seq1 = pF1KB3951.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB3951/gi568815589r_125049676.tfa (gi568815589r:125049676_125289718), 240043 bp

>pF1KB3951 915
>gi568815589r:125049676_125289718 (Chr9)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-171  (118539-118634)   100% ->
172-237  (128813-128878)   100% ->
238-379  (131337-131478)   100% ->
380-459  (135734-135813)   100% ->
460-669  (135977-136186)   100% ->
670-915  (139798-140043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGCTAGACCTGGACAAGTATGTGGAAATAGCGCGGCTGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCGCTAGACCTGGACAAGTATGTGGAAATAGCGCGGCTGTGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACCTGCCAGAGAACGACCTGAAG         CGGCTATGTGACTACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GTACCTGCCAGAGAACGACCTGAAGGTG...TAGCGGCTATGTGACTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTGTGACCTCCTCTTAGAAGAGTCAAATGTTCAGCCAGTATCAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118555 TTTGTGACCTCCTCTTAGAAGAGTCAAATGTTCAGCCAGTATCAACACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAACAGTGTGTGGAGATATCCATGGACAG         TTTTATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118605 GTAACAGTGTGTGGAGATATCCATGGACAGGTA...TAGTTTTATGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGTGAACTGTTCAGAACTGGAGGTCAGGTTCCTGACACAAACTACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128824 TTGTGAACTGTTCAGAACTGGAGGTCAGGTTCCTGACACAAACTACATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTATG         GGTGATTTTGTAGACAGAGGTTACTATAGTTTGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128874 TTATGGTA...CAGGGTGATTTTGTAGACAGAGGTTACTATAGTTTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCTTCACTTACCTTCTTGCATTAAAGGCTAAATGGCCTGATCGTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131373 ACCTTCACTTACCTTCTTGCATTAAAGGCTAAATGGCCTGATCGTATTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTTTTGCGAGGAAATCATGAGAGTAGACAGATAACACAGGTCTATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131423 ACTTTTGCGAGGAAATCATGAGAGTAGACAGATAACACAGGTCTATGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTATG         ATGAGTGCCAAACCAAATATGGAAATGCTAATGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131473 TTTATGGTA...CAGATGAGTGCCAAACCAAATATGGAAATGCTAATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGAGATACTGTACCAAAGTTTTTGACATGCTCACAGTAGCAGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135769 TGGAGATACTGTACCAAAGTTTTTGACATGCTCACAGTAGCAGCTGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     TTAATAGATGAGCAGATTTTGTGTGTCCATGGTGGTTTATCTCCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135819 .TAGTTAATAGATGAGCAGATTTTGTGTGTCCATGGTGGTTTATCTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATATCAAAACACTGGATCAAATTCGAACCATCGAACGGAATCAGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136023 ATATCAAAACACTGGATCAAATTCGAACCATCGAACGGAATCAGGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTCATAAAGGAGCATTTTGTGATCTGGTTTGGTCAGATCCTGAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136073 CCTCATAAAGGAGCATTTTGTGATCTGGTTTGGTCAGATCCTGAAGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATACCTGGGCTATCAGTCCCCGAGGAGCAGGTTGGCTTTTTGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136123 GGATACCTGGGCTATCAGTCCCCGAGGAGCAGGTTGGCTTTTTGGAGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCACAAATGAG         TTTGTTCATATCAACAACTTAAAACTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 136173 AGGTCACAAATGAGGTA...CAGTTTGTTCATATCAACAACTTAAAACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCTGCAGAGCACATCAACTAGTGCACGAAGGCTATAAATTTATGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139825 ATCTGCAGAGCACATCAACTAGTGCACGAAGGCTATAAATTTATGTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGAAGCTGGTGACAGTATGGTCTGCTCCTAATTACTGCTATCGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139875 TGAGAAGCTGGTGACAGTATGGTCTGCTCCTAATTACTGCTATCGTTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAAATATTGCTTCGATCATGGTCTTCAAAGATGTAAATACAAGAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139925 GAAATATTGCTTCGATCATGGTCTTCAAAGATGTAAATACAAGAGAACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGTTATTCCGGGCAGTTCCAGATTCAGAACGTGTTATTCCTCCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139975 AAGTTATTCCGGGCAGTTCCAGATTCAGAACGTGTTATTCCTCCCAGAAC

    950     .    :    .
    897 GACAACGCCATATTTCCTT
        |||||||||||||||||||
 140025 GACAACGCCATATTTCCTT