seq1 = pF1KB3737.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KB3737/gi568815595r_50193249.tfa (gi568815595r:50193249_50395602), 202354 bp

>pF1KB3737 1251
>gi568815595r:50193249_50395602 (Chr3)

(complement)

1-894  (100001-100894)   100% ->
895-984  (101882-101971)   100% ->
985-1251  (102088-102354)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACGCAACTGGGCCCAGCCCTGGTGCTGGGGGTGGCCCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACGCAACTGGGCCCAGCCCTGGTGCTGGGGGTGGCCCTGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTGTGGCCAGCCCCTACCACAGGTCCCTGAACGCCCCTTCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTTGTGGCCAGCCCCTACCACAGGTCCCTGAACGCCCCTTCTCTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGGAATGTACCCTCAGCACACTGTGAGGCCCGCTTTGGTGTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGGAATGTACCCTCAGCACACTGTGAGGCCCGCTTTGGTGTGCACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCACTCAATGCTCTGGGCATCATAGCCAACCGTGGCCAGCATTTTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCACTCAATGCTCTGGGCATCATAGCCAACCGTGGCCAGCATTTTCACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGAACATGACCATTTTCTACAAGAACCAACTCGGCCTCTATCCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGAACATGACCATTTTCTACAAGAACCAACTCGGCCTCTATCCCTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGACCCAGGGGCACAGCTCACAATGGGGGCATCCCCCAGGCTTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGACCCAGGGGCACAGCTCACAATGGGGGCATCCCCCAGGCTTTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTGACCGCCACCTGGCACTGGCTGCCTACCAGATCCACCACAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTGACCGCCACCTGGCACTGGCTGCCTACCAGATCCACCACAGCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGGCTTTGCTGGCCCAGCAGTGCTGGATTGGGAGGAGTGGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGGCTTTGCTGGCCCAGCAGTGCTGGATTGGGAGGAGTGGTGTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTGGGCTGGGAACTGGGGCCGCCGCCGAGCTTATCAGGCAGCCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTGGGCTGGGAACTGGGGCCGCCGCCGAGCTTATCAGGCAGCCTCTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTTGGGCACAGCAGGTATTCCCTGACCTGGACCCTCAGGAGCAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTTGGGCACAGCAGGTATTCCCTGACCTGGACCCTCAGGAGCAGCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAGGCCTATACTGGCTTTGAGCAGGCGGCCCGTGCACTGATGGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAGGCCTATACTGGCTTTGAGCAGGCGGCCCGTGCACTGATGGAGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCTGCGGGTGGCCCAGGCACTACGGCCCCATGGACTCTGGGGCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCTGCGGGTGGCCCAGGCACTACGGCCCCATGGACTCTGGGGCTTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACTACCCAGCCTGTGGCAATGGCTGGCATAGTATGGCTTCCAACTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACTACCCAGCCTGTGGCAATGGCTGGCATAGTATGGCTTCCAACTATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGGCCGCTGCCATGCAGCCACCCTTGCCCGCAACACTCAACTGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGGCCGCTGCCATGCAGCCACCCTTGCCCGCAACACTCAACTGCATTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTGGGCCGCCTCCAGTGCCCTCTTCCCCAGCATCTACCTCCCACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTGGGCCGCCTCCAGTGCCCTCTTCCCCAGCATCTACCTCCCACCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCCACCTGCCCACCACCAGGCCTTTGTCCGACATCGCCTGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCCACCTGCCCACCACCAGGCCTTTGTCCGACATCGCCTGGAGGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCCGTGTGGCCCTTGTTGGGCACCGACATCCCCTGCCTGTCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCCGTGTGGCCCTTGTTGGGCACCGACATCCCCTGCCTGTCCTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGTCCGCCTCACACACCGGAGATCTGGGAGGTTCCTGTCCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100851 ATGTCCGCCTCACACACCGGAGATCTGGGAGGTTCCTGTCCCAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895    GATGACCTTGTGCAGTCCATTGGTGTGAGTGCAGCACTAGGGGCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 CAGGATGACCTTGTGCAGTCCATTGGTGTGAGTGCAGCACTAGGGGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGGCGTGGTGCTCTGGGGGGACCTGAGCCTCTCCAGCTCTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101929 CGGCGTGGTGCTCTGGGGGGACCTGAGCCTCTCCAGCTCTGAGGTG...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985   GAGGAGTGCTGGCATCTCCATGACTACCTGGTGGACACCTTGGGCCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102086 AGGAGGAGTGCTGGCATCTCCATGACTACCTGGTGGACACCTTGGGCCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TATGTGATCAATGTGACCAGGGCAGCGATGGCCTGCAGTCACCAGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102136 TATGTGATCAATGTGACCAGGGCAGCGATGGCCTGCAGTCACCAGCGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCATGGCCACGGGCGCTGTGCCCGGCGAGATCCAGGACAGATGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102186 CCATGGCCACGGGCGCTGTGCCCGGCGAGATCCAGGACAGATGGAAGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTCTACACCTGTGGCCAGACGGCAGCCTTGGAGATTGGAAGTCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102236 TTCTACACCTGTGGCCAGACGGCAGCCTTGGAGATTGGAAGTCCTTCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TGCCACTGTTACTGGGGCTGGGCTGGCCCCACCTGCCAGGAGCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102286 TGCCACTGTTACTGGGGCTGGGCTGGCCCCACCTGCCAGGAGCCCAGGCC

   1250     .    :    .
   1233 TGGGCCTAAAGAAGCAGTA
        |||||||||||||||||||
 102336 TGGGCCTAAAGAAGCAGTA