seq1 = pF1KB3956.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB3956/gi568815578r_5202043.tfa (gi568815578r:5202043_5414369), 212327 bp

>pF1KB3956 1152
>gi568815578r:5202043_5414369 (Chr20)

(complement)

1-458  (100001-100458)   100% ->
459-1152  (111634-112327)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCAGAATGGAAACACCAGTTTCACACCCAACTTTAATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCAGAATGGAAACACCAGTTTCACACCCAACTTTAATCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGACCATGCCTCCTCCCTCTCCTTTAACTTCAGTTATGGTGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGACCATGCCTCCTCCCTCTCCTTTAACTTCAGTTATGGTGATTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTCCCTATGGATGAGGATGAGGACATGACCAAGACCCGGACCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTCCCTATGGATGAGGATGAGGACATGACCAAGACCCGGACCTTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGCCAAGATCGTCATTGGCATTGCACTGGCAGGCATCATGCTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGCCAAGATCGTCATTGGCATTGCACTGGCAGGCATCATGCTGGTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCATCGGTAACTTTGTCTTTATCGCTGCCCTCACCCGCTATAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCATCGGTAACTTTGTCTTTATCGCTGCCCTCACCCGCTATAAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCGCAACCTCACCAATCTGCTCATTGCCAACCTGGCCATCTCCGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCGCAACCTCACCAATCTGCTCATTGCCAACCTGGCCATCTCCGACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTGGCCATCATCTGCTGCCCCTTCGAGATGGACTACTACGTGGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGTGGCCATCATCTGCTGCCCCTTCGAGATGGACTACTACGTGGTACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGCTCTCCTGGGAGCATGGCCACGTGCTCTGTGCCTCCGTCAACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGCTCTCCTGGGAGCATGGCCACGTGCTCTGTGCCTCCGTCAACTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCGCACCGTCTCCCTCTACGTCTCCACCAATGCCTTGCTGGCCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCGCACCGTCTCCCTCTACGTCTCCACCAATGCCTTGCTGGCCATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTGACAG         ATATCTCGCCATCGTTCACCCCTTGAAACCACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTGACAGGTG...CAGATATCTCGCCATCGTTCACCCCTTGAAACCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATGAATTATCAAACGGCCTCCTTCCTGATCGCCTTGGTCTGGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111667 GATGAATTATCAAACGGCCTCCTTCCTGATCGCCTTGGTCTGGATGGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCATTCTCATTGCCATCCCATCGGCTTACTTTGCAACAGAAACCGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 111717 CCATTCTCATTGCCATCCCATCGGCTTACTTTGCAACAGAAACGGTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTATTGTCAAGAGCCAGGAGAAGATCTTCTGTGGCCAGATCTGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111767 TTTATTGTCAAGAGCCAGGAGAAGATCTTCTGTGGCCAGATCTGGCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGATCAGCAGCTCTACTACAAGTCCTACTTCCTCTTCATCTTTGGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111817 GGATCAGCAGCTCTACTACAAGTCCTACTTCCTCTTCATCTTTGGTGTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGTTCGTGGGCCCTGTGGTCACCATGACCCTGTGCTATGCCAGGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111867 AGTTCGTGGGCCCTGTGGTCACCATGACCCTGTGCTATGCCAGGATCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGGAGCTCTGGTTCAAGGCAGTCCCTGGGTTCCAGACGGAGCAGATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111917 CGGGAGCTCTGGTTCAAGGCAGTCCCTGGGTTCCAGACGGAGCAGATTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAAGCGGCTGCGCTGCCGCAGGAAGACGGTCCTGGTGCTCATGTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111967 CAAGCGGCTGCGCTGCCGCAGGAAGACGGTCCTGGTGCTCATGTGCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCACGGCCTATGTGCTGTGCTGGGCACCCTTCTACGGTTTCACCATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112017 TCACGGCCTATGTGCTGTGCTGGGCACCCTTCTACGGTTTCACCATCGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGTGACTTCTTCCCCACTGTGTTCGTGAAGGAAAAGCACTACCTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112067 CGTGACTTCTTCCCCACTGTGTTCGTGAAGGAAAAGCACTACCTCACTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTCTACGTGGTCGAGTGCATCGCCATGAGCAACAGCATGATCAACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112117 CTTCTACGTGGTCGAGTGCATCGCCATGAGCAACAGCATGATCAACACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGTGCTTCGTGACGGTCAAGAACAACACCATGAAGTACTTCAAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112167 TGTGCTTCGTGACGGTCAAGAACAACACCATGAAGTACTTCAAGAAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGCTGCTGCACTGGCGTCCCTCCCAGCGGGGGAGCAAGTCCAGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112217 ATGCTGCTGCACTGGCGTCCCTCCCAGCGGGGGAGCAAGTCCAGTGCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTTGACCTCAGAACCAACGGGGTGCCCACCACAGAAGAGGTGGACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112267 CCTTGACCTCAGAACCAACGGGGTGCCCACCACAGAAGAGGTGGACTGTA

   1150     .    :
   1142 TCAGGCTGAAG
        |||||||||||
 112317 TCAGGCTGAAG