seq1 = pF1KB3964.tfa, 567 bp
seq2 = pF1KB3964/gi568815597r_114608538.tfa (gi568815597r:114608538_114816160), 207623 bp

>pF1KB3964 567
>gi568815597r:114608538_114816160 (Chr1)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-290  (102183-102361)   100% ->
291-450  (106433-106592)   100% ->
451-567  (107507-107623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAGTACAAACTGGTGGTGGTTGGAGCAGGTGGTGTTGGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAGTACAAACTGGTGGTGGTTGGAGCAGGTGGTGTTGGGAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCACTGACAATCCAGCTAATCCAGAACCACTTTGTAGATGAATATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCACTGACAATCCAGCTAATCCAGAACCACTTTGTAGATGAATATGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCATAGAG         GATTCTTACAGAAAACAAGTGGTTATAGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCATAGAGGTG...CAGGATTCTTACAGAAAACAAGTGGTTATAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGAAACCTGTTTGTTGGACATACTGGATACAGCTGGACAAGAAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102213 GGTGAAACCTGTTTGTTGGACATACTGGATACAGCTGGACAAGAAGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGCCATGAGAGACCAATACATGAGGACAGGCGAAGGCTTCCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 CAGTGCCATGAGAGACCAATACATGAGGACAGGCGAAGGCTTCCTCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TATTTGCCATCAATAATAGCAAGTCATTTGCGGATATTAACCTCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102313 TATTTGCCATCAATAATAGCAAGTCATTTGCGGATATTAACCTCTACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         GGAGCAGATTAAGCGAGTAAAAGACTCGGATGATGTACCTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 TA...TAGGGAGCAGATTAAGCGAGTAAAAGACTCGGATGATGTACCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGCTAGTGGGAAACAAGTGTGATTTGCCAACAAGGACAGTTGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 GGTGCTAGTGGGAAACAAGTGTGATTTGCCAACAAGGACAGTTGATACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACAAGCCCACGAACTGGCCAAGAGTTACGGGATTCCATTCATTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 AACAAGCCCACGAACTGGCCAAGAGTTACGGGATTCCATTCATTGAAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGCCAAGACCAGACAG         GGTGTTGAAGATGCTTTTTACAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106575 TCAGCCAAGACCAGACAGGTA...TAGGGTGTTGAAGATGCTTTTTACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGGTAAGAGAAATACGCCAGTACCGAATGAAAAAACTCAACAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107530 ACTGGTAAGAGAAATACGCCAGTACCGAATGAAAAAACTCAACAGCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGATGGGACTCAGGGTTGTATGGGATTGCCATGTGTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107580 ATGATGGGACTCAGGGTTGTATGGGATTGCCATGTGTGGTGATG