seq1 = pF1KB3754.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KB3754/gi568815580f_34655977.tfa (gi568815580f:34655977_34982203), 326227 bp

>pF1KB3754 2049
>gi568815580f:34655977_34982203 (Chr18)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-148  (109985-110065)   100% ->
149-362  (138061-138274)   100% ->
363-448  (150243-150328)   100% ->
449-603  (155983-156137)   100% ->
604-709  (159933-160038)   100% ->
710-876  (162188-162354)   100% ->
877-1001  (164815-164939)   100% ->
1002-1085  (171617-171700)   100% ->
1086-1173  (192320-192407)   100% ->
1174-1271  (195855-195952)   100% ->
1272-1385  (202309-202422)   100% ->
1386-1482  (207990-208086)   100% ->
1483-1642  (219263-219422)   100% ->
1643-1732  (221743-221832)   100% ->
1733-1901  (223575-223743)   100% ->
1902-2039  (226093-226231)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGAAGATAGTGGGAAAAGAGGAAATACCATGGCAGAAAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGAAGATAGTGGGAAAAGAGGAAATACCATGGCAGAAAGAAGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTTTGCAGAGATGA         GGGCTCAAGATCTGGATCGCATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTTTGCAGAGATGAGTA...TAGGGGCTCAAGATCTGGATCGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACTCTCCACCTACAGAACAGCATGCAAGCTTAGGTTTGTTCAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110009 GACTCTCCACCTACAGAACAGCATGCAAGCTTAGGTTTGTTCAGAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAATT         TGCACCTGGTGGACATATGGAATGTCATAGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110059 TGCAATTGTA...TAGTGCACCTGGTGGACATATGGAATGTCATAGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTGCGGGAAAATGCTCTGAACAACCTGGACCCAAACACTGAACTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138095 ATTGCGGGAAAATGCTCTGAACAACCTGGACCCAAACACTGAACTCAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTCCCGCTTAGAGGCTGTGCTCTCCACTATTTTTTACCAGCTCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138145 TGTCCCGCTTAGAGGCTGTGCTCTCCACTATTTTTTACCAGCTCAACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGATGCCAACCACTCACCAAATCCATGTGGAGCAGTCCATCAGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138195 CGGATGCCAACCACTCACCAAATCCATGTGGAGCAGTCCATCAGCCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTTAACTTCCTGCTTGCAGCGTTTGATCC         GGAAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 138245 CCTTAACTTCCTGCTTGCAGCGTTTGATCCGTA...CAGGGAAGGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTAAAATTTCAGTATTTGCTGTCAAAATGGCTTTAGCCACATTGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150254 GTAAAATTTCAGTATTTGCTGTCAAAATGGCTTTAGCCACATTGTGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGAAGATCATGGACAAATTAAGAT         ATATTTTCTCAATGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 150304 GGGAAGATCATGGACAAATTAAGATGTA...CAGATATTTTCTCAATGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTGACTCCAGTGGGGTGATGGTTTATGGACGATATGACCAATTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155999 TTCTGACTCCAGTGGGGTGATGGTTTATGGACGATATGACCAATTCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGAAGTTCTCAAACTACCCACGGCAGTTTTTGAAGGTCCTTCATTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156049 GGGAAGTTCTCAAACTACCCACGGCAGTTTTTGAAGGTCCTTCATTTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACACAGAACAGTCAGCCAGATCCTGTTTCTCCCAACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 156099 TACACAGAACAGTCAGCCAGATCCTGTTTCTCCCAACAGGTA...CAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAAGTCACGTTAAATGGTTTCTTGGACACGCTTATGTCAGATCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159935 AAAAGTCACGTTAAATGGTTTCTTGGACACGCTTATGTCAGATCCTCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCAGTGTCTGGTCTGGTTGCCTCTTCTGCATCGACTAGCAAATGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159985 CGCAGTGTCTGGTCTGGTTGCCTCTTCTGCATCGACTAGCAAATGTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATG         TCTTCCATCCGGTTGAGTGTTCCTACTGCCACAGTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160035 AATGGTG...TAGTCTTCCATCCGGTTGAGTGTTCCTACTGCCACAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGTATGATGGGATTTCGCTACCGATGCCAACAGTGTCACAATTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162225 GAGTATGATGGGATTTCGCTACCGATGCCAACAGTGTCACAATTACCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTGTCAGGACTGCTTCTGGAGGGGACATGCCGGTGGTTCTCATAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162275 TCTGTCAGGACTGCTTCTGGAGGGGACATGCCGGTGGTTCTCATAGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCACCAAATGAAAGAGTACACGTCATGG         AAATCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 162325 CAGCACCAAATGAAAGAGTACACGTCATGGGTA...CAGAAATCACCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAGAAGCTGACTAATGCATTAAGCAAGTCCCTGAGCTGTGCTTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164826 