seq1 = pF1KB3718.tfa, 495 bp
seq2 = pF1KB3718/gi568815578f_17500737.tfa (gi568815578f:17500737_17707143), 206407 bp

>pF1KB3718 495
>gi568815578f:17500737_17707143 (Chr20)

1-311  (99998-100309)   99% ->
312-388  (103819-103895)   100% ->
389-495  (106301-106407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GGCCTCAGGAGTGCAAGTAGCTGATGAAGTATGTCGCATTTTTTATG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGGCCTCAGGAGTGCAAGTAGCTGATGAAGTATGTCGCATTTTTTATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ACATGAAAGTTCGTAAATGCTCCACACCAGAAGAAATCAAGAAAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ACATGAAAGTTCGTAAATGCTCCACACCAGAAGAAATCAAGAAAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AAGGCTGTCATTTTTTGTCTCAGTGCAGACAAAAAGTGCATCATTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 AAGGCTGTCATTTTTTGTCTCAGTGCAGACAAAAAGTGCATCATTGTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 AGAAGGCAAAGAGATCTTGGTTGGAGATGTTGGTGTAACCATAACTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 AGAAGGCAAAGAGATCTTGGTTGGAGATGTTGGTGTAACCATAACTGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 CTTTCAAGCATTTTGTGGGAATGCTTCCTGAAAAAGATTGTCGCTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CTTTCAAGCATTTTGTGGGAATGCTTCCTGAAAAAGATTGTCGCTATGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 TTGTATGATGCAAGCTTTGAAACAAAAGAATCCAGAAAAGAAGAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 TTGTATGATGCAAGCTTTGAAACAAAAGAATCCAGAAAAGAAGAGTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GTTTTTTTTGTG         GGCACCAGAACTAGCACCTCTGAAAAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100298 GTTTTTTTTGTGGTA...TAGGGCACCAGAACTAGCACCTCTGAAAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AAATGATCTATGCAAGCTCCAAGGATGCAATTAAAAAGAAATTTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103848 AAATGATCTATGCAAGCTCCAAGGATGCAATTAAAAAGAAATTTCAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389        GCATAAAACATGAATGTCAAGCAAATGGACCAGAAGATCTCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103898 A...TAGGCATAAAACATGAATGTCAAGCAAATGGACCAGAAGATCTCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 TCGGGCTTGTATTGCTGAAAAGTTAGGTGGATCCTTAATTGTAGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106344 TCGGGCTTGTATTGCTGAAAAGTTAGGTGGATCCTTAATTGTAGCCTTTG

    500     .    :
    482 AAGGATGCCCTGTG
        ||||||||||||||
 106394 AAGGATGCCCTGTG