seq1 = pF1KB3799.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KB3799/gi568815575f_48497997.tfa (gi568815575f:48497997_48705029), 207033 bp

>pF1KB3799 1455
>gi568815575f:48497997_48705029 (ChrX)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-282  (100721-100961)   100% ->
283-392  (101357-101466)   100% ->
393-523  (101591-101721)   100% ->
524-831  (102323-102630)   100% ->
832-1012  (103788-103968)   100% ->
1013-1154  (104069-104210)   100% ->
1155-1273  (106276-106394)   100% ->
1274-1455  (106852-107033)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGTGTGGCAGCAAGTCTTAGCAGTGGACGCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCCGCGGTGTGGCAGCAAGTCTTAGCAGTGGACGCGAGGTG...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTACAACGCGTACCGCACACCAACGTTTCCACAGTTTCGGACGCAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 GTACAACGCGTACCGCACACCAACGTTTCCACAGTTTCGGACGCAGTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCGCCGGCGCAGCCAGCTGCTGCGGGAGAATGCCAAGGCTGGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 TCCGCCGGCGCAGCCAGCTGCTGCGGGAGAATGCCAAGGCTGGGCACCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCGCTGCGTCGGCAGTACCTGAGGCTTCGGGGGCAGCTGCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 CCAGCGCTGCGTCGGCAGTACCTGAGGCTTCGGGGGCAGCTGCTGGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGCTACGGGCCCCTCTCCGAGCCAGGCAGTGCTCGTGCCTATAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 GCGCTACGGGCCCCTCTCCGAGCCAGGCAGTGCTCGTGCCTATAGCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATCGTCCGCAGTAGCCGCACTACTCTTGACCGCATGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100921 GCATCGTCCGCAGTAGCCGCACTACTCTTGACCGCATGGAGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTTTGAGGATGATCCTCGGGCCCTGGGGGCCCGTGGGCACCGTCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101357 GACTTTGAGGATGATCCTCGGGCCCTGGGGGCCCGTGGGCACCGTCGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCAGCAGAGGCTCCTACCAGCTGCAGGCGCAGATGAACCGTGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101407 TGTCAGCAGAGGCTCCTACCAGCTGCAGGCGCAGATGAACCGTGCCGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGGACAG         GCCCCCTGGCAGCGTGGTGCCCACGTCAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101457 ATGAGGACAGGTA...CAGGCCCCCTGGCAGCGTGGTGCCCACGTCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGAGGCAAGTCGGGCCATGGCCGGGGACACGTCACTGAGCGAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 GCAGAGGCAAGTCGGGCCATGGCCGGGGACACGTCACTGAGCGAGAACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCTTTGCGGGCATGTATCATGTTTTTGACCAGCACGTGGATGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 TGCCTTTGCGGGCATGTATCATGTTTTTGACCAGCACGTGGATGAGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          TCCCAAGGGTGCGCTTCGCCAATGATGACCGACACCGCCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 GTG...CAGTCCCAAGGGTGCGCTTCGCCAATGATGACCGACACCGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCTGCTGCTCACTCGACGGCAGCATCTCCCTGTGCCAGCTGGTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 GCCTGCTGCTCACTCGACGGCAGCATCTCCCTGTGCCAGCTGGTGCCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCACCCACAGTGCTTCGCGTGCTACGGGGCCACACCCGTGGTGTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102414 CCCACCCACAGTGCTTCGCGTGCTACGGGGCCACACCCGTGGTGTCTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTTCGCCTGGTCCCTCTCCAATGACATCCTCGTGTCCACCTCACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102464 ACTTCGCCTGGTCCCTCTCCAATGACATCCTCGTGTCCACCTCACTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCACCATGCGCATCTGGGCCTCTGAGGATGGTCGCTGCATCCGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102514 GCCACCATGCGCATCTGGGCCTCTGAGGATGGTCGCTGCATCCGAGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCTGACCCCGATAGCGCTGAACTGCTCTGCTGCACCTTCCAGCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102564 CCCTGACCCCGATAGCGCTGAACTGCTCTGCTGCACCTTCCAGCCTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAACAACCTCACTGTG         GTGGGGAACGCCAAGCACAACGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102614 ACAACAACCTCACTGTGGTC...CAGGTGGGGAACGCCAAGCACAACGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATGTCATGAACATCTCCACAGGCAAGAAAGTGAAGGGGGGCTCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103812 CATGTCATGAACATCTCCACAGGCAAGAAAGTGAAGGGGGGCTCCAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCTGACAGGCCGTGTCCTTGCTCTGTCCTTTGATGCCCCTGGCCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103862 GCTGACAGGCCGTGTCCTTGCTCTGTCCTTTGATGCCCCTGGCCGGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCTGGGCGGGTGATGACCGTGGCAGTGTCTTCTCTTTCCTCTTTGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103912 TCTGGGCGGGTGATGACCGTGGCAGTGTCTTCTCTTTCCTCTTTGATATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCACAG         GGAAGCTGACCAAAGCCAAGCGTTTGGTGGTGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103962 GCCACAGGTA...CAGGGAAGCTGACCAAAGCCAAGCGTTTGGTGGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGAGGGGAGCCCTGTGACCAGCATCTCAGCCCGGTCCTGGGTCAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 TGAGGGGAGCCCTGTGACCAGCATCTCAGCCCGGTCCTGGGTCAGCCGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGCCCGGGATCCCTCACTGCTCATCAATGCTTGCCTCAACAAGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 AGGCCCGGGATCCCTCACTGCTCATCAATGCTTGCCTCAACAAGTTGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTCTACAG         GGTGGTAGACAACGAGGGGACCCTGCAGCTGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104203 CTCTACAGGTG...CAGGGTGGTAGACAACGAGGGGACCCTGCAGCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAGAAGCTTCCCCATCGAGCAGAGCTCACATCCTGTGCGCAGCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106309 GAGAAGCTTCCCCATCGAGCAGAGCTCACATCCTGTGCGCAGCATCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GTCCCCTCATGTCCTTCCGCCAGGGGGCCTGCGTGG         TGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106359 GTCCCCTCATGTCCTTCCGCCAGGGGGCCTGCGTGGGTG...CAGTGACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCAGTGAGGACATGTGCGTGCACTTCTTTGATGTGGAGCGGGCGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106857 GGCAGTGAGGACATGTGCGTGCACTTCTTTGATGTGGAGCGGGCGGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCTGCTGTCAACAAGCTGCAGGGCCACAGTGCACCTGTGCTTGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106907 GGCTGCTGTCAACAAGCTGCAGGGCCACAGTGCACCTGTGCTTGATGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCTTCAACTGCGACGAGAGCCTACTGGCCTCCAGTGACGCCAGCGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106957 GCTTCAACTGCGACGAGAGCCTACTGGCCTCCAGTGACGCCAGCGGCATG

   1500     .    :    .    :    .
   1429 GTCATCGTCTGGAGGCGGGAGCAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 107007 GTCATCGTCTGGAGGCGGGAGCAGAAG