seq1 = pF1KB3705.tfa, 3210 bp
seq2 = pF1KB3705/gi568815595r_138555392.tfa (gi568815595r:138555392_138859343), 303952 bp

>pF1KB3705 3210
>gi568815595r:138555392_138859343 (Chr3)

(complement)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-397  (103365-103590)   100% ->
398-621  (116563-116786)   100% ->
622-801  (121458-121637)   100% ->
802-972  (124540-124710)   100% ->
973-1050  (125906-125983)   100% ->
1051-1302  (144625-144876)   100% ->
1303-1399  (147040-147136)   100% ->
1400-1530  (152055-152185)   100% ->
1531-1581  (154851-154901)   100% ->
1582-1770  (160249-160437)   100% ->
1771-1892  (164437-164558)   100% ->
1893-2036  (168201-168344)   100% ->
2037-2136  (170370-170469)   100% ->
2137-2315  (174541-174719)   100% ->
2316-2425  (175557-175666)   100% ->
2426-2504  (177299-177377)   100% ->
2505-2672  (194141-194308)   100% ->
2673-2796  (195315-195438)   100% ->
2797-2942  (201509-201654)   100% ->
2943-3075  (203070-203202)   100% ->
3076-3210  (203818-203952)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTTCAGTTTCATAATGCCTCCTGCTATGGCAGACATCCTTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCTTCAGTTTCATAATGCCTCCTGCTATGGCAGACATCCTTGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCGGTGGATTCACAGATAGCATCTGATGGCTCCATACCTGTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCGGTGGATTCACAGATAGCATCTGATGGCTCCATACCTGTGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTTTGCCCACTGGGATTTATATCCAGTTGGAGGTACCTCGGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTTTGCCCACTGGGATTTATATCCAGTTGGAGGTACCTCGGGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCATTTCTTATATTAAGCAG         ATGTTATGGAAGCAAGTTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 ACCATTTCTTATATTAAGCAGGTA...TAGATGTTATGGAAGCAAGTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATTACCCAATGTTCAACCTCCTTATGGATATTGACTCCTATATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103385 CAATTACCCAATGTTCAACCTCCTTATGGATATTGACTCCTATATGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATGTGTGAATCAGACTGCTGTATATGAGGAGCTTGAAGATGAAACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103435 CATGTGTGAATCAGACTGCTGTATATGAGGAGCTTGAAGATGAAACACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACTCTGTGATGTCAGACCTTTTCTTCCAGTTCTCAAATTAGTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103485 AGACTCTGTGATGTCAGACCTTTTCTTCCAGTTCTCAAATTAGTGACAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGTTGTGACCCAGGGGAAAAATTAGACTCAAAAATTGGAGTCCTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103535 AAGTTGTGACCCAGGGGAAAAATTAGACTCAAAAATTGGAGTCCTTATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAAAAG         GTCTGCATGAATTTGATTCCTTGAAGGATCCTGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103585 GAAAAGGTA...TAGGTCTGCATGAATTTGATTCCTTGAAGGATCCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTAAATGAATTTCGAAGAAAAATGCGCAAATTCAGCGAGGAAAAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116598 GTAAATGAATTTCGAAGAAAAATGCGCAAATTCAGCGAGGAAAAAATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCACTTGTGGGATTGTCTTGGATGGACTGGCTAAAACAAACATATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116648 GTCACTTGTGGGATTGTCTTGGATGGACTGGCTAAAACAAACATATCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGAGCATGAACCATCCATCCCTGAAAACTTAGAAGATAAACTTTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116698 CAGAGCATGAACCATCCATCCCTGAAAACTTAGAAGATAAACTTTATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAAAGCTCATCGTAGCTGTTCATTTTGAAAACTGCCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116748 GGAAAGCTCATCGTAGCTGTTCATTTTGAAAACTGCCAGGTA...CAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGTGTTTAGCTTTCAAGTGTCTCCTAATATGAATCCTATCAAAGTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121460 