seq1 = pF1KB3845.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB3845/gi568815576f_41881643.tfa (gi568815576f:41881643_42094753), 213111 bp

>pF1KB3845 1050
>gi568815576f:41881643_42094753 (Chr22)

9-202  (100001-100194)   100% ->
203-331  (104342-104470)   100% ->
332-413  (105564-105645)   100% ->
414-551  (105980-106117)   100% ->
552-669  (107925-108042)   100% ->
670-765  (109931-110026)   100% ->
766-865  (111022-111121)   100% ->
866-917  (112648-112699)   100% ->
918-1050  (112979-113111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGGGCTCCCAGAGACCAGGACGGACGCAGCCATGTCAGAGCTGGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGGCTCCCAGAGACCAGGACGGACGCAGCCATGTCAGAGCTGGTGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 AGCCCAGGCCTAAGCCAGCGGTGCCCATGAAGCCCATGAGCATCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCAGGCCTAAGCCAGCGGTGCCCATGAAGCCCATGAGCATCAACTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 AACCTGCTGGGCTACATCGGCATCGACACCATCATCGAGCAGATGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACCTGCTGGGCTACATCGGCATCGACACCATCATCGAGCAGATGCGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 GAAGACCATGAAGACCGGTTTCGACTTCAACATCATGGTCGTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 GAAGACCATGAAGACCGGTTTCGACTTCAACATCATGGTCGTTGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203    GCCAGAGTGGACTGGGCAAATCAACGCTGGTCAACACGCTCTTCAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104339 TAGGCCAGAGTGGACTGGGCAAATCAACGCTGGTCAACACGCTCTTCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 TCCCAAGTGAGCCGCAAGGCCTCCAGCTGGAACCGGGAGGAGAAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104389 TCCCAAGTGAGCCGCAAGGCCTCCAGCTGGAACCGGGAGGAGAAGATCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CAAGACAGTGGAGATCAAAGCTATCGGGCATG         TGATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104439 CAAGACAGTGGAGATCAAAGCTATCGGGCATGGTG...CAGTGATAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AAGGCGGTGTCAAAATGAAGCTGACCGTCATCGACACCCCAGGCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105573 AAGGCGGTGTCAAAATGAAGCTGACCGTCATCGACACCCCAGGCTTTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 GACCAAATCAACAATGAAAACTG         CTGGGAGCCCATTGAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105623 GACCAAATCAACAATGAAAACTGGTA...CAGCTGGGAGCCCATTGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 GTACATCAATGAGCAGTACGAGAAGTTCCTGAAGGAGGAGGTCAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105998 GTACATCAATGAGCAGTACGAGAAGTTCCTGAAGGAGGAGGTCAACATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 CCAGGAAGAAACGCATCCCTGACACTCGTGTCCACTGCTGCCTTTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106048 CCAGGAAGAAACGCATCCCTGACACTCGTGTCCACTGCTGCCTTTACTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 ATCTCTCCCACAGGACACTC         CTTGCGACCTCTGGATCTTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106098 ATCTCTCCCACAGGACACTCGTA...CAGCTTGCGACCTCTGGATCTTGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 GTTCATGAAACACCTCAGCAAGGTTGTGAACATCATCCCTGTCATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107946 GTTCATGAAACACCTCAGCAAGGTTGTGAACATCATCCCTGTCATTGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 AGGCTGACACCATGACCCTGGAGGAGAAGTCTGAATTCAAGCAAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107996 AGGCTGACACCATGACCCTGGAGGAGAAGTCTGAATTCAAGCAAAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670       GTTCGCAAGGAGCTTGAAGTAAATGGCATTGAATTCTACCCCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108046 ...TAGGTTCGCAAGGAGCTTGAAGTAAATGGCATTGAATTCTACCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 GAAGGAATTTGATGAGGATTTGGAGGATAAGACGGAGAATGACAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109975 GAAGGAATTTGATGAGGATTTGGAGGATAAGACGGAGAATGACAAAATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 GG         CAGGAGAGCATGCCTTTTGCTGTGGTGGGAAGTGACAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110025 GGGTG...CAGCAGGAGAGCATGCCTTTTGCTGTGGTGGGAAGTGACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 GAGTACCAAGTGAATGGCAAGAGGGTCCTCGGCCGAAAAACTCCATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111061 GAGTACCAAGTGAATGGCAAGAGGGTCCTCGGCCGAAAAACTCCATGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GATCATCGAAG         TGGAAAACCTCAACCACTGTGAGTTTGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111111 GATCATCGAAGGTA...TAGTGGAAAACCTCAACCACTGTGAGTTTGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGCTTCGAGACTTTGTCATCAG         GACCCACCTCCAGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112678 TGCTTCGAGACTTTGTCATCAGGTA...TAGGACCCACCTCCAGGACCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 AAGGAAGTGACACACAACATCCACTATGAGACTTACAGGGCCAAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112998 AAGGAAGTGACACACAACATCCACTATGAGACTTACAGGGCCAAGCGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 CAATGACAATGGAGGCCTCCCTCCGGTGAGCGTGGACACAGAGGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113048 CAATGACAATGGAGGCCTCCCTCCGGTGAGCGTGGACACAGAGGAAAGCC

   1100     .    :
   1037 ACGACAGTAACCCA
        ||||||||||||||
 113098 ACGACAGTAACCCA