seq1 = pF1KB3962.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB3962/gi568815596r_174974612.tfa (gi568815596r:174974612_175230209), 255598 bp

>pF1KB3962 1515
>gi568815596r:174974612_175230209 (Chr2)

(complement)

23-102  (99996-100072)   95% ->
103-199  (108670-108766)   100% ->
200-318  (111841-111959)   100% ->
319-447  (112092-112220)   100% ->
448-626  (115342-115520)   100% ->
627-741  (116102-116216)   100% ->
742-828  (118556-118642)   100% ->
829-978  (132617-132766)   100% ->
979-1185  (136943-137149)   100% ->
1186-1291  (149445-149550)   100% ->
1292-1515  (155375-155598)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     23 ATTCTGCCAGGCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCC
        ||| |---||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 ATTAT   AGGCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     73 TTTCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAG         CGTTTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100043 TTTCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAGGTA...CAGCGTTTTACCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 CGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108681 CGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 TTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG         ATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108731 TTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTGGTT...CAGATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 ACCCCAACACCAACAAGATTCTTGAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111846 ACCCCAACACCAACAAGATTCTTGAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 TAATGAGTTGGCGAGTCCATTTGAGAATGAATTCAAGAAAGCTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111896 TAATGAGTTGGCGAGTCCATTTGAGAATGAATTCAAGAAAGCTTCAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 ATGACATTAAAAAA         ATGCCTCTAGATTTATCCCCTCTTGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111946 ATGACATTAAAAAAGTA...TAGATGCCTCTAGATTTATCCCCTCTTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 ACACCTATCATAAGAAGCAAAATTGAGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112119 ACACCTATCATAAGAAGCAAAATTGAGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 TCACCAGGATAGTCCTTTACCTCACCCAGAGTCTACTACCAGTGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112169 TCACCAGGATAGTCCTTTACCTCACCCAGAGTCTACTACCAGTGATGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 AG         GAAGTACCATTGGCACAAACTGCACAGCCCACATCAGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112219 AGGTT...TAGGAAGTACCATTGGCACAAACTGCACAGCCCACATCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 ATTGTTCGTCCAGCATCATTACAGGTTCCCAATGTGCTGCTTACAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115381 ATTGTTCGTCCAGCATCATTACAGGTTCCCAATGTGCTGCTTACAAGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 TGACTCAAGTGTAATTATTCAGCAGGCAGTACCTTCACCAACCTCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115431 TGACTCAAGTGTAATTATTCAGCAGGCAGTACCTTCACCAACCTCAAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 CTGTAATCACCCAGGCACCATCCTCTAACAGGCCAATTGT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115481 CTGTAATCACCCAGGCACCATCCTCTAACAGGCCAATTGTGTA...TAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 CCTGTACCAGGCCCATTTCCTCTTCTGTTACATCTTCCTAATGGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116103 CCTGTACCAGGCCCATTTCCTCTTCTGTTACATCTTCCTAATGGACAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CATGCCTGTTGCTATTCCTGCATCAATTACAAGTTCTAATGTGCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116153 CATGCCTGTTGCTATTCCTGCATCAATTACAAGTTCTAATGTGCATGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 CAGCTGCAGTCCCA         CTCGTTCGACCAGTCACCATGGTGCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116203 CAGCTGCAGTCCCAGTA...TAGCTCGTTCGACCAGTCACCATGGTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 AGTGTTCCAGGAATCCCAGGTCCTTCCTCTCCCCAACCAGTACAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118583 AGTGTTCCAGGAATCCCAGGTCCTTCCTCTCCCCAACCAGTACAGTCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 AGCAAAAATG         AGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118633 AGCAAAAATGGTA...CAGAGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860 CTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTCAAAGGTCATGGTAGCGGATTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132648 CTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTCAAAGGTCATGGTAGCGGATTGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 AGGACTCAGTCAGAGGAATCTCGACCGCAGTCATTACAACAGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132698 AGGACTCAGTCAGAGGAATCTCGACCGCAGTCATTACAACAGCCAGCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 ATCCACTACAGAAACTCCG         GCTTCTCCAGCTCACACAACTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 132748 ATCCACTACAGAAACTCCGGTA...TAGGCTTCTCCAGCTCACACAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CACAGACCCAAAGTACAAGTGGTCGTCGGAGAAGAGCAGCTAACGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136965 CACAGACCCAAAGTACAAGTGGTCGTCGGAGAAGAGCAGCTAACGAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCTGATGAAAAAAGGAGAAAGTTTTTAGAGCGAAATAGAGCAGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137015 CCTGATGAAAAAAGGAGAAAGTTTTTAGAGCGAAATAGAGCAGCAGCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAGATGCCGACAAAAAAGGAAAGTCTGGGTTCAGTCTTTAGAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137065 AAGATGCCGACAAAAAAGGAAAGTCTGGGTTCAGTCTTTAGAGAAGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGAAGACTTGAGTTCATTAAATGGTCAGCTGCAG         AGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 137115 CTGAAGACTTGAGTTCATTAAATGGTCAGCTGCAGGTA...CAGAGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149451 GTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149501 TCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292          CTGCTGATAAAGATGATAGTTCAGAAGACATTTCAGTGCCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149551 GTG...CAGCTGCTGATAAAGATGATAGTTCAGAAGACATTTCAGTGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAGTTCGGTCAGCACATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155416 AGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAGTTCGGTCAGCACATCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155466 TGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155516 CCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTATG

   1550     .    :    .    :    .    :
   1483 GCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 155566 GCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGT