seq1 = pF1KB3935.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB3935/gi568815586f_79117520.tfa (gi568815586f:79117520_79549121), 431602 bp

>pF1KB3935 1266
>gi568815586f:79117520_79549121 (Chr12)

1-166  (100001-100166)   99% ->
167-351  (168268-168452)   100% ->
352-474  (174489-174611)   100% ->
475-642  (178550-178717)   100% ->
643-810  (181865-182032)   100% ->
811-928  (235983-236100)   100% ->
929-1062  (326554-326687)   100% ->
1063-1266  (331399-331602)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAGCGAGAGTCACCATGAGGCCCTGGCAGCCCCGCCTGTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAGCGAGAGTCACCATGAGGCCCTGGCAGCCCCGCCTGTCACCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCGCGACTGTTCTGCCAAGCAATGCCACAGAGCCAGCCAGTCCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCGCGACTGTTCTGCCAAGCAACGCCACAGAGCCAGCCAGTCCTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGAAAGGAAGATGCATTTTCTAAGCTGAAGGAGAAGTTTATGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGAAAGGAAGATGCATTTTCTAAGCTGAAGGAGAAGTTTATGAATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGCATAAAATTCCAT         TGCCACCGTGGGCCTTAATTGCAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGCATAAAATTCCATGTG...CAGTGCCACCGTGGGCCTTAATTGCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCATAGTCGCAGTCCTTTTAGTCCTGACCTGCTGCTTTTGTATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168293 AGCCATAGTCGCAGTCCTTTTAGTCCTGACCTGCTGCTTTTGTATCTGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAATGTTTGTTCAAAAAGAAAAACAAGAAGAAGGGAAAGGAAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168343 AGAAATGTTTGTTCAAAAAGAAAAACAAGAAGAAGGGAAAGGAAAAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAAGAATGCCATTAACATGAAAGATGTAAAAGACTTAGGGAAGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168393 GGGAAGAATGCCATTAACATGAAAGATGTAAAAGACTTAGGGAAGACGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAAGATCAG         GCCCTCAAGGATGATGATGCTGAAACTGGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 168443 GAAAGATCAGGTA...TAGGCCCTCAAGGATGATGATGCTGAAACTGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACAGATGGAGAAGAAAAAGAAGAACCCAAAGAAGAGGAGAAACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174520 TGACAGATGGAGAAGAAAAAGAAGAACCCAAAGAAGAGGAGAAACTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAACTTCAGTATTCACTGGATTATGATTTCCAAAATAACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 174570 AAACTTCAGTATTCACTGGATTATGATTTCCAAAATAACCAGGTC...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  CTGCTGGTAGGGATCATTCAGGCTGCCGAACTGCCCGCCTTGGACATGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178549 GCTGCTGGTAGGGATCATTCAGGCTGCCGAACTGCCCGCCTTGGACATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGGCACATCTGATCCTTACGTGAAAGTGTTTCTGCTACCTGATAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178599 GGGGCACATCTGATCCTTACGTGAAAGTGTTTCTGCTACCTGATAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGAAATTTGAGACAAAAGTCCACCGAAAAACCCTTAATCCTGTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178649 AAGAAATTTGAGACAAAAGTCCACCGAAAAACCCTTAATCCTGTCTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAGCAATTTACTTTCAAG         GTACCATACTCGGAATTGGGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 178699 TGAGCAATTTACTTTCAAGGTA...TAGGTACCATACTCGGAATTGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAAAACCCTAGTGATGGCTGTATATGATTTTGATCGTTTCTCTAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181887 GCAAAACCCTAGTGATGGCTGTATATGATTTTGATCGTTTCTCTAAGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACATCATTGGAGAATTTAAAGTCCCTATGAACACAGTGGATTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181937 GACATCATTGGAGAATTTAAAGTCCCTATGAACACAGTGGATTTTGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTAACTGAGGAATGGCGTGACCTGCAAAGTGCTGAGAAGGAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 181987 TGTAACTGAGGAATGGCGTGACCTGCAAAGTGCTGAGAAGGAAGAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811      CAAGAGAAATTGGGTGATATCTGCTTCTCCCTTCGCTACGTACCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182037 ..TAGCAAGAGAAATTGGGTGATATCTGCTTCTCCCTTCGCTACGTACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTGCTGGTAAGCTGACTGTTGTCATTCTGGAGGCAAAGAACCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236028 ACTGCTGGTAAGCTGACTGTTGTCATTCTGGAGGCAAAGAACCTGAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATGGATGTGGGTGGCTTATCCG         ATCCTTATGTGAAGATTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 236078 GATGGATGTGGGTGGCTTATCCGGTA...CAGATCCTTATGTGAAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATCTGATGCAGAATGGTAAGAGGCTGAAGAAGAAAAAGACAACAATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326572 ATCTGATGCAGAATGGTAAGAGGCTGAAGAAGAAAAAGACAACAATTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGAACACACTTAACCCCTACTACAATGAGTCATTCAGCTTTGAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326622 AAGAACACACTTAACCCCTACTACAATGAGTCATTCAGCTTTGAAGTACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTTTGAACAAATCCAG         AAAGTGCAGGTGGTGGTAACTGTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 326672 TTTTGAACAAATCCAGGTA...CAGAAAGTGCAGGTGGTGGTAACTGTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGACTATGACAAGATTGGCAAGAACGATGCCATCGGCAAAGTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331424 TGGACTATGACAAGATTGGCAAGAACGATGCCATCGGCAAAGTCTTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCTACAACAGCACCGGCGCGGAGCTGCGACACTGGTCAGACATGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331474 GGCTACAACAGCACCGGCGCGGAGCTGCGACACTGGTCAGACATGCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAACCCCAGGCGACCTATTGCCCAGTGGCACACCCTGCAGGTAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331524 CAACCCCAGGCGACCTATTGCCCAGTGGCACACCCTGCAGGTAGAGGAGG

   1300     .    :    .    :    .
   1238 AAGTTGATGCCATGCTGGCCGTCAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 331574 AAGTTGATGCCATGCTGGCCGTCAAGAAG