seq1 = pF1KB3903.tfa, 2298 bp
seq2 = pF1KB3903/gi568815594f_149979028.tfa (gi568815594f:149979028_150356244), 377217 bp

>pF1KB3903 2298
>gi568815594f:149979028_150356244 (Chr4)

1-421  (100001-100421)   100% ->
422-756  (123451-123785)   100% ->
757-859  (214111-214213)   100% ->
860-961  (218975-219076)   100% ->
962-1056  (224768-224862)   100% ->
1057-1132  (241676-241751)   100% ->
1133-1241  (242650-242758)   100% ->
1242-1299  (245474-245531)   100% ->
1300-1419  (253310-253429)   100% ->
1420-1566  (253655-253801)   100% ->
1567-1700  (260715-260848)   100% ->
1701-1778  (261372-261449)   100% ->
1779-1875  (268576-268672)   100% ->
1876-1956  (269278-269358)   100% ->
1957-2073  (270541-270657)   100% ->
2074-2298  (276993-277217)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCACCAGGAGTATCGAGCTGGAGCACTTTGAGGAACGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCACCAGGAGTATCGAGCTGGAGCACTTTGAGGAACGGGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGGCCGCGGCCGGGGTCGCGGAGAGGGGCCCCCAGCTCCTCCGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGGCCGCGGCCGGGGTCGCGGAGAGGGGCCCCCAGCTCCTCCGGGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCAGCTCGGGCCCCAAGGGGAACGGGCTCATCCCCAGTCCGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCAGCTCGGGCCCCAAGGGGAACGGGCTCATCCCCAGTCCGGCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTGCCCACTGCAGCTTCTACCGCACGCGGACCCTGCAGGCCCTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTGCCCACTGCAGCTTCTACCGCACGCGGACCCTGCAGGCCCTCAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGAAGAAGGCCAAGAAGGCGCGCTTCTACCGGAACGGGGACCGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGAAGAAGGCCAAGAAGGCGCGCTTCTACCGGAACGGGGACCGCTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAGGGCCTGGTGTTTGCCATCTCCAGCGACCGCTTCCGGTCCTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAGGGCCTGGTGTTTGCCATCTCCAGCGACCGCTTCCGGTCCTTCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCTCCTCATAGAGCTCACCCGCTCCCTGTCGGACAACGTGAACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGCTCCTCATAGAGCTCACCCGCTCCCTGTCGGACAACGTGAACCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGGGTGTCCGCACTATCTACACCATCGACGGCAGCCGGAAGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGGGTGTCCGCACTATCTACACCATCGACGGCAGCCGGAAGGTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTGGACGAGCTGCTGGAAG         GTGAGAGTTACGTGTGTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100401 GCCTGGACGAGCTGCTGGAAGGTA...TAGGTGAGAGTTACGTGTGTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCAATGAACCATTTCGTAAAGTCGATTACACCAAAAATATTAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123471 TCCAATGAACCATTTCGTAAAGTCGATTACACCAAAAATATTAATCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTGGTCTGTGAACATCAAGGGTGGGACATCCCGAGCGCTGGCTGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123521 CTGGTCTGTGAACATCAAGGGTGGGACATCCCGAGCGCTGGCTGCTGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCTCTGTGAAAAGTGAAGTAAAAGAAAGTAAAGATTTCATCAAACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123571 CCTCTGTGAAAAGTGAAGTAAAAGAAAGTAAAGATTTCATCAAACCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTAGTGACTGTGATTCGAAGTGGAGTGAAGCCTAGAAAAGCCGTGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123621 TTAGTGACTGTGATTCGAAGTGGAGTGAAGCCTAGAAAAGCCGTGCGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTTCTGAATAAAAAGACTGCTCATTCCTTTGAACAAGTCTTAACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123671 CCTTCTGAATAAAAAGACTGCTCATTCCTTTGAACAAGTCTTAACAGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCACCGAAGCCATTAAACTAGACTCAGGAGTCGTCAAGAGGCTCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123721 TCACCGAAGCCATTAAACTAGACTCAGGAGTCGTCAAGAGGCTCTGCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGGATGGAAAGCAG         GTTACTTGTCTGCAAGACTTTTTTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123771 CTGGATGGAAAGCAGGTA...CAGGTTACTTGTCTGCAAGACTTTTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGATGACGATGTTTTTATTGCATGTGGACCAGAAAAATTTCGTTATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214137 TGATGACGATGTTTTTATTGCATGTGGACCAGAAAAATTTCGTTATGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAGATGACTTTGTCCTGGATCATAGTG         AATGTCGTGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 214187 AAGATGACTTTGTCCTGGATCATAGTGGTA...TAGAATGTCGTGTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGTCATCTTATTCTCGATCCTCAGCTGTTAAGTATTCTGGATCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218989 AAGTCATCTTATTCTCGATCCTCAGCTGTTAAGTATTCTGGATCCAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCTGGGCCCTCTCGACGCAGCAAATCACCAGCTTCAG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 219039 CCCTGGGCCCTCTCGACGCAGCAAATCACCAGCTTCAGGTA...CAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGGAACTCCCAGCAGCCAACTTTCTACTCCTAAATCTACGAAATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224771 ATGGAACTCCCAGCAGCCAACTTTCTACTCCTAAATCTACGAAATCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AGTTCCTCTCCAACTAGTCCAGGAAGTTTCAGAGGATTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 224821 AGTTCCTCTCCAACTAGTCCAGGAAGTTTCAGAGGATTAAAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1057  CAGATTTCTGCTCATGGCAGATCTTCTTCCAATGTAAACGGTGGACCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241675 GCAGATTTCTGCTCATGGCAGATCTTCTTCCAATGTAAACGGTGGACCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCTTGACCGTTGCATAAGTCCTGAAG         GTGTGAATGGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 241725 AGCTTGACCGTTGCATAAGTCCTGAAGGTA...CAGGTGTGAATGGAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGATGCTCTGAATCATCAACTCTTCTTGAGAAATACAAAATTGGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242664 AGATGCTCTGAATCATCAACTCTTCTTGAGAAATACAAAATTGGAAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CATTGGTGATGGCAATTTTGCAGTAGTCAAAGAGTGTATAGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 242714 CATTGGTGATGGCAATTTTGCAGTAGTCAAAGAGTGTATAGACAGGTG..