seq1 = pF1KB3881.tfa, 1107 bp
seq2 = pF1KB3881/gi568815576f_19614589.tfa (gi568815576f:19614589_19822481), 207893 bp

>pF1KB3881 1107
>gi568815576f:19614589_19822481 (Chr22)

1-53  (100001-100052)   88% ->
54-151  (105014-105110)   98% ->
152-238  (105218-105304)   100% ->
239-362  (105527-105650)   100% ->
363-497  (105732-105866)   100% ->
498-615  (105961-106078)   100% ->
616-717  (106180-106281)   100% ->
718-814  (107052-107148)   100% ->
815-950  (107234-107369)   100% ->
951-1053  (107649-107751)   100% ->
1054-1107  (107840-107893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCACAGGCCTGCGGTACAAGAGCAAGCTGGCGACCCCAGAGGA CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||-| 
 100001 ATGAGCACAGGCCTGCGGTACAAGAGCAAGCTGGCGACCCCAGGTGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 AGCA         GGACATTGACAAGCAGTACGTGGGCTTCGCCACACTG
        --||>>>...>>>|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051   CAGCG...CAGG ACATTGACAAGCAGTACGTGGGCTTCGCCACACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 CCCAACCAGGTGCACCGCAAGTCGGTGAAGAAAGGCTTTGACTTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105050 CCCAACCAGGTGCACCGCAAGTCGGTGAAGAAAGGCTTTGACTTCACACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 CATGGTGGCTG         GTGAGTCAGGCCTGGGGAAGTCCACACTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105100 CATGGTGGCTGGTG...CAGGTGAGTCAGGCCTGGGGAAGTCCACACTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 TCCACAGCCTCTTCCTGACAGACTTGTACAAGGACCGGAAGCTGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105248 TCCACAGCCTCTTCCTGACAGACTTGTACAAGGACCGGAAGCTGCTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GCTGAGG         AGCGCATCAGCCAGACGGTAGAGATTCTAAAACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105298 GCTGAGGGTG...TAGAGCGCATCAGCCAGACGGTAGAGATTCTAAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 CACGGTGGACATTGAGGAGAAGGGAGTCAAGCTGAAGCTCACCATCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105561 CACGGTGGACATTGAGGAGAAGGGAGTCAAGCTGAAGCTCACCATCGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 ACACGCCGGGATTCGGGGACGCTGTCAACAACACCGAGTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105611 ACACGCCGGGATTCGGGGACGCTGTCAACAACACCGAGTGGTG...CAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 TGGAAGCCCATCACCGACTATGTGGACCAGCAGTTTGAGCAGTACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105733 TGGAAGCCCATCACCGACTATGTGGACCAGCAGTTTGAGCAGTACTTCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 TGATGAGAGCGGCCTCAACCGAAAGAACATCCAAGACAACCGAGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105783 TGATGAGAGCGGCCTCAACCGAAAGAACATCCAAGACAACCGAGTGCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 GCTGCCTATACTTCATCTCCCCCTTCGGGCATGG         GCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105833 GCTGCCTATACTTCATCTCCCCCTTCGGGCATGGGTG...CAGGCTGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 CCAGTGGATGTGGGTTTCATGAAGGCATTGCATGAGAAGGTCAACATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105968 CCAGTGGATGTGGGTTTCATGAAGGCATTGCATGAGAAGGTCAACATCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 GCCTCTCATCGCCAAAGCTGACTGTCTTGTCCCCAGTGAGATCCGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106018 GCCTCTCATCGCCAAAGCTGACTGTCTTGTCCCCAGTGAGATCCGGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 TGAAGGAGCGG         ATCCGGGAGGAGATTGACAAGTTTGGGATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106068 TGAAGGAGCGGGTG...CAGATCCGGGAGGAGATTGACAAGTTTGGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 CATGTATACCAGTTCCCTGAGTGTGACTCGGACGAGGATGAGGACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106210 CATGTATACCAGTTCCCTGAGTGTGACTCGGACGAGGATGAGGACTTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 GCAGCAGGACCGGGAACTGAAG         GAGAGCGCGCCCTTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106260 GCAGCAGGACCGGGAACTGAAGGTG...CAGGAGAGCGCGCCCTTCGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 TTATAGGCAGCAACACGGTGGTGGAGGCCAAGGGGCAGCGGGTCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107071 TTATAGGCAGCAACACGGTGGTGGAGGCCAAGGGGCAGCGGGTCCGGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 CGACTGTACCCCTGGGGGATCGTGGAGG         TGGAGAACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107121 CGACTGTACCCCTGGGGGATCGTGGAGGGTG...CAGTGGAGAACCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 GCATTGCGACTTCGTGAAGCTGCGCAACATGCTCATCCGCACGCATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107247 GCATTGCGACTTCGTGAAGCTGCGCAACATGCTCATCCGCACGCATATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 ACGACCTCAAGGACGTGACGTGCGACGTGCACTACGAGAACTACCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107297 ACGACCTCAAGGACGTGACGTGCGACGTGCACTACGAGAACTACCGCGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 CACTGCATCCAGCAGATGACCAG         CAAACTGACCCAGGACAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107347 CACTGCATCCAGCAGATGACCAGGTG...CAGCAAACTGACCCAGGACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 CCGCATGGAGAGCCCCATCCCGATCCTGCCGCTGCCCACCCCGGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107667 CCGCATGGAGAGCCCCATCCCGATCCTGCCGCTGCCCACCCCGGACGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 AGACTGAGAAGCTTATCAGGATGAAGGATGAGGAA         CTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107717 AGACTGAGAAGCTTATCAGGATGAAGGATGAGGAAGTA...CAGCTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1060 CGCATGCAGGAGATGCTGCAGAGGATGAAGCAGCAGATGCAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107846 CGCATGCAGGAGATGCTGCAGAGGATGAAGCAGCAGATGCAGGACCAG