seq1 = pF1KB3863.tfa, 2403 bp
seq2 = pF1KB3863/gi568815592f_32874462.tfa (gi568815592f:32874462_33080715), 206254 bp

>pF1KB3863 2403
>gi568815592f:32874462_33080715 (Chr6)

1-29  (98438-98466)   100% ->
30-333  (100001-100304)   100% ->
334-471  (100923-101060)   100% ->
472-610  (101570-101708)   100% ->
611-825  (101789-102003)   100% ->
826-1200  (102101-102475)   100% ->
1201-1329  (102981-103109)   100% ->
1330-1578  (103296-103544)   100% ->
1579-1841  (103665-103927)   100% ->
1842-2146  (105367-105671)   100% ->
2147-2269  (105881-106003)   100% ->
2270-2403  (106121-106254)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCAAAACGTGACTCCCCACAATAA         GCTCCCTGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  98438 ATGCTGCAAAACGTGACTCCCCACAATAAGTA...CAGGCTCCCTGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGGAATGCAGGGTTGCTGGGGCTGGGCCCAGAAGCAGCAGCACCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 AGGGAATGCAGGGTTGCTGGGGCTGGGCCCAGAAGCAGCAGCACCAGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGGATTCGAAAACCCTCTCTCTTGTATGAGGGCTTTGAGAGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 AGAGGATTCGAAAACCCTCTCTCTTGTATGAGGGCTTTGAGAGCCCCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGCTTCGGTGCCTGCTTTGCAACTTACCCCTGCCAACCCACCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 ATGGCTTCGGTGCCTGCTTTGCAACTTACCCCTGCCAACCCACCACCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGTGTCCAATCCCAAAAAGCCAGGACGAGTTACCAACCAGCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 GGAGGTGTCCAATCCCAAAAAGCCAGGACGAGTTACCAACCAGCTGCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTACACAAGGTAGTGATGAAGGCTCTGTGGAAACATCAGTTCGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100213 ACCTACACAAGGTAGTGATGAAGGCTCTGTGGAAACATCAGTTCGCATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCATTCCGGCAGCCTGTGGATGCTGTCAAACTGGGTCTACCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100263 CCATTCCGGCAGCCTGTGGATGCTGTCAAACTGGGTCTACCGGTG...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  GATTATCACAAAATTATAAAACAGCCTATGGACATGGGTACTATTAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100922 GGATTATCACAAAATTATAAAACAGCCTATGGACATGGGTACTATTAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAGACTTGAAAACAATTATTATTGGGCTGCTTCAGAGTGTATGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 GGAGACTTGAAAACAATTATTATTGGGCTGCTTCAGAGTGTATGCAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTAATACCATGTTCACCAACTGTTACATTTACAACAAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101022 TTTAATACCATGTTCACCAACTGTTACATTTACAACAAGGTG...TAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACTGATGATATTGTCCTAATGGCACAAACGCTGGAAAAGATATTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 CACTGATGATATTGTCCTAATGGCACAAACGCTGGAAAAGATATTCCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAAGGTTGCATCAATGCCACAAGAAGAACAAGAGCTGGTAGTGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 AGAAGGTTGCATCAATGCCACAAGAAGAACAAGAGCTGGTAGTGACCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTAAGAACAGCCACAAGAAGGGGGCCAAGTTGGCAG         CGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101672 CCTAAGAACAGCCACAAGAAGGGGGCCAAGTTGGCAGGTA...TAGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGGGCAGTGTTACCAGTGCCCATCAGGTGCCTGCCGTCTCTTCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 CCAGGGCAGTGTTACCAGTGCCCATCAGGTGCCTGCCGTCTCTTCTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACACACAGCCCTGTATACTCCTCCACCTGAGATACCTACCACTGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 CACACACAGCCCTGTATACTCCTCCACCTGAGATACCTACCACTGTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACATTCCCCACCCATCAGTCATTTCCTCTCCACTTCTCAAGTCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 AACATTCCCCACCCATCAGTCATTTCCTCTCCACTTCTCAAGTCCTTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCTGCTGGACCCCCGCTCCTTGCTGTTACTGCAGCTCCTCCAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 CTCTGCTGGACCCCCGCTCCTTGCTGTTACTGCAGCTCCTCCAGCCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCTTGCCAAG         AAAAAAGGCGTAAAGCGGAAAGCAGATACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 CCCTTGCCAAGGTA...CAGAAAAAAGGCGTAAAGCGGAAAGCAGATACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCACCCCTACACCTACAGCCATCTTGGCTCCTGGTTCTCCAGCTAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 ACCACCCCTACACCTACAGCCATCTTGGCTCCTGGTTCTCCAGCTAGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCCTGGGAGTCTTGAGCCTAAGGCAGCACGGCTTCCCCCTATGCGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 TCCTGGGAGTCTTGAGCCTAAGGCAGCACGGCTTCCCCCTATGCGTAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGAGTGGTCGCCCCATCAAGCCCCCACGCAAAGACTTGCCTGACTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102231 AGAGTGGTCGCCCCATCAAGCCCCCACGCAAAGACTTGCCTGACTCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAACAACACCAGAGCTCTAAGAAAGGAAAGCTTTCAGAACAGTTAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102281 CAACAACACCAGAGCTCTAAGAAAGGAAAGCTTTCAGAACAGTTAAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTGCAATGGCATTTTGAAGGAGTTACTCTCTAAGAAGCATGCTGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102331 TTGCAATGGCATTTTGAAGGAGTTACTCTCTAAGAAGCATGCTGCCTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTTGGCCTTTCTATAAACCAGTGGATGCTTCTGCACTTGGCCTGCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 