seq1 = pF1KB3853.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KB3853/gi568815580r_26756214.tfa (gi568815580r:26756214_26962597), 206384 bp

>pF1KB3853 636
>gi568815580r:26756214_26962597 (Chr18)

(complement)

1-32  (96909-96940)   100% ->
33-375  (100002-100344)   100% ->
376-636  (106124-106384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGACAGACCCACAGCAAGGCGGTGGGG         TAAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  96909 ATGAGTGACAGACCCACAGCAAGGCGGTGGGGGTA...CAGTAAGTGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTTTGTGTACCAGAGAGAACATCATGGTGGCTTTCAAAGGGGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 ACCTTTGTGTACCAGAGAGAACATCATGGTGGCTTTCAAAGGGGTCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAAGCTTTCTGGAAAGCAGTCACAGCGGAATTTCTGGCCATGCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 CTCAAGCTTTCTGGAAAGCAGTCACAGCGGAATTTCTGGCCATGCTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTTCTCCTCAGCCTGGGATCCACCATCAACTGGGGTGGAACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 TTTGTTCTCCTCAGCCTGGGATCCACCATCAACTGGGGTGGAACAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTTTACCGGTCGACATGGTTCTCATCTCCCTTTGCTTTGGACTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 GCCTTTACCGGTCGACATGGTTCTCATCTCCCTTTGCTTTGGACTCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCAACCATGGTGCAGTGCTTTGGCCATATCAGCGGTGGCCACATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 TTGCAACCATGGTGCAGTGCTTTGGCCATATCAGCGGTGGCCACATCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGCAGTGACTGTGGCCATGGTGTGCACCAGGAAGATCAGCATCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 CCTGCAGTGACTGTGGCCATGGTGTGCACCAGGAAGATCAGCATCGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCTGTCTTCTACATCGCAGCCCAGTGCCTGGGG         CCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100311 GTCTGTCTTCTACATCGCAGCCCAGTGCCTGGGGGCC...GGGCCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGAGCTGTCCTCGCTGGTGGCCTTTATGAGTATGTCTTCTGTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 TAGGAGCTGTCCTCGCTGGTGGCCTTTATGAGTATGTCTTCTGTCCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGAATTCAAACGTCGTTTTAAAGAAGCCTTCAGCAAAGCTGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 GTTGAATTCAAACGTCGTTTTAAAGAAGCCTTCAGCAAAGCTGCCCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACAAAAGGAAGCTACATGGAGGTGGAGGACAACAGGAGTCAGGTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106231 AACAAAAGGAAGCTACATGGAGGTGGAGGACAACAGGAGTCAGGTAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGATGACCTGATTCTAAAACCTGGAGTGGTGCATGTGATTGACGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106281 CGGATGACCTGATTCTAAAACCTGGAGTGGTGCATGTGATTGACGTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGGGGAGAGGAGAAGAAGGGGAAAGACCAATCTGGAGAGGTATTGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106331 CGGGGAGAGGAGAAGAAGGGGAAAGACCAATCTGGAGAGGTATTGTCTTC

    650 
    633 AGTA
        ||||
 106381 AGTA