CGTGTTTAGCTTTCAAGTGTCTCCTAATATGAATCCTATCAAAGTAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATTGGCAATCCAAAAACGTTTGACTATTCATGGGAAGGAAGATGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121510 AATTGGCAATCCAAAAACGTTTGACTATTCATGGGAAGGAAGATGAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCCCCTATGATTATGTGTTGCAAGTCAGCGGGAGAGTAGAATATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121560 AGCCCCTATGATTATGTGTTGCAAGTCAGCGGGAGAGTAGAATATGTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGTGATCATCCACTAATTCAGTTCCAG         TATATCCGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121610 TGGTGATCATCCACTAATTCAGTTCCAGGTA...TAGTATATCCGGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGTGATGAACAGAGCCCTGCCCCATTTTATACTTGTGGAATGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124553 GTGTGATGAACAGAGCCCTGCCCCATTTTATACTTGTGGAATGCTGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCAAGAAAATGTATGAACAAGAAATGATTGCCATAGAGGCTGCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124603 ATCAAGAAAATGTATGAACAAGAAATGATTGCCATAGAGGCTGCCATAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCGAAATTCATCTAATCTTCCTCTTCCATTACCACCAAAGAAAACACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124653 TCGAAATTCATCTAATCTTCCTCTTCCATTACCACCAAAGAAAACACGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTATTTCT         CATGTTTGGGAAAATAACAACCCTTTCCAAATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124703 TTATTTCTGTA...CAGCATGTTTGGGAAAATAACAACCCTTTCCAAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTCTTGGTTAAGGGAAATAAACTTAACACAGAGGAAACTGTAAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125939 GTCTTGGTTAAGGGAAATAAACTTAACACAGAGGAAACTGTAAAAGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051     GTTCATGTCAGGGCTGGTCTTTTTCATGGTACTGAGCTCCTGTGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125989 .CAGGTTCATGTCAGGGCTGGTCTTTTTCATGGTACTGAGCTCCTGTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAACCATCGTAAGCTCAGAGGTATCAGGGAAAAATGATCATATTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144671 AAACCATCGTAAGCTCAGAGGTATCAGGGAAAAATGATCATATTTGGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAACCACTGGAATTTGATATTAATATTTGTGACTTACCAAGAATGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144721 GAACCACTGGAATTTGATATTAATATTTGTGACTTACCAAGAATGGCTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATTATGTTTTGCTGTTTATGCAGTTTTGGATAAAGTAAAAACGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144771 ATTATGTTTTGCTGTTTATGCAGTTTTGGATAAAGTAAAAACGAAGAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAACGAAAACTATTAATCCCTCTAAATATCAGACCATCAGGAAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144821 CAACGAAAACTATTAATCCCTCTAAATATCAGACCATCAGGAAAGCTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAAGTG         CATTATCCTGTAGCGTGGGTAAATACGATGGTTTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144871 AAAGTGGTA...CAGCATTATCCTGTAGCGTGGGTAAATACGATGGTTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGACTTTAAAGGACAATTGAGAACTGGAGACATAATATTACACAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147075 TGACTTTAAAGGACAATTGAGAACTGGAGACATAATATTACACAGCTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTTCATTTCCTG         ATGAACTCGAAGAAATGTTGAATCCAATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 147125 CTTCATTTCCTGGTA...TAGATGAACTCGAAGAAATGTTGAATCCAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGAACTGTTCAAACAAATCCATATACTGAAAATGCAACAGCTTTGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152084 GGAACTGTTCAAACAAATCCATATACTGAAAATGCAACAGCTTTGCATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TAAATTTCCAGAGAATAAAAAACAACCTTATTATTACCCTCCCTTCGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152134 TAAATTTCCAGAGAATAAAAAACAACCTTATTATTACCCTCCCTTCGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AG         