seq1 = pF1KB3738.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB3738/gi568815583f_44923284.tfa (gi568815583f:44923284_45173527), 250244 bp

>pF1KB3738 1071
>gi568815583f:44923284_45173527 (Chr15)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-100  (117125-117158)   100% ->
101-265  (119974-120138)   100% ->
266-425  (137784-137943)   99% ->
426-544  (141988-142106)   100% ->
545-610  (144898-144963)   100% ->
611-786  (145594-145769)   100% ->
787-908  (149034-149155)   99% ->
909-1071  (150082-150244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCCAAGCCCAACAACCTTTCCCTGGTGGTGCACGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCCAAGCCCAACAACCTTTCCCTGGTGGTGCACGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGACTTGCGCCTG         GAGAACTATCCTATCCCTGAACCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGACTTGCGCCTGGTA...TAGGAGAACTATCCTATCCCTGAACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCAAATG         AGGTCTTGCTGAGGATGCATTCTGTTGGAATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117150 GCCCAAATGGTA...CAGAGGTCTTGCTGAGGATGCATTCTGTTGGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTGGCTCAGATGTCCACTACTGGGAGTATGGTCGAATTGGGAATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120006 TGTGGCTCAGATGTCCACTACTGGGAGTATGGTCGAATTGGGAATTTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGAAAAAGCCCATGGTGCTGGGACATGAAGCTTCGGGAACAGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120056 TGTGAAAAAGCCCATGGTGCTGGGACATGAAGCTTCGGGAACAGTCGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTGGGATCATCGGTAAAGCACCTAAAACCAG         GTGATCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120106 AAGTGGGATCATCGGTAAAGCACCTAAAACCAGGTC...CAGGTGATCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTGCCATCGAGCCTGGTGCTCCCCGAGAAAATGATGAATTCTGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137792 GTTGCCATCGAGCCTGGTGCTCCCCGAGAAAATGATGAATTCTGCAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCCGATACAATCTGTCACCTTCCATCTTCTTCTGTGCCACACCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 137842 GGGCCGATACAATCTGTCACCTTCCATCTTCTTCTGTGCCACGCCCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACGGGAACCTCTGCCGGTTCTATAAGCACAATGCAGCCTTTTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137892 ATGACGGGAACCTCTGCCGGTTCTATAAGCACAATGCAGCCTTTTGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AA         GCTTCCTGACAATGTCACCTTTGAGGAAGGCGCCCTGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137942 AAGTT...CAGGCTTCCTGACAATGTCACCTTTGAGGAAGGCGCCCTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGCCACTTTCTGTGGGGATCCATGCCTGCAGGAGAGGCGGAGTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142027 CGAGCCACTTTCTGTGGGGATCCATGCCTGCAGGAGAGGCGGAGTTACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGACACAAGGTCCTTGTGTGTGGAGCTG         GGCCAATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 142077 TGGGACACAAGGTCCTTGTGTGTGGAGCTGGTA...TAGGGCCAATCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGTCACTTTGCTCGTGGCCAAAGCAATGGGAGCAGCTCAAGTAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144909 ATGGTCACTTTGCTCGTGGCCAAAGCAATGGGAGCAGCTCAAGTAGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACTG         ATCTGTCTGCTACCCGATTGTCCAAAGCCAAGGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144959 GACTGGTA...CAGATCTGTCTGCTACCCGATTGTCCAAAGCCAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGGGGCTGATTTAGTCCTCCAGATCTCCAAGGAGAGCCCTCAGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145630 TTGGGGCTGATTTAGTCCTCCAGATCTCCAAGGAGAGCCCTCAGGAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCAGGAAAGTAGAAGGTCAGCTGGGGTGCAAGCCGGAAGTCACCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145680 GCCAGGAAAGTAGAAGGTCAGCTGGGGTGCAAGCCGGAAGTCACCATCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTGCACGGGGGCAGAGGCCTCCATCCAGGCGGGCATCTAC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 145730 GTGCACGGGGGCAGAGGCCTCCATCCAGGCGGGCATCTACGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCACTCGCTCTGGTGGGACCCTCGTGCTTGTGGGGCTGGGCTCTGAGATG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 149035 CCACTCGCTCTGGTGGGAACCTCGTGCTTGTGGGGCTGGGCTCTGAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCACCGTACCCCTACTGCATGCAGCCATCCGGGAGGTGGATATCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149085 ACCACCGTACCCCTACTGCATGCAGCCATCCGGGAGGTGGATATCAAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTGTTTCGATACTGCAACAC         GTGGCCAGTGGCGATTTCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 149135 CGTGTTTCGATACTGCAACACGTG...CAGGTGGCCAGTGGCGATTTCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCTTGCGTCCAAGTCTGTGAATGTAAAACCCCTCGTCACCCATAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150102 TGCTTGCGTCCAAGTCTGTGAATGTAAAACCCCTCGTCACCCATAGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTCTGGAGAAAGCTCTGGAGGCCTTTGAAACATTTAAAAAGGGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150152 CCTCTGGAGAAAGCTCTGGAGGCCTTTGAAACATTTAAAAAGGGATTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTTGAAAATCATGCTCAAGTGTGACCCCAGTGACCAGAATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150202 GTTGAAAATCATGCTCAAGTGTGACCCCAGTGACCAGAATCCC