CTTGGCCTTTCTATAAACCAGTGGATGCTTCTGCACTTGGCCTGCATGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCATGACATCATTAAGCACCCCATGGACCTCAGCACTGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102431 TACCATGACATCATTAAGCACCCCATGGACCTCAGCACTGTCAAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201     CGGAAGATGGAGAACCGTGATTACCGGGATGCACAGGAGTTTGCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 .CAGCGGAAGATGGAGAACCGTGATTACCGGGATGCACAGGAGTTTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGATGTACGGCTTATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAATCCCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103027 CTGATGTACGGCTTATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAATCCCCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CACGATGTTGTGGCAATGGCACGAAAGCTACAG         GATGTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103077 CACGATGTTGTGGCAATGGCACGAAAGCTACAGGTG...TAGGATGTATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGAGTTCCGTTATGCCAAGATGCCAGATGAACCACTAGAACCAGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 TGAGTTCCGTTATGCCAAGATGCCAGATGAACCACTAGAACCAGGGCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TACCAGTCTCTACTGCCATGCCCCCTGGCTTGGCCAAATCGTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103354 TACCAGTCTCTACTGCCATGCCCCCTGGCTTGGCCAAATCGTCTTCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCCTCCAGTGAGGAAAGTAGCAGTGAGAGCTCCTCTGAGGAAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103404 TCCTCCAGTGAGGAAAGTAGCAGTGAGAGCTCCTCTGAGGAAGAGGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGAAGATGAGGAGGACGAGGAGGAAGAAGAGAGTGAAAGCTCAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103454 GGAAGATGAGGAGGACGAGGAGGAAGAAGAGAGTGAAAGCTCAGACTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGGAAGAAAGGGCTCATCGCTTAGCAGAACTACAGGAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103504 AGGAAGAAAGGGCTCATCGCTTAGCAGAACTACAGGAACAGGTA...TAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTTCGGGCAGTACATGAACAACTGGCTGCTCTGTCCCAGGGTCCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103665 CTTCGGGCAGTACATGAACAACTGGCTGCTCTGTCCCAGGGTCCAATATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAAGCCCAAGAGGAAAAGAGAGAAAAAAGAGAAAAAGAAGAAACGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103715 CAAGCCCAAGAGGAAAAGAGAGAAAAAAGAGAAAAAGAAGAAACGGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CAGAGAAGCATCGAGGCCGAGCTGGGGCCGATGAAGATGACAAGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103765 CAGAGAAGCATCGAGGCCGAGCTGGGGCCGATGAAGATGACAAGGGGCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AGGGCACCCCGCCCACCTCAACCTAAGAAGTCCAAGAAAGCAAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103815 AGGGCACCCCGCCCACCTCAACCTAAGAAGTCCAAGAAAGCAAGTGGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TGGGGGTGGCAGTGCTGCTTTAGGCCCTTCTGGCTTTGGACCTTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103865 TGGGGGTGGCAGTGCTGCTTTAGGCCCTTCTGGCTTTGGACCTTCTGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GAAGTGGCACCAA         GCTCCCCAAAAAGGCCACAAAGACAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103915 GAAGTGGCACCAAGTG...TAGGCTCCCCAAAAAGGCCACAAAGACAGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CCACCTGCCCTGCCTACAGGTTATGATTCAGAGGAGGAGGAAGAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105395 CCACCTGCCCTGCCTACAGGTTATGATTCAGAGGAGGAGGAAGAGAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GCCCATGAGTTACGATGAGAAGCGGCAGCTGAGCCTGGACATCAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105445 GCCCATGAGTTACGATGAGAAGCGGCAGCTGAGCCTGGACATCAACAAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TACCTGGGGAGAAGCTGGGCCGAGTTGTGCATATAATCCAAGCCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 TACCTGGGGAGAAGCTGGGCCGAGTTGTGCATATAATCCAAGCCAGGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCCTCTTTACGTGATTCAAACCCAGAAGAGATTGAGATTGATTTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 CCCTCTTTACGTGATTCAAACCCAGAAGAGATTGAGATTGATTTTGAAAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 ACTCAAGCCATCCACACTTAGAGAGCTTGAGCGCTATGTCCTTTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 ACTCAAGCCATCCACACTTAGAGAGCTTGAGCGCTATGTCCTTTCCTGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 TACGTAAGAAACCCCGGAAGCCCTACA         CCATTAAGAAGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105645 TACGTAAGAAACCCCGGAAGCCCTACAGTA...TAGCCATTAAGAAGCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GTGGGAAAGACAAAGGAGGAACTGGCTTTGGAGAAAAAGCGGGAATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105895 GTGGGAAAGACAAAGGAGGAACTGGCTTTGGAGAAAAAGCGGGAATTAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 AAAGCGGTTACAAGATGTCAGCGGACAGCTCAATTCTACTAAAAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105945 AAAGCGGTTACAAGATGTCAGCGGACAGCTCAATTCTACTAAAAAGCCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 CCAAGAAAG         CGAATGAGAAAACAGAGTCATCCTCTGCACAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105995 CCAAGAAAGGTG...CAGCGAATGAGAAAACAGAGTCATCCTCTGCACAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 CAAGTAGCAGTGTCACGCCTTAGCGCTTCCAGCTCCAGCTCAGATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106153 CAAGTAGCAGTGTCACGCCTTAGCGCTTCCAGCTCCAGCTCAGATTCCAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CTCCTCCTCTTCCTCGTCGTCGTCTTCAGACACCAGTGATTCAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106203 CTCCTCCTCTTCCTCGTCGTCGTCTTCAGACACCAGTGATTCAGACTCAG

   2500 
   2402 GC
        ||
 106253 GC