seq1 = pF1KB3955.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KB3955/gi568815591r_13795869.tfa (gi568815591r:13795869_14089052), 293184 bp

>pF1KB3955 1362
>gi568815591r:13795869_14089052 (Chr7)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-133  (100880-100967)   100% ->
134-181  (102368-102415)   100% ->
182-235  (111573-111626)   100% ->
236-365  (149807-149936)   99% ->
366-554  (153157-153345)   100% ->
555-802  (157304-157551)   100% ->
803-871  (179353-179421)   100% ->
872-1041  (182454-182623)   100% ->
1042-1143  (188214-188315)   100% ->
1144-1362  (192966-193184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGATTTTATGACCAGCAAGTGCCTTACATGGTCACCAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGATGGATTTTATGACCAGCAAGTGCCTTACATGGTCACCAATGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AGTCAGCGTGGGAGAAATTGTAACGAGAAACCAACAAATGTCAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGAGTCAGCGTGGGAGAAATTGTAACGAGAAACCAACAAATGTCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGAAAATTCATTAACAGAGATCTGGCTCATGATTCAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100926 AAAGAAAATTCATTAACAGAGATCTGGCTCATGATTCAGAAGGTG...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  AACTCTTTCAAGATCTAAGTCAATTACAGGAAACATGGCTTGCAGAAG 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102367 GAACTCTTTCAAGATCTAAGTCAATTACAGGAAACATGGCTTGCAGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182         CTCAGGTACCTGACAATGATGAGCAGTTTGTACCAGACTATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102417 TA...CAGCTCAGGTACCTGACAATGATGAGCAGTTTGTACCAGACTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGCTGAAAGTT         TGGCTTTTCATGGCCTGCCACTGAAAATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111615 AGGCTGAAAGTTGTA...TAGTGGCTTTTCATGGCCTGCCACTGAAAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAGAAAGAACCCCACAGTCCATGTTCAGAAATCGGCTCTGCCTGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 149836 AAGAAAGAACCCCACAGTCCATGTTCAGAAATCAGCTCTGCCTGCAGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAACAGCCCTTTAAATTCAGCTATGGAGAAAAGTGCCTGTACAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149886 AGAACAGCCCTTTAAATTCAGCTATGGAGAAAAGTGCCTGTACAATGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 G         TGCCTATGATCAGAAGCCACAAGTGGGAATGAGGCCCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149936 GGTA...TAGTGCCTATGATCAGAAGCCACAAGTGGGAATGAGGCCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACCCCCCCACACCATCCAGCACGCCAGTGTCCCCACTGCATCATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153197 AACCCCCCCACACCATCCAGCACGCCAGTGTCCCCACTGCATCATGCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCCAAACTCAACTCATACACCGAAACCTGACCGGGCCTTCCCAGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153247 TCCAAACTCAACTCATACACCGAAACCTGACCGGGCCTTCCCAGCTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCCTCCATCGCAGTCCATACCAGATAGCAGCTACCCCATGGACCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 153297 TCCCTCCATCGCAGTCCATACCAGATAGCAGCTACCCCATGGACCACAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555         ATTTCGCCGCCAGCTTTCTGAACCCTGTAACTCCTTTCCTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153347 TA...TAGATTTCGCCGCCAGCTTTCTGAACCCTGTAACTCCTTTCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTTGCCGACGATGCCAAGGGAAGGACGTCCTATGTACCAACGCCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157346 TTTGCCGACGATGCCAAGGGAAGGACGTCCTATGTACCAACGCCAGATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAGCCAAACATCCCCTTCCCACCACAAGGCTTTAAGCAGGAGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157396 CTGAGCCAAACATCCCCTTCCCACCACAAGGCTTTAAGCAGGAGTACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACCCAGTGTATGAACACAACACCATGGTTGGCAGTGCGGCCAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157446 GACCCAGTGTATGAACACAACACCATGGTTGGCAGTGCGGCCAGCCAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTTCCCCCTCCTCTGATGATTAAACAGGAACCCAGAGATTTTGCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157496 CTTTCCCCCTCCTCTGATGATTAAACAGGAACCCAGAGATTTTGCATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTCAG         GCTGTATGTTTGAAAAGGGCCCCAGGCAGTTTTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157546 ACTCAGGTA...CAGGCTGTATGTTTGAAAAGGGCCCCAGGCAGTTTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGACACCTGTGTTGTCCCAGAAAAATTCGATG         GAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179388 GATGACACCTGTGTTGTCCCAGAAAAATTCGATGGTA...TAGGAGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAACAAGAGCCAGGAATGTATCGGGAAGGACCCACATACCAACGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182461 CAAACAAGAGCCAGGAATGTATCGGGAAGGACCCACATACCAACGGCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GATCACTTCAGCTCTGGCAGTTTTTGGTAGCTCTTCTGGATGACCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182511 GATCACTTCAGCTCTGGCAGTTTTTGGTAGCTCTTCTGGATGACCCTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATTCTCATTTTATTGCCTGGACTGGTCGAGGCATGGAATTTAAACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182561 AATTCTCATTTTATTGCCTGGACTGGTCGAGGCATGGAATTTAAACTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAGCCTGAAGAG         GTGGCCCGACGTTGGGGCATTCAGAAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 182611 TGAGCCTGAAGAGGTT...CAGGTGGCCCGACGTTGGGGCATTCAGAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAGGCCAGCTATGAACTATGATAAACTTAGCCGTTCACTCCGCTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188242 ACAGGCCAGCTATGAACTATGATAAACTTAGCCGTTCACTCCGCTATTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TATGAGAAAGGAATTATGCAAAAG         GTGGCTGGAGAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 188292 TATGAGAAAGGAATTATGCAAAAGGTG...CAGGTGGCTGGAGAGAGATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTCTACAAGTTTGTGTGTGATCCAGAAGCCCTTTTCTCCATGGCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192983 TGTCTACAAGTTTGTGTGTGATCCAGAAGCCCTTTTCTCCATGGCCTTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGATAATCAGCGTCCACTGCTGAAGACAGACATGGAACGTCACATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193033 CAGATAATCAGCGTCCACTGCTGAAGACAGACATGGAACGTCACATCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGAGGACACAGTGCCTCTTTCTCACTTTGATGAGAGCATGGCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193083 GAGGAGGACACAGTGCCTCTTTCTCACTTTGATGAGAGCATGGCCTACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCCGGAAGGGGGCTGCTGCAACCCCCACCCCTACAACGAAGGCTACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193133 GCCGGAAGGGGGCTGCTGCAACCCCCACCCCTACAACGAAGGCTACGTGT

   1450 
   1361 AT
        ||
 193183 AT