCTTGAATAGCCCCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287298 AGAGCTTGCGCCAGAGAAAATCTGTGAATGCCTTGAATAGCCCCCTCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGGAATATGAAGAGAATCTGGGTGACAGCATTGTTGGGTACAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287348 CAGGAATATGAAGAGAATCTGGGTGACAGCATTGTTGGGTACAAGGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTCCAAGTTCCAGGATACTCATAACAACGCTCATTATTACGTCTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287398 GTCCAAGTTCCAGGATACTCATAACAACGCTCATTATTACGTCTTCTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGAACAAGAGGATGAGATCATTGGTTTTGGCCAGGAGCTCAAAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287448 AAGAACAAGAGGATGAGATCATTGGTTTTGGCCAGGAGCTCAAAAACCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGGAAGAGACTCTACAAGCTTTTGACAGCCATTATGACTACACCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287498 CAGGAAGAGACTCTACAAGCTTTTGACAGCCATTATGACTACACCATATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGGGACAGTGAAGACATGGTGTGTACCCCCAAGTCCGATGAGTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287548 TGGGGACAGTGAAGACATGGTGTGTACCCCCAAGTCCGATGAGTTCAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGTGTGAAGACATAATGGGCTACAAGTTCCTGAGAATTGTGGTGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287598 CGTGTGAAGACATAATGGGCTACAAGTTCCTGAGAATTGTGGTGTGGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTTAGTCTGCTGGCTCTCCTGGGCAATGTCTTTGTCCTGCTTATTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287648 GTTAGTCTGCTGGCTCTCCTGGGCAATGTCTTTGTCCTGCTTATTCTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CACCAGCCACTACAAACTGAACGTCCCCCGCTTTCTCATGTGCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287698 CACCAGCCACTACAAACTGAACGTCCCCCGCTTTCTCATGTGCAACCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCTTTGCAGATTTCTGCATGGGGATGTACCTGCTCCTCATCGCCTCTGTA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287748 CCTTTGCGGATTTCTGCATGGGGATGTACCTGCTCCTCATCGCCTCTGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACCTCTACACTCACTCTGAGTACTACAACCATGCCATCGACTGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287798 GACCTCTACACTCACTCTGAGTACTACAACCATGCCATCGACTGGCAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGGCCCTGGGTGCAACACGGCTGGTTTCTTCACTGTCTTTGCAAGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287848 AGGCCCTGGGTGCAACACGGCTGGTTTCTTCACTGTCTTTGCAAGCGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TATCGGTGTATACGCTGACGGTCATCACCCTGGAGCGCTGGTATGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287898 TATCGGTGTATACGCTGACGGTCATCACCCTGGAGCGCTGGTATGCCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACCTTCGCCATGCGCCTGGACCGGAAGATCCGCCTCAGGCACGCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287948 ACCTTCGCCATGCGCCTGGACCGGAAGATCCGCCTCAGGCACGCATGTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CATCATGGTTGGGGGCTGGGTTTGCTGCTTCCTTCTCGCCCTGCTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287998 CATCATGGTTGGGGGCTGGGTTTGCTGCTTCCTTCTCGCCCTGCTTCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGTGGGAATAAGTAGCTATGCCAAAGTCAGTATCTGCCTGCCCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288048 TGGTGGGAATAAGTAGCTATGCCAAAGTCAGTATCTGCCTGCCCATGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ACCGAGACCCCTCTTGCTCTGGCATATATTGTTTTTGTTCTGACGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288098 ACCGAGACCCCTCTTGCTCTGGCATATATTGTTTTTGTTCTGACGCTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CATAGTTGCCTTCGTCATCGTCTGCTGCTGTTATGTGAAGATCTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288148 CATAGTTGCCTTCGTCATCGTCTGCTGCTGTTATGTGAAGATCTACATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CAGTCCGAAATCCGCAGTACAACCCAGGGGACAAAGATACCAAAATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288198 CAGTCCGAAATCCGCAGTACAACCCAGGGGACAAAGATACCAAAATTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAGAGGATGGCTGTGTTGATCTTCACCGACTTCATATGCATGGCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288248 AAGAGGATGGCTGTGTTGATCTTCACCGACTTCATATGCATGGCCCCAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CTCATTCTATGCTCTGTCAGCAATTCTGAACAAGCCTCTCATCACTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288298 CTCATTCTATGCTCTGTCAGCAATTCTGAACAAGCCTCTCATCACTGTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GCAACTCCAAAATCTTGCTGGTACTCTTCTATCCACTTAACTCCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288348 GCAACTCCAAAATCTTGCTGGTACTCTTCTATCCACTTAACTCCTGTGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AATCCATTCCTCTATGCTATTTTCACCAAGGCCTTCCAGAGGGATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288398 AATCCATTCCTCTATGCTATTTTCACCAAGGCCTTCCAGAGGGATGTGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CATCCTACTCAGCAAGTTTGGCATCTGTAAACGCCAGGCTCAGGCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288448 CATCCTACTCAGCAAGTTTGGCATCTGTAAACGCCAGGCTCAGGCATACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 GGGGGCAGAGGGTTCCTCCAAAGAACAGCACTGATATTCAGGTTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288498 GGGGGCAGAGGGTTCCTCCAAAGAACAGCACTGATATTCAGGTTCAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GTTACCCACGACATGAGGCAGGGTCTCCACAACATGGAAGATGTCTATGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288548 GTTACCCACGAGATGAGGCAGGGTCTCCACAACATGGAAGATGTCTATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 ACTGATTGAAAACTCCCATCTAACCCCAAAGAAGCAAGGCCAAATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288598 ACTGATTGAAAACTCCCATCTAACCCCAAAGAAGCAAGGCCAAATCTCAG

   2350     .    :    .    :
   2270 AAGAGTATATGCAAACGGTTTTG
        |||||||||||||||||||||||
 288648 AAGAGTATATGCAAACGGTTTTG