seq1 = pF1KB3732.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB3732/gi568815595r_24022887.tfa (gi568815595r:24022887_24290336), 267450 bp

>pF1KB3732 1383
>gi568815595r:24022887_24290336 (Chr3)

(complement)

1-22  (61378-61399)   100% ->
23-283  (100003-100263)   100% ->
284-384  (137847-137947)   100% ->
385-532  (143515-143662)   100% ->
533-738  (146631-146836)   100% ->
739-885  (156875-157021)   100% ->
886-1144  (162580-162838)   100% ->
1145-1383  (167212-167450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCCCAACAGTATGACAG         AAAATGGCCTTACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  61378 ATGACTCCCAACAGTATGACAGGTA...TAGAAAATGGCCTTACAGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGACAAACCGAAGCACTGTCCAGACCGAGAACACGACTGGAAGCTAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 GGACAAACCGAAGCACTGTCCAGACCGAGAACACGACTGGAAGCTAGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAATGTCTGAAGCCTGCCTACATAGGAAGAGCCATTCAGAGAGGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GAATGTCTGAAGCCTGCCTACATAGGAAGAGCCATTCAGAGAGGCGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGTTGAAAAATGAACAGTCGTCGCCACATCTCATCCAGACCACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 ACGTTGAAAAATGAACAGTCGTCGCCACATCTCATCCAGACCACTTGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGCTCAATATTCCATCTGGACCATGATGATGTGAACGACCAGAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 TAGCTCAATATTCCATCTGGACCATGATGATGTGAACGACCAGAGTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAGTGCCCAGACCTTCCAAACGGAGGAGAAGAAATGTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100222 CAAGTGCCCAGACCTTCCAAACGGAGGAGAAGAAATGTAAAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  GGTACATCCCCAGTTACTTAGACAAGGACGAGCTCTGTGTAGTGTGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137846 GGGTACATCCCCAGTTACTTAGACAAGGACGAGCTCTGTGTAGTGTGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACAAAGCCACCGGGTATCACTACCGCTGTATCACGTGTGAAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137896 TGACAAAGCCACCGGGTATCACTACCGCTGTATCACGTGTGAAGGCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GGTTTCTTTAGAAGAACCATTCAGAAAAATCTCCATCCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137946 AGGTA...TAGGGTTTCTTTAGAAGAACCATTCAGAAAAATCTCCATCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTATTCCTGTAAATATGAAGGAAAATGTGTCATAGACAAAGTCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143554 TCCTATTCCTGTAAATATGAAGGAAAATGTGTCATAGACAAAGTCACGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATCAGTGCCAGGAATGTCGCTTTAAGAAATGCATCTATGTTGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143604 AAATCAGTGCCAGGAATGTCGCTTTAAGAAATGCATCTATGTTGGCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAACAGATT         TGGTGCTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCCAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 143654 CAACAGATTGTA...CAGTGGTGCTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGAAGCTGATAGAGGAGAACCGGGAGAAAAGACGGCGGGAAGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146663 AGGAAGCTGATAGAGGAGAACCGGGAGAAAAGACGGCGGGAAGAGCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGTCCATCGGGCACAAGCCAGAGCCCACAGACGAGGAATGGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146713 GAAGTCCATCGGGCACAAGCCAGAGCCCACAGACGAGGAATGGGAGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAAAACTGTCACCGAAGCCCATGTGGCGACCAACGCCCAAGGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146763 TCAAAACTGTCACCGAAGCCCATGTGGCGACCAACGCCCAAGGCAGCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGAAGCAAAAACGGAAATTCCTG         CCAGAAGACATTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146813 TGGAAGCAAAAACGGAAATTCCTGGTA...TAGCCAGAAGACATTGGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCACCAATAGTCAATGCCCCAGAAGGTGGAAAGGTTGACTTGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156892 AGCACCAATAGTCAATGCCCCAGAAGGTGGAAAGGTTGACTTGGAAGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAGCCATTTTACAAAAATCATCACACCAGCAATTACCAGAGTGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156942 TCAGCCATTTTACAAAAATCATCACACCAGCAATTACCAGAGTGGTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAG         CTGCCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 156992 TTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAGGTG...CAGCTGCCATGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGACCAGATCATCCTCCTCAAAGGCTGCTGCATGGAGATCATGTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162591 AGACCAGATCATCCTCCTCAAAGGCTGCTGCATGGAGATCATGTCCCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGCTGCTGTGCGCTATGACCCAGAAAGTGAGACTTTAACCTTGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162641 GCGCTGCTGTGCGCTATGACCCAGAAAGTGAGACTTTAACCTTGAATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAATGGCAGTGACACGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162691 GAAATGGCAGTGACACGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTCAGACGCCATCTTTGACCTGGGCATGTCTCTGTCTTCTTTCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162741 GTCAGACGCCATCTTTGACCTGGGCATGTCTCTGTCTTCTTTCAACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGACACTGAAGTAGCCCTCCTTCAGGCCGTCCTGCTGATGTCTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 162791 ATGACACTGAAGTAGCCCTCCTTCAGGCCGTCCTGCTGATGTCTTCAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145        ATCGCCCGGGGCTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162841 G...CAGATCGCCCGGGGCTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACACTATATCAATTACCGAAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167255 AGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACACTATATCAATTACCGAAAACACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTGACAGATCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167305 ACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTGACAGATCTGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGATAGGAGCCTGCCATGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167355 ATGATAGGAGCCTGCCATGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1338 CCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCTTGGAAGTGTTCGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167405 CCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCTTGGAAGTGTTCGAGGAT