seq1 = pF1KB3867.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB3867/gi568815582f_56092236.tfa (gi568815582f:56092236_56455050), 362815 bp

>pF1KB3867 1062
>gi568815582f:56092236_56455050 (Chr16)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-161  (100339-100381)   100% ->
162-303  (183696-183837)   100% ->
304-464  (236396-236556)   100% ->
465-593  (242494-242622)   99% ->
594-723  (244496-244625)   100% ->
724-877  (259149-259302)   100% ->
878-1062  (262631-262815)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATGTACTCTGAGCGCAGAGGAGAGAGCCGCCCTCGAGCGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATGTACTCTGAGCGCAGAGGAGAGAGCCGCCCTCGAGCGGAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGATTGAGAAAAACCTCAAAGAGGATGGCATCAGCGCCGCCAAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGATTGAGAAAAACCTCAAAGAGGATGGCATCAGCGCCGCCAAAGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAATTACTCCTGCTCG         GGGCTGGAGAATCAGGAAAAAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAATTACTCCTGCTCGGTA...CAGGGGCTGGAGAATCAGGAAAAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATTGTGAAGCAGATGAA         GATCATCCATGAAGATGGCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100362 ACCATTGTGAAGCAGATGAAGTA...TAGGATCATCCATGAAGATGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCGGAGAAGACGTGAAACAGTACAAGCCTGTTGTCTACAGCAACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183717 CTCCGGAGAAGACGTGAAACAGTACAAGCCTGTTGTCTACAGCAACACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGTCCCTGGCAGCCATCGTCCGGGCCATGGACACTTTGGGCATCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183767 TCCAGTCCCTGGCAGCCATCGTCCGGGCCATGGACACTTTGGGCATCGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGGTGATAAGGAGAGAAAG         GCTGACGCCAAGATGGTGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 183817 TATGGTGATAAGGAGAGAAAGGTA...CAGGCTGACGCCAAGATGGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATGTGGTGAGTCGGATGGAAGACACCGAGCCCTTCTCTGCAGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236416 TGATGTGGTGAGTCGGATGGAAGACACCGAGCCCTTCTCTGCAGAGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTCTGCCATGATGCGGCTCTGGGGCGACTCAGGAATCCAAGAGTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236466 TTTCTGCCATGATGCGGCTCTGGGGCGACTCAGGAATCCAAGAGTGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACCGGTCCCGGGAGTATCAGCTCAACGACTCTGCCAAATA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 236516 AACCGGTCCCGGGAGTATCAGCTCAACGACTCTGCCAAATAGTG...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACCTGGACAGCCTGGATCGGATTGGGGCCGCCGACTACCAGCCCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 242494 CTACCTGGACAGCCTGGATCGGATTGGGGCCGCCGACTACCAGCCCACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAGGACATCCTCCGAACCAGGGTCAAAACCACTGGCATCGTAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242544 AGCAGGACATCCTCCGAACCAGGGTCAAAACCACTGGCATCGTAGAAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTTCACATTCAAGAACCTCCACTTCAG         GCTGTTTGACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 242594 CACTTCACATTCAAGAACCTCCACTTCAGGTG...CAGGCTGTTTGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGGAGGCCAGCGATCTGAACGCAAGAAGTGGATCCATTGCTTCGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244508 CGGAGGCCAGCGATCTGAACGCAAGAAGTGGATCCATTGCTTCGAGGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACGGCCATCATTTTCTGTGTCGCGCTCAGCGGCTATGACCAGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244558 TCACGGCCATCATTTTCTGTGTCGCGCTCAGCGGCTATGACCAGGTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACGAAGACGAAACCACG         AACCGCATGCACGAGTCTCTCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 244608 CACGAAGACGAAACCACGGTG...CAGAACCGCATGCACGAGTCTCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCTTCGACTCCATCTGTAACAACAAGTTCTTCATCGATACCTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259172 GCTCTTCGACTCCATCTGTAACAACAAGTTCTTCATCGATACCTCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCTCTTCCTCAACAAGAAAGATCTCTTTGGCGAGAAGATCAAGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259222 TTCTCTTCCTCAACAAGAAAGATCTCTTTGGCGAGAAGATCAAGAAGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTTTGACCATCTGCTTTCCTGAATACACAG         GCCCCAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 259272 CCTTTGACCATCTGCTTTCCTGAATACACAGGTG...CAGGCCCCAATAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTATGAAGACGCAGCCGCCTACATCCAAGCACAATTTGAAAGCAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262641 CTATGAAGACGCAGCCGCCTACATCCAAGCACAATTTGAAAGCAAAAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTCACCCAACAAAGAAATATATTGTCACATGACTTGTGCCACAGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262691 GCTCACCCAACAAAGAAATATATTGTCACATGACTTGTGCCACAGACACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATAACATCCAGGTGGTGTTCGACGCCGTCACCGACATCATCATTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262741 AATAACATCCAGGTGGTGTTCGACGCCGTCACCGACATCATCATTGCCAA

   1100     .    :    .    :    .
   1038 CAACCTCCGGGGCTGCGGCTTGTAC
        |||||||||||||||||||||||||
 262791 CAACCTCCGGGGCTGCGGCTTGTAC