TAAGAAGCTGACTAATGCATTAAGCAAGTCCCTGAGCTGTGCTTCCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAACCTTTGCACCCCATGTTCCCAGATCAGCCTGAGAAGCCACTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164876 GTGAACCTTTGCACCCCATGTTCCCAGATCAGCCTGAGAAGCCACTCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGGCTCACATCGT         GCCTCCCAGACCTGTAACCAGCATGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 164926 TTGGCTCACATCGTGTG...TAGGCCTCCCAGACCTGTAACCAGCATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGACACCCTGTTCTCCCACTCTGTTCCCTCCTCAGGAAGTCCTTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171644 CGACACCCTGTTCTCCCACTCTGTTCCCTCCTCAGGAAGTCCTTTTATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAGGAG         CATGCTTGAGAGTTCAAACCGGCTTGATGAAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171694 CCAGGAGGTA...TAGCATGCTTGAGAGTTCAAACCGGCTTGATGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACAGGCTAATTGCCAGGTATGCGGCAAGGCTGGCAGCAGAGTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192354 CACAGGCTAATTGCCAGGTATGCGGCAAGGCTGGCAGCAGAGTCCTCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCT         CAGCCACCTCAGCAGAGAAGTGCTCCTGACATCTCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192404 GTCTGTA...CAGCAGCCACCTCAGCAGAGAAGTGCTCCTGACATCTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCACCATCGATGCGAATAAGCAGCAAAGGCAGCTGATTGCTGAGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195892 TCACCATCGATGCGAATAAGCAGCAAAGGCAGCTGATTGCTGAGCTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACAAGAACAG         AGAAATCTTACAGGAGATCCAGAGACTTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 195942 AACAAGAACAGGTG...AAGAGAAATCTTACAGGAGATCCAGAGACTTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTAGAGCATGAACAAGCTTCTCAGCCCACGCCAGAGAAGGCACAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202339 GCTAGAGCATGAACAAGCTTCTCAGCCCACGCCAGAGAAGGCACAGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCCCACCCTGCTGGCAGAACTCCGGCTCCTCAG         ACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 202389 ACCCCACCCTGCTGGCAGAACTCCGGCTCCTCAGGTA...TAGACAGCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAAGATGAGCTGGAACAGAGAATGTCTGCTCTCCAGGAGAGCCGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207997 AAAGATGAGCTGGAACAGAGAATGTCTGCTCTCCAGGAGAGCCGGAGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTAATGGTCCAGTTGGAGGGTCTCATGAAGCTACTAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 208047 GCTAATGGTCCAGTTGGAGGGTCTCATGAAGCTACTAAAGGTA...CAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTCAGGGGGCAGGCTCTCCCCGCTCCTCCCCCAGCCACACCATCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219264 CTCAGGGGGCAGGCTCTCCCCGCTCCTCCCCCAGCCACACCATCAGCAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCAATTCCCATGCCCATCCGGTCAGCGTCAGCCTGCTCCACCCCGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219314 CCAATTCCCATGCCCATCCGGTCAGCGTCAGCCTGCTCCACCCCGACGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CACGCCGCAGGACTCCCTCACAGGAGTAGGGGGAGATGTACAAGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219364 CACGCCGCAGGACTCCCTCACAGGAGTAGGGGGAGATGTACAAGAGGCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTGCACAAA         GTTCAAGAAGAAACTTAAGGAATGACTTGCTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 219414 TTGCACAAAGTA...AAGGTTCAAGAAGAAACTTAAGGAATGACTTGCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGGCTGCAGATTCCATCACTAACACTATGTCCTCTCTTGTGAAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221775 GTGGCTGCAGATTCCATCACTAACACTATGTCCTCTCTTGTGAAAGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GAATTCTG         AGGTTGGGAGTGAAACAGAGAGTAATGTGGATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 221825 GAATTCTGGTG...TAGAGGTTGGGAGTGAAACAGAGAGTAATGTGGATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CTGAATTTGCACGGACTCAGTTTGAGGATCTTGTTCCCTCACCAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223608 CTGAATTTGCACGGACTCAGTTTGAGGATCTTGTTCCCTCACCAACCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAAAAGGCTTTTCTAGCGCAAATCCATGCCCGAAAACCTGGGTACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223658 GAAAAGGCTTTTCTAGCGCAAATCCATGCCCGAAAACCTGGGTACATTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAGTGGAGCTACCACAAGTACCATGCGTGGCGACAT         GGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 223708 CAGTGGAGCTACCACAAGTACCATGCGTGGCGACATGTG...CAGGGTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CGGAGGATGCAGATCCCTATGTGCAGCCTGAAGATGAAAACTATGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226098 CGGAGGATGCAGATCCCTATGTGCAGCCTGAAGATGAAAACTATGAAAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GACTCTGTCCGGCAGCTGGAGAATGAGCTCCAGATGGAGGAATACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226148 GACTCTGTCCGGCAGCTGGAGAATGAGCTCCAGATGGAGGAATACCTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :
   2007 ACAGAAGCTGCAAGATGAAGCTTATCAGGT CAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||-|||
 226198 ACAGAAGCTGCAAGATGAAGCTTATCAGGTACAG