seq1 = pF1KB3963.tfa, 2139 bp
seq2 = pF1KB3963/gi568815582f_82527093.tfa (gi568815582f:82527093_83883474), 1356382 bp

>pF1KB3963 2139
>gi568815582f:82527093_83883474 (Chr16)

40-157  (331264-331381)   99% ->
158-367  (504918-505127)   100% ==
780-960  (959383-959563)   100% ->
961-1101  (1075362-1075502)   100% ->
1102-1284  (1143698-1143880)   100% ->
1285-1538  (1151116-1151369)   100% ->
1539-1681  (1221016-1221158)   100% ->
1682-1915  (1252876-1253109)   100% ->
1916-2139  (1256162-1256385)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     40 TCCCAGGTGCTGCTGCTAACATCTGCAGAAGATTTGGACTGCACTCCTGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331264 TCTCAGGTGCTGCTGCTAACATCTGCAGAAGATTTGGACTGCACTCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 ATTTCAGCAGAAAGTGTTCCATATCAATCAGCCAGCTGAATTCATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331314 ATTTCAGCAGAAAGTGTTCCATATCAATCAGCCAGCTGAATTCATTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 ACCAGTCAATTCTAAACT         TGACCTTCAGTGACTGTAAGGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 331364 ACCAGTCAATTCTAAACTGTA...CAGTGACCTTCAGTGACTGTAAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181 AACGACAAGCTACGCTATGAGGTCTCGAGCCCATACTTCAAGGTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504941 AACGACAAGCTACGCTATGAGGTCTCGAGCCCATACTTCAAGGTGAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231 CGATGGCGGCTTAGTTGCTCTGAGAAACATAACTGCAGTGGGCAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504991 CGATGGCGGCTTAGTTGCTCTGAGAAACATAACTGCAGTGGGCAAAACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 TGTTCGTCCATGCACGGACCCCCCATGCGGAAGATATGGCAGAACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505041 TGTTCGTCCATGCACGGACCCCCCATGCGGAAGATATGGCAGAACTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .
    331 ATTGTCGGGGGGAAAGACATCCAGGGCTCCTTGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505091 ATTGTCGGGGGGAAAGACATCCAGGGCTCCTTGCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 AGGCACCACAGTGATGCGGATGACAGCCTTTGATGCAGATGACCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 959383 AGGCACCACAGTGATGCGGATGACAGCCTTTGATGCAGATGACCCAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 CCGATAATGCCCTCCTGCGGTATAATATCCGTCAGCAGACGCCTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 959433 CCGATAATGCCCTCCTGCGGTATAATATCCGTCAGCAGACGCCTGACAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 CCATCTCCCAACATGTTCTACATCGATCCTGAGAAAGGAGACATTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 959483 CCATCTCCCAACATGTTCTACATCGATCCTGAGAAAGGAGACATTGTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 TGTTGTGTCACCTGCGCTGCTGGACCGAGAG         ACTCTGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 959533 TGTTGTGTCACCTGCGCTGCTGGACCGAGAGGTG...TAGACTCTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 ATCCCAAGTATGAACTGATCATCGAGGCTCAAGATATGGCTGGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1075372 ATCCCAAGTATGAACTGATCATCGAGGCTCAAGATATGGCTGGACTGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 GTTGGATTAACAGGCACGGCCACAGCCACGATCATGATCGATGACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1075422 GTTGGATTAACAGGCACGGCCACAGCCACGATCATGATCGATGACAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1071 TGATCACTCACCAAAATTCACCAAGAAAGAG         TTTCAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
1075472 TGATCACTCACCAAAATTCACCAAGAAAGAGGTA...CAGTTTCAAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CAGTCGAGGAAGGAGCTGTGGGAGTTATTGTCAATTTGACAGTTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1143708 CAGTCGAGGAAGGAGCTGTGGGAGTTATTGTCAATTTGACAGTTGAAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 AAGGATGACCCCACCACAGGTGCATGGAGGGCTGCCTACACCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1143758 AAGGATGACCCCACCACAGGTGCATGGAGGGCTGCCTACACCATCATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212 CGGAAACCCCGGGCAGAGCTTTGAAATCCACACCAACCCTCAAACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1143808 CGGAAACCCCGGGCAGAGCTTTGAAATCCACACCAACCCTCAAACCAACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 AAGGGATGCTTTCTGTTGTCAAA         CCATTGGACTATGAAATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
