seq1 = pF1KB3902.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KB3902/gi568815583r_87879348.tfa (gi568815583r:87879348_88356153), 476806 bp

>pF1KB3902 1836
>gi568815583r:87879348_88356153 (Chr15)

(complement)

1-248  (100001-100248)   100% ->
249-323  (171855-171929)   100% ->
324-395  (172665-172736)   100% ->
396-464  (208751-208819)   100% ->
465-622  (218593-218750)   100% ->
623-765  (219545-219687)   99% ->
766-907  (220114-220255)   100% ->
908-1204  (220757-221053)   100% ->
1205-1228  (227420-227443)   100% ->
1229-1293  (228928-228992)   100% ->
1294-1396  (229781-229883)   100% ->
1397-1585  (323109-323297)   100% ->
1586-1720  (374794-374928)   100% ->
1721-1836  (376691-376806)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTATGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTATGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACGCCAGTATCAACATCACGGACATCTCAAGGAATATCACTTCCAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100201 GAACGCCAGTATCAACATCACGGACATCTCAAGGAATATCACTTCCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249        ACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 A...CAGACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACATGGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCT         GACCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 171898 GACATGGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGTG...TAGGACCATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTGCCAAGAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172674 GAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTGCCAAGAACCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTGCGTTATAT         AAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 172724 ATTTGCGTTATATGTG...CAGAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTCGTGGCAGCTCTTCCAGACGCTGAGTCTTCGGGAATT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 208779 CTCTCGTGGCAGCTCTTCCAGACGCTGAGTCTTCGGGAATTGTA...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218593 GCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTCTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218643 AGCTCTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTCCTCTCTTCCGCATGAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218693 TGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTCCTCTCTTCCGCATGAACATCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAGTGTG         ACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 218743 TCAGTGTGGTG...CAGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGACCGTACGAGAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 219578 TGACCGTACGAGAGGGTGACAACGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGGGCTGCAGTCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219628 TCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGGGCTGCAGTCCATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTCACCAG         ACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 219678 CACTCACCAGGTA...CAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAACTTGACGCTGGTGAATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220145 TCAACTTGACGCTGGTGAATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGTGTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220195 ACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGTGTTGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACTGTCTACT         ATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 220245 CACTGTCTACTGTA...CAGATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCATCGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220787 CTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCATCGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220837 CCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220887 GATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTCTTCAACAAGCCCACCCACTACAACAATGGCAACTATACCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220937 TGCTCTTCAACAAGCCCACCCACTACAACAATGGCAACTATACCCTCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220987 GCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGGAGCCCTTTCCAG         AGAGCACGGATAACTTTATCTTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 221037 CAAGGAGCCCTTTCCAGGTG...CAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229          TTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCACTGTGACCCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227444 GTA...CAGTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCACTGTGACCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAACCAGAAGAAGACACTTTTGGG         GTATCCATAGCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 228969 AAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTG...CAGGTATCCATAGCAGTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTCCTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229798 ACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTCCTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGG         GTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 229848 ACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTA...CAGGTCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTGGCTGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323114 GTGGCTGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCACTGGATGCCGGGCCCGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323164 CAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCACTGGATGCCGGGCCCGACACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323214 TGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CGTCAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGT         GGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 323264 CGTCAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTGTA...CAGGGGTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTCAAACATAGACAATCATGGGATATTAAACTTGAAGGACAATAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374801 TTCAAACATAGACAATCATGGGATATTAAACTTGAAGGACAATAGAGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATCTAGTCCCATCAACTCACTATATATATGAGGAACCTGAGGTCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374851 ATCTAGTCCCATCAACTCACTATATATATGAGGAACCTGAGGTCCAGAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGGGAAGTGTCTTACCCAAGGTCACATG         GTTTCAGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 374901 GGGGAAGTGTCTTACCCAAGGTCACATGGTG...TAGGTTTCAGAGAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TATGTTGAATCCAATAAGCCTTCCCGGACATTCCAAGCCTCTTAACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376704 TATGTTGAATCCAATAAGCCTTCCCGGACATTCCAAGCCTCTTAACCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GCATCTATGTTGAGGATGTCAATGTTTATTTCAGCAAAGGACGTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376754 GCATCTATGTTGAGGATGTCAATGTTTATTTCAGCAAAGGACGTCATGGC

   1950 
   1834 TTT
        |||
 376804 TTT