seq1 = pF1KB3865.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KB3865/gi568815587r_134281941.tfa (gi568815587r:134281941_134452384), 170444 bp

>pF1KB3865 1002
>gi568815587r:134281941_134452384 (Chr11)

(complement)

1-112  (64726-64837)   100% ->
113-621  (68197-68705)   100% ->
622-918  (69379-69675)   100% ->
919-1002  (70361-70444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGAGACGGGACATCCTAGCGATCGTCCTCATCGTGCTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64726 ATGCCGAAGAGACGGGACATCCTAGCGATCGTCCTCATCGTGCTGCCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACTCTGCTCATCACTGTCTGGCACCAGAGCACCCTCGCACCCCTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64776 GACTCTGCTCATCACTGTCTGGCACCAGAGCACCCTCGCACCCCTGCTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGTACATAAGG         ATGAGGGCAGTGACCCCCGACGCGAAACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
  64826 CGGTACATAAGGGTG...CAGATGAGGGCAGTGACCCCCGACGCGAAACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGCCCGGCGCCGACCCCAGGGAGTACTGCACGTCTGACCGCGACATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68226 CCGCCCGGCGCCGACCCCAGGGAGTACTGCACGTCTGACCGCGACATCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGTGGTGCGCACCGAGTACGTGTACACGCGGCCCCCGCCATGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68276 GGAGGTGGTGCGCACCGAGTACGTGTACACGCGGCCCCCGCCATGGTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACGCTGCCCACCATCCACGTGGTGACGCCCACCTACAGCCGCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68326 ACACGCTGCCCACCATCCACGTGGTGACGCCCACCTACAGCCGCCCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGAAGGCCGAGCTGACGCGCATGGCCAACACGCTGCTGCACGTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68376 CAGAAGGCCGAGCTGACGCGCATGGCCAACACGCTGCTGCACGTGCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCCACTGGCTGGTGGTGGAGGATGCGCCGCGCCGGACGCCGCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68426 CCTCCACTGGCTGGTGGTGGAGGATGCGCCGCGCCGGACGCCGCTGACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCGCCTGCTGCGCGACACCGGCCTCAACTACACGCACCTGCACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68476 CGCGCCTGCTGCGCGACACCGGCCTCAACTACACGCACCTGCACGTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACGCCCCGCAACTACAAGCTGCGCGGAGACGCCCGCGACCCACGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68526 ACGCCCCGCAACTACAAGCTGCGCGGAGACGCCCGCGACCCACGCATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCGGGGCACCATGCAGCGCAACCTGGCCCTGCGCTGGCTGCGCGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68576 GCGGGGCACCATGCAGCGCAACCTGGCCCTGCGCTGGCTGCGCGAGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCCGCGCAACTCCAGCCAGCCTGGCGTGGTCTACTTCGCCGACGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68626 TCCCGCGCAACTCCAGCCAGCCTGGCGTGGTCTACTTCGCCGACGACGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACACCTACAGCCTGGAGCTCTTCGAAGAG         ATGCGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  68676 AACACCTACAGCCTGGAGCTCTTCGAAGAGGTG...TAGATGCGCAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGGAGGGTGTCCGTGTGGCCCGTCGCCTTCGTGGGTGGCCTGCGGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69390 CAGGAGGGTGTCCGTGTGGCCCGTCGCCTTCGTGGGTGGCCTGCGGTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGCCCCACGGGTGAACGGGGCAGGGAAGGTGGTCGGCTGGAAGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69440 AGGCCCCACGGGTGAACGGGGCAGGGAAGGTGGTCGGCTGGAAGACGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTTGACCCCCACCGGCCATTTGCAATAGACATGGCTGGATTTGCCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69490 TTTGACCCCCACCGGCCATTTGCAATAGACATGGCTGGATTTGCCGTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTGCGGCTCATTCTGCAGCGAAGCCAGGCCTACTTCAAGCTGCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69540 CCTGCGGCTCATTCTGCAGCGAAGCCAGGCCTACTTCAAGCTGCGAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGAAGGGAGGCTACCAGGAAAGCAGCCTCCTTCGAGAACTTGTCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69590 TGAAGGGAGGCTACCAGGAAAGCAGCCTCCTTCGAGAACTTGTCACCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AACGACCTGGAGCCCAAGGCAGCCAACTGCACCAAG         ATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  69640 AACGACCTGGAGCCCAAGGCAGCCAACTGCACCAAGGTG...CAGATCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGTGTGGCACACACGGACAGAGAAGCCAGTGCTGGTGAATGAGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70366 GGTGTGGCACACACGGACAGAGAAGCCAGTGCTGGTGAATGAGGGCAAGA

   1000     .    :    .    :    .
    974 AGGGCTTCACTGACCCCTCGGTGGAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||
  70416 AGGGCTTCACTGACCCCTCGGTGGAGATC