ATTATTGAAAAGGCAGCTGAGATTGCAAGCAGTGATAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152184 AGGTA...CAGATTATTGAAAAGGCAGCTGAGATTGCAAGCAGTGATAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCTAATGTGTCA         AGTCGAGGTGGAAAAAAGTTTCTTCCTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 154890 GCTAATGTGTCAGTA...TAGAGTCGAGGTGGAAAAAAGTTTCTTCCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ATTGAAAGAAATCTTGGACAGGGATCCCTTGTCTCAACTGTGTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160278 ATTGAAAGAAATCTTGGACAGGGATCCCTTGTCTCAACTGTGTGAAAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAATGGATCTTATTTGGACTTTGCGACAAGACTGCCGAGAGATTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160328 AAATGGATCTTATTTGGACTTTGCGACAAGACTGCCGAGAGATTTTCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAATCACTGCCAAAATTACTGCTGTCAATCAAGTGGAATAAACTTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160378 CAATCACTGCCAAAATTACTGCTGTCAATCAAGTGGAATAAACTTGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGTTGCTCAG         CTTCAGGCGCTGCTTCAGATTTGGCCTAAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 160428 TGTTGCTCAGGTA...CAGCTTCAGGCGCTGCTTCAGATTTGGCCTAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TGCCCCCCCGGGAGGCCCTAGAGCTTCTGGATTTCAACTATCCAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164468 TGCCCCCCCGGGAGGCCCTAGAGCTTCTGGATTTCAACTATCCAGACCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TACGTTCGAGAATATGCTGTAGGCTGCCTGCGACAGATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 164518 TACGTTCGAGAATATGCTGTAGGCTGCCTGCGACAGATGAGGTA...CAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TGATGAAGAACTTTCTCAATATCTTTTACAACTGGTGCAAGTGTTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168201 TGATGAAGAACTTTCTCAATATCTTTTACAACTGGTGCAAGTGTTAAAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ATGAGCCTTTTCTTGATTGTGCCCTCTCTAGATTCCTATTAGAAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168251 ATGAGCCTTTTCTTGATTGTGCCCTCTCTAGATTCCTATTAGAAAGAGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTTGGTAATCGGAGGATAGGGCAGTTTCTATTTTGGCATCTTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 168301 CTTGGTAATCGGAGGATAGGGCAGTTTCTATTTTGGCATCTTAGGTA...

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2037    GTCAGAAGTGCACATTCCTGCTGTCTCAGTACAATTTGGTGTCATCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170367 CAGGTCAGAAGTGCACATTCCTGCTGTCTCAGTACAATTTGGTGTCATCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TTGAAGCATACTGCCGGGGAAGTGTGGGGCACATGAAAGTGCTTTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170417 TTGAAGCATACTGCCGGGGAAGTGTGGGGCACATGAAAGTGCTTTCTAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CAG         GTTGAAGCACTCAATAAGTTAAAAACTTTAAATAGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170467 CAGGTA...CAGGTTGAAGCACTCAATAAGTTAAAAACTTTAAATAGTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AATCAAACTGAATGCCGTGAAGTTAAACAGAGCCAAAGGGAAGGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174579 AATCAAACTGAATGCCGTGAAGTTAAACAGAGCCAAAGGGAAGGAGGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TGCATACCTGTTTAAAACAGAGTGCTTACCGGGAAGCCCTCTCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174629 TGCATACCTGTTTAAAACAGAGTGCTTACCGGGAAGCCCTCTCTGACCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CAGTCACCCCTGAACCCATGTGTTATCCTCTCAGAACTCTA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174679 CAGTCACCCCTGAACCCATGTGTTATCCTCTCAGAACTCTAGTA...CAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGTTGAAAAGTGCAAATACATGGATTCCAAAATGAAGCCTTTGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175557 TGTTGAAAAGTGCAAATACATGGATTCCAAAATGAAGCCTTTGTGGCTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 