seq1 = pF1KB3746.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KB3746/gi568815578f_44380000.tfa (gi568815578f:44380000_44589538), 209539 bp

>pF1KB3746 1026
>gi568815578f:44380000_44589538 (Chr20)

1-445  (100001-100445)   100% ->
446-639  (104338-104531)   100% ->
640-750  (106597-106707)   100% ->
751-1026  (109264-109539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAAGAAAGTGACTCTCTGAGAACCAGCCCTTCTGTGGCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAAGAAAGTGACTCTCTGAGAACCAGCCCTTCTGTGGCCTCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGAAAATGAGCTGCCACCACCACCTGAGCCTCCGGGCTATGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGAAAATGAGCTGCCACCACCACCTGAGCCTCCGGGCTATGTGTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGACAGAAGACCTGGTCACCAAAGCCCGGGAAGAGCTGCAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTGACAGAAGACCTGGTCACCAAAGCCCGGGAAGAGCTGCAGGAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGAATGGAGACTTCGAGATGTGCAGGCCCTTCGTGACATGGTGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGAATGGAGACTTCGAGATGTGCAGGCCCTTCGTGACATGGTGCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTACCCCAACCTGAGCACATCCCTCGACGATGCCTTCCTGCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGTACCCCAACCTGAGCACATCCCTCGACGATGCCTTCCTGCTGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTCCGAGCCCGCAAGTTTGATTACGACCGGGCCCTGCAGCTCCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTCCGAGCCCGCAAGTTTGATTACGACCGGGCCCTGCAGCTCCTCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACTACCACAGCTGTAGAAGAAGCTGGCCCGAAGTCTTCAATAACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACTACCACAGCTGTAGAAGAAGCTGGCCCGAAGTCTTCAATAACTTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCATCAGCCTTAAAAGATGTCCTTGCTTCCGGGTTCCTCACCGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCATCAGCCTTAAAAGATGTCCTTGCTTCCGGGTTCCTCACCGTGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCACACTGACCCCAGGGGCTGCCATGTCGTCTGCATCCGCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100401 CCCACACTGACCCCAGGGGCTGCCATGTCGTCTGCATCCGCCCAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446     ACAGATGGATACCAAGCAACTATCCAATTACTGAAAACATCCGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 .TAGACAGATGGATACCAAGCAACTATCCAATTACTGAAAACATCCGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATATACTTGACCTTAGAAAAACTCATTCAGTCTGAAGAAACCCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104384 CATATACTTGACCTTAGAAAAACTCATTCAGTCTGAAGAAACCCAGGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGGAATTGTAATTCTTGCAGACTACAAAGGAGTGAGTTTATCAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104434 ATGGAATTGTAATTCTTGCAGACTACAAAGGAGTGAGTTTATCAAAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCTCACTTTGGCCCTTTTATAGCCAAAAAGGTGATTGGCATCCTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104484 TCTCACTTTGGCCCTTTTATAGCCAAAAAGGTGATTGGCATCCTCCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640        GATGGTTTCCCCATTCGGATAAAAGCAGTCCATGTGGTGAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104534 A...CAGGATGGTTTCCCCATTCGGATAAAAGCAGTCCATGTGGTGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACCTCGAATATTTAAAGGCATTTTTGCCATCATAAAACCATTTCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106640 AACCTCGAATATTTAAAGGCATTTTTGCCATCATAAAACCATTTCTAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGAAAATAGCAAACAGA         TTCTTCCTCCATGGGTCTGACTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106690 GAGAAAATAGCAAACAGAGTA...TAGTTCTTCCTCCATGGGTCTGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAACTCTCTCCACACAAACCTTCCAAGAAGCATCCTCCCCAAGGAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109287 GAACTCTCTCCACACAAACCTTCCAAGAAGCATCCTCCCCAAGGAGTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGGCACGGCTGGGGAGCTGGACACTGCCACCTGGAACGCGGTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 GGGGCACGGCTGGGGAGCTGGACACTGCCACCTGGAACGCGGTACTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCTTCAGAAGACGATTTTGTGAAAGAGTTCTGCCAACCTGTTCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 GCTTCAGAAGACGATTTTGTGAAAGAGTTCTGCCAACCTGTTCCTGCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGACAGCATCCTGGGCCAGACGCTGCTGCCCGAGGGCCTGACCTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109437 TGACAGCATCCTGGGCCAGACGCTGCTGCCCGAGGGCCTGACCTCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CACAGTGTGACGACTCCTTGCGAGCTGTGAAGTCACAGCTGTACTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109487 CACAGTGTGACGACTCCTTGCGAGCTGTGAAGTCACAGCTGTACTCCTGC

   1050 
   1024 TAC
        |||
 109537 TAC