seq1 = pF1KB3860.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KB3860/gi568815590r_144233188.tfa (gi568815590r:144233188_144436169), 202982 bp

>pF1KB3860 1044
>gi568815590r:144233188_144436169 (Chr8)

(complement)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-1044  (102054-102982)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGGTCCTTCCTGGTCAAGAAGGTCAAACTTGACGCGTTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGGTCCTTCCTGGTCAAGAAGGTCAAACTTGACGCGTTCTCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGACCTGGAGAGCGCCTACGGACGCGCCCGCAGCGACCTCGGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGACCTGGAGAGCGCCTACGGACGCGCCCGCAGCGACCTCGGCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGCACGATAAAG         GGTACCTCAGCGACTACGTGGGGCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTGCACGATAAAGGTG...CAGGGTACCTCAGCGACTACGTGGGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGTCCGTCTACGATGGCGACGCCGAGGCTGCGCTGCTCAAAGGGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102080 TCGTCCGTCTACGATGGCGACGCCGAGGCTGCGCTGCTCAAAGGGCCGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCGGAGCCCATGTACGCAGCAGCTGTGCGTGGAGAGCTGGGTCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102130 GCCGGAGCCCATGTACGCAGCAGCTGTGCGTGGAGAGCTGGGTCCGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCAGGGTCTGCGCCGCCGCCCACCCCGCGCCCGGAGCTGGCCACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102180 CTGCAGGGTCTGCGCCGCCGCCCACCCCGCGCCCGGAGCTGGCCACCGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGGGCGGCTACATCAACGGCGACGCGGCCGTCAGCGAGGGCTACGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102230 GCGGGCGGCTACATCAACGGCGACGCGGCCGTCAGCGAGGGCTACGCGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACGCCTTCTTCATCACCGACGGGCGCTCGCGGCGTAAGGCTTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102280 GGACGCCTTCTTCATCACCGACGGGCGCTCGCGGCGTAAGGCTTCCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGGCTCTGCCGCCGCTCCCTCCACAGCCTCGGCGGCGGCCCCCGACGGC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102330 CCGGCGCTGCCGCCGCTCCCTCCACAGCCTCGGCGGCGGCCCCCGACGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACGCCGGAGGCGGGGGCGGGGCGGGCGGGCGCAGCTTGGGATCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102380 GACGCCGGAGGCGGGGGCGGGGCGGGCGGGCGCAGCTTGGGATCCGGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGGGGCCGGGGCGGCACGCGCGCGGGGGCAGGCACCGAGGCGCGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102430 GGGGGGCCGGGGCGGCACGCGCGCGGGGGCAGGCACCGAGGCGCGCGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGCCAGGGGCCGCAGGTGCTGGCGGCCGGCACGCGTGCGGCGAGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102480 GGCCAGGGGCCGCAGGTGCTGGCGGCCGGCACGCGTGCGGCGAGTGCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAACATACGCCACGTCGTCGAACCTGAGCCGCCACAAGCAGACGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102530 AAAACATACGCCACGTCGTCGAACCTGAGCCGCCACAAGCAGACGCACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGCCTGGACAGCCAGCTGGCGCGGCGCTGCCCGACGTGCGGCAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102580 CAGCCTGGACAGCCAGCTGGCGCGGCGCTGCCCGACGTGCGGCAAGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACGTGTCCATGCCGGCCATGGCCATGCACCTGCTCACGCACGACCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 ACGTGTCCATGCCGGCCATGGCCATGCACCTGCTCACGCACGACCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACAAGTGCGGCGTGTGCGGCAAAGCCTTCTCGCGGCCCTGGCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 CACAAGTGCGGCGTGTGCGGCAAAGCCTTCTCGCGGCCCTGGCTGCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCCACATGCGCTCGCACACCGGCGAGAAACCCTTCGGCTGCGCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102730 GGGCCACATGCGCTCGCACACCGGCGAGAAACCCTTCGGCTGCGCGCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCGGCAAGGCCTTCGCCGACCGCTCCAACCTGCGCGCGCACATGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 GCGGCAAGGCCTTCGCCGACCGCTCCAACCTGCGCGCGCACATGCAGACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CATTCGGCCTTCAAGCACTTCCAGTGCAAGCGCTGCAAGAAGAGCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102830 CATTCGGCCTTCAAGCACTTCCAGTGCAAGCGCTGCAAGAAGAGCTTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTCAAGTCCTATCTCAACAAGCACTACGAGTCGGCCTGCTTCAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102880 GCTCAAGTCCTATCTCAACAAGCACTACGAGTCGGCCTGCTTCAAGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCGCCGGAGGCCCCGCGGCTCCTGCGCCGCCACAGCTCAGCCCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102930 GCGCCGGAGGCCCCGCGGCTCCTGCGCCGCCACAGCTCAGCCCTGTGCAG

   1050 
   1042 GCC
        |||
 102980 GCC