TATACAATAACAAGGTATTTGGTGAGGATTCAGTTGGAGTGATTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175607 TATACAATAACAAGGTATTTGGTGAGGATTCAGTTGGAGTGATTTTTAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 AATGGTGATG         ATTTACGACAGGATATGTTGACACTCCAAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 175657 AATGGTGATGGTA...TAGATTTACGACAGGATATGTTGACACTCCAAAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GTTGCGCTTGATGGATTTACTCTGGAAAGAAGCTGGTTTGGATCTTCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 177330 GTTGCGCTTGATGGATTTACTCTGGAAAGAAGCTGGTTTGGATCTTCGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2505        GATGTTGCCTTATGGCTGTTTAGCAACAGGAGATCGCTCTGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177380 G...CAGGATGTTGCCTTATGGCTGTTTAGCAACAGGAGATCGCTCTGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 CTCATTGAAGTTGTGAGCACCTCTGAAACAATTGCTGACATTCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194184 CTCATTGAAGTTGTGAGCACCTCTGAAACAATTGCTGACATTCAGCTGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CAGTAGCAATGTGGCTGCTGCAGCAGCCTTCAACAAAGATGCCCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194234 CAGTAGCAATGTGGCTGCTGCAGCAGCCTTCAACAAAGATGCCCTTCTGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 ACTGGCTTAAAGAATACAACTCTGG         GGATGACCTGGACCGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 194284 ACTGGCTTAAAGAATACAACTCTGGGTT...CAGGGATGACCTGGACCGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 GCCATTGAGGAATTTACACTGTCCTGTGCTGGCTACTGTGTAGCTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195331 GCCATTGAGGAATTTACACTGTCCTGTGCTGGCTACTGTGTAGCTTCTTA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 TGTCCTTGGGATTGGTGACAGACATAGTGACAACATCATGGTCAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195381 TGTCCTTGGGATTGGTGACAGACATAGTGACAACATCATGGTCAAAAAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 CTGGCCAG         CTCTTCCACATTGACTTTGGACATATTCTTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 195431 CTGGCCAGGTG...CAGCTCTTCCACATTGACTTTGGACATATTCTTGGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 AATTTCAAATCTAAGTTTGGCATTAAAAGGGAGCGAGTGCCTTTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201542 AATTTCAAATCTAAGTTTGGCATTAAAAGGGAGCGAGTGCCTTTTATTCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2880 TACCTATGATTTCATCCATGTCATTCAACAAGGAAAAACAGGAAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201592 TACCTATGATTTCATCCATGTCATTCAACAAGGAAAAACAGGAAATACAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2930 AAAAGTTTGGCCG         GTTCCGCCAGTGTTGTGAGGATGCATAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 201642 AAAAGTTTGGCCGGTG...AAGGTTCCGCCAGTGTTGTGAGGATGCATAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 CTGATTTTACGACGGCATGGGAATCTCTTCATCACTCTCTTTGCGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203098 CTGATTTTACGACGGCATGGGAATCTCTTCATCACTCTCTTTGCGCTGAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3021 GTTGACTGCAGGGCTTCCTGAACTCACATCAGTCAAAGATATACAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203148 GTTGACTGCAGGGCTTCCTGAACTCACATCAGTCAAAGATATACAGTATC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3071 TTAAG         GACTCTCTTGCATTAGGGAAGAGTGAAGAAGAAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203198 TTAAGGTA...TAGGACTCTCTTGCATTAGGGAAGAGTGAAGAAGAAGCA

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3112 CTCAAACAGTTTAAGCAAAAATTTGATGAGGCGCTCAGGGAAAGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203854 CTCAAACAGTTTAAGCAAAAATTTGATGAGGCGCTCAGGGAAAGCTGGAC

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3162 TACTAAAGTGAACTGGATGGCCCACACAGTTCGGAAAGACTACAGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203904 TACTAAAGTGAACTGGATGGCCCACACAGTTCGGAAAGACTACAGATCT