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242     GTCCACTGGAAAGGAGTTTGCCCTAAAGATTATAGACAAAGCCAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242764 .TAGGTCCACTGGAAAGGAGTTTGCCCTAAAGATTATAGACAAAGCCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TGTTGTGGAAAG         GAACACCTGATTGAGAATGAAGTGTCAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 245520 TGTTGTGGAAAGGTA...CAGGAACACCTGATTGAGAATGAAGTGTCAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACTGCGCCGAGTGAAACATCCCAATATCATTATGCTGGTCGAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253339 ACTGCGCCGAGTGAAACATCCCAATATCATTATGCTGGTCGAGGAGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAACAGCAACTGAGCTCTTTCTGGTGATGGAATTGGTCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 253389 AAACAGCAACTGAGCTCTTTCTGGTGATGGAATTGGTCAAAGTA...TAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGTGGAGATCTCTTTGATGCAATTACTTCGTCGACCAAGTACACTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253655 GGTGGAGATCTCTTTGATGCAATTACTTCGTCGACCAAGTACACTGAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGATGGCAGTGCCATGGTGTACAACTTAGCCAATGCCCTCAGGTATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253705 AGATGGCAGTGCCATGGTGTACAACTTAGCCAATGCCCTCAGGTATCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGGCCTCAGCATCGTGCACAGAGACATCAAACCAGAGAATCTCTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 253755 ATGGCCTCAGCATCGTGCACAGAGACATCAAACCAGAGAATCTCTTGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1567       GTGTGTGAATATCCTGATGGAACCAAGTCTTTGAAACTGGGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253805 ...CAGGTGTGTGAATATCCTGATGGAACCAAGTCTTTGAAACTGGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTTTGGGCTTGCGACTGTGGTAGAAGGCCCTTTATACACAGTCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260759 CTTTGGGCTTGCGACTGTGGTAGAAGGCCCTTTATACACAGTCTGTGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CACCCACTTATGTGGCTCCAGAAATCATTGCTGAAACTGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 260809 CACCCACTTATGTGGCTCCAGAAATCATTGCTGAAACTGGGTA...TAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TATGGCCTGAAGGTGGACATTTGGGCAGCTGGTGTGATCACATACATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261373 TATGGCCTGAAGGTGGACATTTGGGCAGCTGGTGTGATCACATACATACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCTCTGTGGATTCCCACCATTCCGAAG         TGAGAACAATCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 261423 TCTCTGTGGATTCCCACCATTCCGAAGGTA...TAGTGAGAACAATCTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGGAAGATCTCTTCGACCAGATCTTGGCTGGGAAGCTGGAGTTTCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268590 AGGAAGATCTCTTCGACCAGATCTTGGCTGGGAAGCTGGAGTTTCCGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CCCTACTGGGATAACATCACGGACTCTGCCAAG         GAATTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 268640 CCCTACTGGGATAACATCACGGACTCTGCCAAGGTA...TAGGAATTAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CAGTCAAATGCTTCAGGTAAATGTTGAAGCTCGGTGTACCGCGGGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269286 CAGTCAAATGCTTCAGGTAAATGTTGAAGCTCGGTGTACCGCGGGACAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TCCTGAGTCACCCCTGGGTGTCA         GATGATGCCTCCCAGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 269336 TCCTGAGTCACCCCTGGGTGTCAGTA...TAGGATGATGCCTCCCAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AATAACATGCAAGCTGAGGTGACAGGTAAACTAAAACAGCACTTTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270559 AATAACATGCAAGCTGAGGTGACAGGTAAACTAAAACAGCACTTTAATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGCGCTCCCCAAACAGAACAGCACTACCACCGGGGTCTCCGTCATCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 270609 TGCGCTCCCCAAACAGAACAGCACTACCACCGGGGTCTCCGTCATCATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074         AACACGGCTCTAGATAAGGAGGGGCAGATTTTCTGCAGCAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270659 TG...CAGAACACGGCTCTAGATAAGGAGGGGCAGATTTTCTGCAGCAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CACTGTCAAGACAGCGGCAGGCCTGGGATGGAGCCCATCTCTCCAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277035 CACTGTCAAGACAGCGGCAGGCCTGGGATGGAGCCCATCTCTCCAGTTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCCCTCAGTGGAGGAGATCCCTGTGCCTGGGGAAGCAGTCCCGGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277085 TCCCTCAGTGGAGGAGATCCCTGTGCCTGGGGAAGCAGTCCCGGCCCCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CCCCTCCGGAATCTCCCACCCCCCACTGTCCTCCCGCTGCCCCGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
 277135 CCCCTCCGGAATCTCCCACCCCCCACCCTCCTCCCGCTGCCCCGGGTGGT

   2400     .    :    .    :    .    :
   2266 GAGCGGGCAGGAACCTGGCGCCGCCACCGAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 277185 GAGCGGGCAGGAACCTGGCGCCGCCACCGAGAC