seq1 = pF1KB3947.tfa, 2664 bp
seq2 = pF1KB3947/gi568815593f_75242606.tfa (gi568815593f:75242606_75460339), 217734 bp

>pF1KB3947 2664
>gi568815593f:75242606_75460339 (Chr5)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-277  (101248-101359)   100% ->
278-365  (101640-101727)   100% ->
366-450  (102969-103053)   100% ->
451-556  (104599-104704)   100% ->
557-663  (107437-107543)   100% ->
664-780  (107653-107769)   100% ->
781-941  (108184-108344)   100% ->
942-1189  (108463-108710)   100% ->
1190-1368  (108819-108997)   100% ->
1369-1563  (111898-112092)   100% ->
1564-1722  (112451-112609)   100% ->
1723-1880  (112760-112917)   100% ->
1881-1986  (113738-113843)   100% ->
1987-2157  (116052-116222)   100% ->
2158-2298  (116565-116705)   100% ->
2299-2457  (116793-116951)   100% ->
2458-2612  (117380-117534)   100% ->
2613-2664  (117683-117734)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTCAAGACTTTTTCGAATGCATGGCCTCTTTGTGGCCTCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTCAAGACTTTTTCGAATGCATGGCCTCTTTGTGGCCTCCCATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGAAGTCATAGTGGGGACAGTGACACTGACCATCTGCATGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGAAGTCATAGTGGGGACAGTGACACTGACCATCTGCATGATGTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAACATGTTTACTGGTAACAATAAGATCTGTGGTTGGAATTATGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAACATGTTTACTGGTAACAATAAGATCTGTGGTTGGAATTATGAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAAAGTTTGAAGAG         GATGTTTTGAGCAGTGACATTATAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAAAGTTTGAAGAGGTT...TAGGATGTTTTGAGCAGTGACATTATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGACAATAACACGATGCATAGCCATCCTGTATATTTACTTCCAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101274 TCTGACAATAACACGATGCATAGCCATCCTGTATATTTACTTCCAGTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAATTTACGTCAACTTGGATCAAAATATATTTTGG         GTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101324 AGAATTTACGTCAACTTGGATCAAAATATATTTTGGGTA...TAGGTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGCCTTTTCACAATTTTCTCAAGTTTTGTATTCAGTACAGTTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101645 GCTGGCCTTTTCACAATTTTCTCAAGTTTTGTATTCAGTACAGTTGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCACTTCTTAGACAAAGAATTGACAGGCTTGAA         TGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101695 TCACTTCTTAGACAAAGAATTGACAGGCTTGAAGTA...CAGTGAAGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCCTTTTTCCTACTTTTGATTGACCTTTCCAGAGCAAGCACATTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102977 TGCCCTTTTTCCTACTTTTGATTGACCTTTCCAGAGCAAGCACATTAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTTTGCCCTCAGTTCCAACTCACAG         GATGAAGTAAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103027 AAGTTTGCCCTCAGTTCCAACTCACAGGTA...TAGGATGAAGTAAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAATATTGCTCGTGGAATGGCAATTTTAGGTCCTACGTTTACCCTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 AAATATTGCTCGTGGAATGGCAATTTTAGGTCCTACGTTTACCCTCGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTTGTTGAATGTCTTGTGATTGGAGTTGGTACCATGTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104663 CTCTTGTTGAATGTCTTGTGATTGGAGTTGGTACCATGTCAGGTT...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  GGGTACGTCAGCTTGAAATTATGTGCTGCTTTGGCTGCATGTCAGTTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107436 GGGGTACGTCAGCTTGAAATTATGTGCTGCTTTGGCTGCATGTCAGTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCCAACTACTTCGTGTTCATGACTTTCTTCCCAGCTTGTGTGTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107486 TGCCAACTACTTCGTGTTCATGACTTTCTTCCCAGCTTGTGTGTCCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TATTAGAG         CTTTCTCGGGAAAGCCGCGAGGGTCGTCCAATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107536 TATTAGAGGTA...TAGCTTTCTCGGGAAAGCCGCGAGGGTCGTCCAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCAGCTCAGCCATTTTGCCCGAGTTTTAGAAGAAGAAGAAAATAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107686 TGGCAGCTCAGCCATTTTGCCCGAGTTTTAGAAGAAGAAGAAAATAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAATCCTGTAACTCAGAGGGTCAAGATGATTATG         TCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107736 GAATCCTGTAACTCAGAGGGTCAAGATGATTATGGTA...CAGTCTCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTTGGTTCTTGTTCATGCTCACAGTCGCTGGATAGCTGATCCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108191 GCTTGGTTCTTGTTCATGCTCACAGTCGCTGGATAGCTGATCCTTCTCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAAACAGTACAGCAGATACTTCTAAGGTTTCATTAGGACTGGATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 CAAAACAGTACAGCAGATACTTCTAAGGTTTCATTAGGACTGGATGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTGTCCAAGAGAATTGAACCAAGTGTTTCCCTCTGGCAGTTTTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 TGTGTCCAAGAGAATTGAACCAAGTGTTTCCCTCTGGCAGTTTTATCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTAA         AATGATCAGCATGGATATTGAACAAGTTATTACCCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 CTAAGTA...TAGAATGATCAGCATGGATATTGAACAAGTTATTACCCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTTTAGCTCTCCTTCTGGCTGTCAAGTACATCTTCTTTGAACAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108500 AGTTTAGCTCTCCTTCTGGCTGTCAAGTACATCTTCTTTGAACAAACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACAGAATCTACACTCTCATTAAAAAACCCTATCACATCTCCTGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108550 GACAGAATCTACACTCTCATTAAAAAACCCTATCACATCTCCTGTAGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACAAAAGAAAGTCCCAGACAATTGTTGTAGACGTGAACCTATGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108600 CACAAAAGAAAGTCCCAGACAATTGTTGTAGACGTGAACCTATGCTGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGAAATAACCAGAAATGTGATTCAGTAGAGGAAGAGACAGGGATAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108650 AGAAATAACCAGAAATGTGATTCAGTAGAGGAAGAGACAGGGATAAACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAAAGAAAAG         TTGAGGTTATAAAACCCTTAGTGGCTGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108700 AGAAAGAAAAGGTA...CAGTTGAGGTTATAAAACCCTTAGTGGCTGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGATACCCCAAACAGAGCTACATTTGTGGTTGGTAACTCCTCCTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 CAGATACCCCAAACAGAGCTACATTTGTGGTTGGTAACTCCTCCTTACTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATACTTCATCAGTACTGGTGACACAGGAACCTGAAATTGAACTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 GATACTTCATCAGTACTGGTGACACAGGAACCTGAAATTGAACTTCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAACCTCGGCCTAATGAAGAATGTCTACAGATACTTGGGAATGCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108949 GGAACCTCGGCCTAATGAAGAATGTCTACAGATACTTGGGAATGCAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369         AAAGGTGCAAAATTCCTTAGTGATGCTGAGATCATCCAGTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108999 TG...TAGAAAGGTGCAAAATTCCTTAGTGATGCTGAGATCATCCAGTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTCAATGCTAAGCATATCCCAGCCTACAAGTTGGAAACTCTGATGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111940 GTCAATGCTAAGCATATCCCAGCCTACAAGTTGGAAACTCTGATGGAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCATGAGCGTGGTGTATCTATTCGCCGACAGTTACTTTCCAAGAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111990 TCATGAGCGTGGTGTATCTATTCGCCGACAGTTACTTTCCAAGAAGCTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGAACCTTCTTCTCTCCAGTACCTACCTTACAGGGATTATAATTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112040 CAGAACCTTCTTCTCTCCAGTACCTACCTTACAGGGATTATAATTACTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTG         GTGATGGGAGCTTGTTGTGAGAATGTTATTGGATATAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112090 TTGGTA...TAGGTGATGGGAGCTTGTTGTGAGAATGTTATTGGATATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCCCATCCCTGTTGGAGTGGCAGGACCCCTTTGCTTAGATGAAAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112489 GCCCATCCCTGTTGGAGTGGCAGGACCCCTTTGCTTAGATGAAAAAGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTCAGGTTCCAATGGCAACAACAGAAGGTTGTCTTGTGGCCAGCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112539 TTCAGGTTCCAATGGCAACAACAGAAGGTTGTCTTGTGGCCAGCACCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGAGGCTGCAGAGCAATAGGT         CTTGGTGGAGGTGCCAGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112589 