seq1 = pF1KB3815.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KB3815/gi568815595r_51858064.tfa (gi568815595r:51858064_52061240), 203177 bp

>pF1KB3815 1209
>gi568815595r:51858064_52061240 (Chr3)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-105  (100208-100231)   100% ->
106-138  (100343-100375)   100% ->
139-255  (100599-100715)   100% ->
256-387  (100921-101052)   100% ->
388-516  (101218-101346)   100% ->
517-591  (101590-101664)   100% ->
592-636  (101830-101874)   100% ->
637-700  (101949-102012)   100% ->
701-753  (102142-102194)   100% ->
754-923  (102282-102451)   100% ->
924-1209  (102892-103177)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGCTCGGACGGGGGACTGGAGGAGGAGCCAGAGCTCAGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGCTCGGACGGGGGACTGGAGGAGGAGCCAGAGCTCAGCATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCACGCTGCGGATGCTGATGCACGGGAAG         GAAGTGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CCTCACGCTGCGGATGCTGATGCACGGGAAGGTG...CAGGAAGTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCATCGGGAAG         AAGGGCGAGACTGTAAAGCGAATCCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100218 GCATCATCGGGAAGGTA...CAGAAGGGCGAGACTGTAAAGCGAATCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGCAG         AGCAGTGCCCGGATCACCATCTCCGAGGGCTCCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100370 GAGCAGGTG...CAGAGCAGTGCCCGGATCACCATCTCCGAGGGCTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCCTGAACGCATCACCACCATCACCGGGTCTACAGCAGCTGTCTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100634 CCCTGAACGCATCACCACCATCACCGGGTCTACAGCAGCTGTCTTCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGTCTCCATGATTGCTTTCAAACTGGATGAG         GACCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100684 CAGTCTCCATGATTGCTTTCAAACTGGATGAGGTC...CAGGACCTTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCTGCTCCTGCAAATGGTGGAAATGTCTCCAGGCCTCCAGTGACCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 GCTGCTCCTGCAAATGGTGGAAATGTCTCCAGGCCTCCAGTGACCCTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCTTGTCATCCCTGCCAGTCAGTGTGGCTCACTGATTGGGAAGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100980 CCTTGTCATCCCTGCCAGTCAGTGTGGCTCACTGATTGGGAAGGCTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAAGATCAAGGAGATCCGAGAG         ACTACGGGTGCCCAGGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101030 CCAAGATCAAGGAGATCCGAGAGGTG...CAGACTACGGGTGCCCAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGGTGGCAGGGGACCTGCTCCCCAACTCCACAGAGCGAGCTGTTACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 CAGGTGGCAGGGGACCTGCTCCCCAACTCCACAGAGCGAGCTGTTACGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCTGGGGTGCCTGATGCCATCATCCTGTGTGTGCGCCAGATCTGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 ATCTGGGGTGCCTGATGCCATCATCCTGTGTGTGCGCCAGATCTGCGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTATCCTGGAG         TCCCCACCCAAAGGAGCCACTATCCCCTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 TTATCCTGGAGGTG...CAGTCCCCACCCAAAGGAGCCACTATCCCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATCCGAGCCTCTCCCTAGGTACTGTTCTTCTCTCTGCCAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101620 CATCCGAGCCTCTCCCTAGGTACTGTTCTTCTCTCTGCCAACCAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     GGCTTCTCTGTCCAGGGTCAGTATGGGGCTGTGACCCCAGCTGAG 
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101670 .CAGGGCTTCTCTGTCCAGGGTCAGTATGGGGCTGTGACCCCAGCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637         GTCACCAAGCTCCAGCAGCTCTCAAGCCATGCGGTCCCCTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 TG...CAGGTCACCAAGCTCCAGCAGCTCTCAAGCCATGCGGTCCCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCCACACCCAGCGTGGTGCCAG         GACTGGATCCCGGCACACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101991 GCCACACCCAGCGTGGTGCCAGGTA...CAGGACTGGATCCCGGCACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GACCAGCTCACAGGAGTTCTTGGTTCCCAACGAT         TTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102161 GACCAGCTCACAGGAGTTCTTGGTTCCCAACGATGTG...TAGTTGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GCTGTGTGATCGGGCGCCAGGGCAGCAAGATCAGCGAGATCCGGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102289 GCTGTGTGATCGGGCGCCAGGGCAGCAAGATCAGCGAGATCCGGCAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TCAGGGGCACATATCAAGATCGGGAACCAAGCAGAGGGCGCTGGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102339 TCAGGGGCACATATCAAGATCGGGAACCAAGCAGAGGGCGCTGGGGAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCATGTCACCATCACTGGCTCTCCGGTCTCCATCGCCCTGGCCCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102389 GCATGTCACCATCACTGGCTCTCCGGTCTCCATCGCCCTGGCCCAGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCATCACTGCCTG         TCTAGAGACGGCCAAGTCTACCTCTGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102439 TCATCACTGCCTGGTG...CAGTCTAGAGACGGCCAAGTCTACCTCTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGGACGCCCAGCTCGGCCCCCGCAGACCTGCCTGCCCCCTTCTCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 GGGACGCCCAGCTCGGCCCCCGCAGACCTGCCTGCCCCCTTCTCGCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CCTGACGGCCCTGCCCACAGCTCCCCCTGGCCTGCTGGGCACACCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 CCTGACGGCCCTGCCCACAGCTCCCCCTGGCCTGCTGGGCACACCCTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCATCTCCCTCTCCAACTTCATCGGCCTCAAGCCCATGCCCTTCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 CCATCTCCCTCTCCAACTTCATCGGCCTCAAGCCCATGCCCTTCTTGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TTACCACCTGCTTCCCCAGGGCCGCCGCCGGGCTTGGCGGCCTACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 TTACCACCTGCTTCCCCAGGGCCGCCGCCGGGCTTGGCGGCCTACACTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAAGATGGCAGCAGCTAATGGGAGCAAGAAGGCTGAGCGGCAGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 CAAGATGGCAGCAGCTAATGGGAGCAAGAAGGCTGAGCGGCAGAAATTCT

   1300     .
   1202 CCCCCTAC
        ||||||||
 103170 CCCCCTAC