seq1 = pF1KB3734.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB3734/gi568815597r_45943676.tfa (gi568815597r:45943676_46231952), 288277 bp

>pF1KB3734 1383
>gi568815597r:45943676_46231952 (Chr1)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-215  (151203-151311)   100% ->
216-314  (154340-154438)   100% ->
315-495  (164862-165042)   100% ->
496-621  (165774-165899)   100% ->
622-764  (169882-170024)   100% ->
765-941  (175982-176158)   98% ->
942-1016  (185328-185402)   100% ->
1017-1187  (185865-186035)   100% ->
1188-1383  (188082-188277)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAATACGGTGTGGAGTATGGACCGCGATGACGCAGACTGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAATACGGTGTGGAGTATGGACCGCGATGACGCAGACTGGAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGATGATGCCCTATTCGACAGAACTGATATTTTATATTGAAATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGATGATGCCCTATTCGACAGAACTGATATTTTATATTGAAATGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCAG         CTCTTCCACCAAAGCCACCTAAGCCAATGACTTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCAGGTA...TAGCTCTTCCACCAAAGCCACCTAAGCCAATGACTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTTCCAAATGGAATGAAGGACAGTTCTGTTTCTCTTCAGGATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151238 GCAGTTCCAAATGGAATGAAGGACAGTTCTGTTTCTCTTCAGGATGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGGTACTGGGGGGATATTTCAAG         GGAGGAGGTAAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 151288 ATGGTACTGGGGGGATATTTCAAGGTA...CAGGGAGGAGGTAAATGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTGCGGGATATGCCAGATGGGACCTTCTTGGTCCGAGATGCCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154357 AATTGCGGGATATGCCAGATGGGACCTTCTTGGTCCGAGATGCCTCAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAATGCAGGGAGATTATACTTTGACTTTGCG         GAAGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 154407 AAAATGCAGGGAGATTATACTTTGACTTTGCGGTA...CAGGAAGGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAATAATAAGTTAATAAAGATCTATCACCGGGATGGTAAATATGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164871 CAATAATAAGTTAATAAAGATCTATCACCGGGATGGTAAATATGGCTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATCCTCTGACATTTAATTCCGTGGTGGAGCTCATTAACCACTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164921 CTGATCCTCTGACATTTAATTCCGTGGTGGAGCTCATTAACCACTATCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAATCTCTTGCTCAGTACAATCCCAAACTTGATGTGAAGCTGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164971 CATGAATCTCTTGCTCAGTACAATCCCAAACTTGATGTGAAGCTGATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCAGTGTCCAGATACCAACAG         GATCAGTTGGTAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 165021 CCCAGTGTCCAGATACCAACAGGTA...TAGGATCAGTTGGTAAAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAATATTGATGCAGTAGGTAAAAAACTGCAAGAATACCACTCTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165793 ATAATATTGATGCAGTAGGTAAAAAACTGCAAGAATACCACTCTCAGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGAGAAGAGTAAAGAGTATGATAGGCTGTATGAAGAATATACTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165843 CAGGAGAAGAGTAAAGAGTATGATAGGCTGTATGAAGAATATACTAGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCCCAG         GAAATACAGATGAAGAGGACTGCAATAGAAGCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165893 ATCCCAGGTT...TAGGAAATACAGATGAAGAGGACTGCAATAGAAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTAATGAAACAATTAAAATATTTGAAGAGCAGTGTCACACACAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169916 TTAATGAAACAATTAAAATATTTGAAGAGCAGTGTCACACACAAGAACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATAGCAAAGAATATATTGAGCGATTTCGCAGAGAGGGGAATGAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169966 CATAGCAAAGAATATATTGAGCGATTTCGCAGAGAGGGGAATGAAAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATTGAACG         AATTATGATGAATTATGATAAATTGAAATCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 170016 GATTGAACGGTA...CAGAATTATGATGAATTATGATAAATTGAAATCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCTGGGTGAGATTCATGATAGCAAAATGCGTCTAGAGCAGGATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176014 GTCTGGGTGAGATTCATGATAGCAAAATGCGTCTAGAGCAGGATTTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAACAAGCTTTGGACAACCGAGAAATAGATAAAAAAATGAATAGTATCAA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 176064 AATCAAGCTTTGGACAACCGAGAAATAGATAAAAAAATGAATAGCATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACCTGACCTGATCCAGCTGCGAAAGATCCGAGATCAACACCTTGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 176114 ACCTGACCTGATCCAGCTGCGAAAGATCCGAGATCAACACCTTGTGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942     ATGGCTCAATCACAAAGGAGTGAGACAGAAACGCCTGAATGTCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176164 .CAGATGGCTCAATCACAAAGGAGTGAGACAGAAACGCCTGAATGTCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGGAATTAAGAATGAGGATGCTGATGA         GAACTATTTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 185374 CTGGGAATTAAGAATGAGGATGCTGATGAGTA...TAGGAACTATTTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAATGAGGAAGATGAAAACCTGCCCCATTATGATGAGAAAACCTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185877 CAATGAGGAAGATGAAAACCTGCCCCATTATGATGAGAAAACCTGGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGAGGATATCAATCGAGTACAAGCAGAGGACTTGCTTTATGGGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185927 TTGAGGATATCAATCGAGTACAAGCAGAGGACTTGCTTTATGGGAAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGGTGCATTCTTAATTCGTGAGAGTAGCAAGAAAGGATGCTATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185977 GATGGTGCATTCTTAATTCGTGAGAGTAGCAAGAAAGGATGCTATGCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCTGTGGT         GGCCGATGGGGAAGTGAAGCACTGTGTGATCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 186027 CTCTGTGGTGTA...CAGGGCCGATGGGGAAGTGAAGCACTGTGTGATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAGCACTGCTCGGGGCTATGGCTTTGCAGAGCCCTACAACCTGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188114 ACAGCACTGCTCGGGGCTATGGCTTTGCAGAGCCCTACAACCTGTACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTCTGAAGGAGCTAGTGCTCCATTACCAGCAGACATCCTTGGTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188164 TCTCTGAAGGAGCTAGTGCTCCATTACCAGCAGACATCCTTGGTTCAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAACGACTCCCTCAACGTCAGGCTTGCCTACCCTGTTCATGCACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188214 CAACGACTCCCTCAACGTCAGGCTTGCCTACCCTGTTCATGCACAGATGC

   1450     .    :
   1370 CCTCGCTTTGCAGA
        ||||||||||||||
 188264 CCTCGCTTTGCAGA