seq1 = pF1KB3938.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KB3938/gi568815585r_77798203.tfa (gi568815585r:77798203_78018573), 220371 bp

>pF1KB3938 1326
>gi568815585r:77798203_78018573 (Chr13)

(complement)

1-483  (100001-100483)   99% ->
484-596  (114967-115079)   99% ->
597-801  (115214-115418)   100% ->
802-951  (117367-117516)   99% ->
952-1085  (117920-118053)   100% ->
1086-1194  (118607-118715)   100% ->
1195-1326  (120240-120371)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCGCCTCCAAGTCTGTGCGGACGCGCCCTGGTTGCGCTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCGCCTCCAAGTCTGTGCGGACGCGCCCTGGTTGCGCTGGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTGCGGCCTGTCGCGGATCTGGGGAGAGGAGAGAGGCTTCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTGCGGCCTGTCGCGGATCTGGGGAGAGGAGAGAGGCTTCCCGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGGGCCACTCCGCTTTTGCAAACCGCAGAGATGATGACGCCACCCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100101 ACAGGGCCACTCCGCTTTTGCAAACCGCAGAGATAATGACGCCACCCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGACCTTATGGCCCAAGGGTTCCAACGCCAGTCTGGCGCGGTCGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGACCTTATGGCCCAAGGGTTCCAACGCCAGTCTGGCGCGGTCGTTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCTGCGGAGGTGCCTAAAGGAGACAGGACGGCAGGATCTCCGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCTGCGGAGGTGCCTAAAGGAGACAGGACGGCAGGATCTCCGCCACGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCTCCCCTCCCCCGTGCCAAGGACCCATCGAGATCAAGGAGACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCTCCCCTCCCCCGTGCCAAGGACCCATCGAGATCAAGGAGACTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAATACATCAACACGGTTGTGTCCTGCCTTGTGTTCGTGCTGGGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAATACATCAACACGGTTGTGTCCTGCCTTGTGTTCGTGCTGGGGATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGAACTCCACACTTCTGAGAATTATCTACAAGAACAAGTGCATGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGAACTCCACACTTCTGAGAATTATCTACAAGAACAAGTGCATGCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGGTCCCAATATCTTGATCGCCAGCTTGGCTCTGGGAGACCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGGTCCCAATATCTTGATCGCCAGCTTGGCTCTGGGAGACCTGCTGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCGTCATTGACATCCCTATCAATGTCTACAAG         CTGCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100451 ATCGTCATTGACATCCCTATCAATGTCTACAAGGTA...CAGCTGCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAGGACTGGCCATTTGGAGCTGAGATGTGTAAGCTGGTGCCTTTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114975 AGAGGACTGGCCATTTGGAGCTGAGATGTGTAAGCTGGTGCCTTTCATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAAGCCTCCGTGGGAATCACTGTGCTGAGTCTATGTGCTCTGAGTATT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115025 AGAAAGCCTCTGTGGGAATCACTGTGCTGAGTCTATGTGCTCTGAGTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACAG         ATATCGAGCTGTTGCTTCTTGGAGTAGAATTAAAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115075 GACAGGTA...CAGATATCGAGCTGTTGCTTCTTGGAGTAGAATTAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATTGGGGTTCCAAAATGGACAGCAGTAGAAATTGTTTTGATTTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115250 AATTGGGGTTCCAAAATGGACAGCAGTAGAAATTGTTTTGATTTGGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTCTGTGGTTCTGGCTGTCCCTGAAGCCATAGGTTTTGATATAATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115300 TCTCTGTGGTTCTGGCTGTCCCTGAAGCCATAGGTTTTGATATAATTACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGGACTACAAAGGAAGTTATCTGCGAATCTGCTTGCTTCATCCCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115350 ATGGACTACAAAGGAAGTTATCTGCGAATCTGCTTGCTTCATCCCGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAAGACAGCTTTCATGCAG         TTTTACAAGACAGCAAAAGATT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115400 GAAGACAGCTTTCATGCAGGTA...TAGTTTTACAAGACAGCAAAAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGTGGCTGTTCAGTTTCTATTTCTGCTTGCCATTGGCCATCACTGCATTT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117389 GGTGGCTATTCAGTTTCTATTTCTGCTTGCCATTGGCCATCACTGCATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTTTATACACTAATGACCTGTGAAATGTTGAGAAAGAAAAGTGGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117439 TTTTATACACTAATGACCTGTGAAATGTTGAGAAAGAAAAGTGGCATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GATTGCTTTAAATGATCACCTAAAGCAG         AGACGGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117489 GATTGCTTTAAATGATCACCTAAAGCAGGTA...CAGAGACGGGAAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCAAAACCGTCTTTTGCCTGGTCCTTGTCTTTGCCCTCTGCTGGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 CCAAAACCGTCTTTTGCCTGGTCCTTGTCTTTGCCCTCTGCTGGCTTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTTCACCTCAGCAGGATTCTGAAGCTCACTCTTTATAATCAGAATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 CTTCACCTCAGCAGGATTCTGAAGCTCACTCTTTATAATCAGAATGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAATAGATGTGAACTTTTGAG         CTTTCTGTTGGTATTGGACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118033 CAATAGATGTGAACTTTTGAGGTA...CAGCTTTCTGTTGGTATTGGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATATTGGTATCAACATGGCTTCACTGAATTCCTGCATTAACCCAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118627 ATATTGGTATCAACATGGCTTCACTGAATTCCTGCATTAACCCAATTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGTATTTGGTGAGCAAAAGATTCAAAAACTGCTTTAAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118677 CTGTATTTGGTGAGCAAAAGATTCAAAAACTGCTTTAAGGTA...CAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATGCTTATGCTGCTGGTGCCAGTCATTTGAAGAAAAACAGTCCTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120242 ATGCTTATGCTGCTGGTGCCAGTCATTTGAAGAAAAACAGTCCTTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAAGCAGTCGTGCTTAAAGTTCAAAGCTAATGATCACGGATATGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120292 AAAAGCAGTCGTGCTTAAAGTTCAAAGCTAATGATCACGGATATGACAAC

   1350     .    :    .    :    .    :
   1297 TTCCGTTCCAGTAATAAATACAGCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 120342 TTCCGTTCCAGTAATAAATACAGCTCATCT