AGAGGCTGCAGAGCAATAGGTGTA...TAGCTTGGTGGAGGTGCCAGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCGAGTCCTTGCAGATGGGATGACTCGTGGCCCAGTTGTGCGTCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112780 CCGAGTCCTTGCAGATGGGATGACTCGTGGCCCAGTTGTGCGTCTTCCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTGCTTGTGACTCTGCAGAAGTGAAAGCCTGGCTCGAAACATCTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112830 GTGCTTGTGACTCTGCAGAAGTGAAAGCCTGGCTCGAAACATCTGAAGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTCGCAGTGATAAAGGAGGCATTTGACAGCACTAGCAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112880 TTCGCAGTGATAAAGGAGGCATTTGACAGCACTAGCAGGTG...TAGATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGCACGTCTACAGAAACTTCATACAAGTATAGCTGGACGCAACCTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113741 TGCACGTCTACAGAAACTTCATACAAGTATAGCTGGACGCAACCTTTATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TCCGTTTCCAGTCCAGGTCAGGGGATGCCATGGGGATGAACATGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113791 TCCGTTTCCAGTCCAGGTCAGGGGATGCCATGGGGATGAACATGATTTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAG         GGTACAGAGAAAGCACTTTCAAAACTTCACGAGTATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113841 AAGGTA...CAGGGTACAGAGAAAGCACTTTCAAAACTTCACGAGTATTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCCTGAAATGCAGATTCTAGCCGTTAGTGGTAACTATTGTACTGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116090 CCCTGAAATGCAGATTCTAGCCGTTAGTGGTAACTATTGTACTGACAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AACCTGCTGCTATAAATTGGATAGAGGGAAGAGGAAAATCTGTTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116140 AACCTGCTGCTATAAATTGGATAGAGGGAAGAGGAAAATCTGTTGTTTGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GAAGCTGTCATTCCAGCCAAGGTTGTCAGAGAA         GTATTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116190 GAAGCTGTCATTCCAGCCAAGGTTGTCAGAGAAGTG...TAGGTATTAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GACTACCACAGAGGCTATGATTGAGGTCAACATTAACAAGAATTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116573 GACTACCACAGAGGCTATGATTGAGGTCAACATTAACAAGAATTTAGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GCTCTGCCATGGCTGGGAGCATAGGAGGCTACAACGCCCATGCAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116623 GCTCTGCCATGGCTGGGAGCATAGGAGGCTACAACGCCCATGCAGCAAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATTGTCACCGCCATCTACATTGCCTGTGGACAG         GATGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116673 ATTGTCACCGCCATCTACATTGCCTGTGGACAGGTG...CAGGATGCAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 ACAGAATGTTGGTAGTTCAAACTGTATTACTTTAATGGAAGCAAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116801 ACAGAATGTTGGTAGTTCAAACTGTATTACTTTAATGGAAGCAAGTGGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 CCACAAATGAAGATTTATATATCAGCTGCACCATGCCATCTATAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116851 CCACAAATGAAGATTTATATATCAGCTGCACCATGCCATCTATAGAGATA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GGAACGGTGGGTGGTGGGACCAACCTACTACCTCAGCAAGCCTGTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116901 GGAACGGTGGGTGGTGGGACCAACCTACTACCTCAGCAAGCCTGTTTGCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 G         ATGCTAGGTGTTCAAGGAGCATGCAAAGATAATCCTGGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116951 GGTA...CAGATGCTAGGTGTTCAAGGAGCATGCAAAGATAATCCTGGGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AAAATGCCCGGCAGCTTGCCCGAATTGTGTGTGGGACCGTAATGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117420 AAAATGCCCGGCAGCTTGCCCGAATTGTGTGTGGGACCGTAATGGCTGGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 GAATTGTCACTTATGGCAGCATTGGCAGCAGGACATCTTGTCAAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117470 GAATTGTCACTTATGGCAGCATTGGCAGCAGGACATCTTGTCAAAAGTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CATGATTCACAACAG         GTCGAAGATCAATTTACAAGACCTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117520 CATGATTCACAACAGGTA...TAGGTCGAAGATCAATTTACAAGACCTCC

   2800     .    :    .    :    .
   2639 AAGGAGCTTGCACCAAGAAGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 117709 AAGGAGCTTGCACCAAGAAGACAGCC