1143858 AAGGGATGCTTTCTGTTGTCAAAGTA...CAGCCATTGGACTATGAAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303 TCTGCCTTCCACACCCTGCTGATCAAAGTGGAAAATGAAGACCCACTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1151134 TCTGCCTTCCACACCCTGCTGATCAAAGTGGAAAATGAAGACCCACTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353 ACCCGACGTCTCCTACGGCCCCAGCTCCACAGCCACCGTCCACATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1151184 ACCCGACGTCTCCTACGGCCCCAGCTCCACAGCCACCGTCCACATCACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1403 TCCTGGATGTCAACGAGGGCCCAGTCTTCTACCCAGACCCCATGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1151234 TCCTGGATGTCAACGAGGGCCCAGTCTTCTACCCAGACCCCATGATGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453 ACCAGGCAGGAGGACCTCTCTGTGGGCAGCGTGCTGCTGACAGTGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1151284 ACCAGGCAGGAGGACCTCTCTGTGGGCAGCGTGCTGCTGACAGTGAATGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1503 CACGGACCCCGACTCCCTGCAGCATCAAACCATCAG         GTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
1151334 CACGGACCCCGACTCCCTGCAGCATCAAACCATCAGGTG...CAGGTATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544 CTGTTTACAAGGACCCAGCAGGTTGGCTGAATATTAACCCCATCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1221021 CTGTTTACAAGGACCCAGCAGGTTGGCTGAATATTAACCCCATCAATGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1594 ACTGTTGACACCACAGCTGTGCTGGACCGTGAGTCCCCATTTGTCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1221071 ACTGTTGACACCACAGCTGTGCTGGACCGTGAGTCCCCATTTGTCGACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644 CAGCGTGTACACTGCTCTCTTCCTGGCAATTGACAGTG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
1221121 CAGCGTGTACACTGCTCTCTTCCTGGCAATTGACAGTGGTG...CAGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1685 ACCCTCCCGCTACGGGCACTGGGACTTTGCTGATAACCCTGGAGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1252879 ACCCTCCCGCTACGGGCACTGGGACTTTGCTGATAACCCTGGAGGACGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1735 AATGACAATGCCCCGTTCATTTACCCCACAGTAGCTGAAGTCTGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1252929 AATGACAATGCCCCGTTCATTTACCCCACAGTAGCTGAAGTCTGTGATGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1785 TGCCAAAAACCTCAGTGTAGTCATTTTGGGAGCATCAGATAAGGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1252979 TGCCAAAAACCTCAGTGTAGTCATTTTGGGAGCATCAGATAAGGATCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1835 ACCCGAATACAGATCCTTTCAAATTTGAAATCCACAAACAAGCTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1253029 ACCCGAATACAGATCCTTTCAAATTTGAAATCCACAAACAAGCTGTTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885 GATAAAGTCTGGAAGATCTCCAAGATCAACA         ATACACACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
1253079 GATAAAGTCTGGAAGATCTCCAAGATCAACAGTA...CAGATACACACGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1926 CCTGGTAAGCCTTCTTCAAAATCTGAACAAAGCAAACTACAACCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1256172 CCTGGTAAGCCTTCTTCAAAATCTGAACAAAGCAAACTACAACCTGCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1976 TCATGGTGACAGATTCAGGGAAACCACCCATGACGAATATCACAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1256222 TCATGGTGACAGATTCAGGGAAACCACCCATGACGAATATCACAGATCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2026 AGGGTACAAGTGTGCTCCTGCAGGAATTCCAAAGTGGACTGCAACGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1256272 AGGGTACAAGTGTGCTCCTGCAGGAATTCCAAAGTGGACTGCAACGCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2076 AGGGGCCCTGCGCTTCAGCCTGCCCTCAGTCCTGCTCCTCAGCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1256322 AGGGGCCCTGCGCTTCAGCCTGCCCTCAGTCCTGCTCCTCAGCCTCTTCA

   1400     .    :
   2126 GCTTAGCTTGTCTG
        |||||||||||  |
1256372 GCTTAGCTTGTAAG