seq1 = pF1KB3699.tfa, 2553 bp
seq2 = pF1KB3699/gi568815586r_56243392.tfa (gi568815586r:56243392_56456571), 213180 bp

>pF1KB3699 2553
>gi568815586r:56243392_56456571 (Chr12)

(complement)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-285  (100287-100440)   100% ->
286-381  (100769-100864)   100% ->
382-471  (101040-101129)   100% ->
472-547  (101221-101296)   100% ->
548-633  (101709-101794)   100% ->
634-782  (101958-102106)   100% ->
783-941  (105122-105280)   100% ->
942-1034  (105382-105474)   100% ->
1035-1094  (105684-105743)   100% ->
1095-1115  (106140-106160)   100% ->
1116-1209  (106382-106475)   100% ->
1210-1257  (106936-106983)   100% ->
1258-1341  (107063-107146)   100% ->
1342-1440  (107311-107409)   100% ->
1441-1576  (107513-107648)   100% ->
1577-1629  (107768-107820)   100% ->
1630-1724  (107949-108043)   100% ->
1725-1861  (109617-109753)   100% ->
1862-2044  (109948-110130)   100% ->
2045-2102  (110369-110426)   100% ->
2103-2413  (112437-112747)   100% ->
2414-2553  (113041-113180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGTGGGAAATGCTGCAGAATCTTGACAGCCCCTTTCAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGTGGGAAATGCTGCAGAATCTTGACAGCCCCTTTCAGGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCACCAGCTTTACTCGCACAGCCTCCTGCCTGTGGACATTCGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCACCAGCTTTACTCGCACAGCCTCCTGCCTGTGGACATTCGACAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTGGCTGTCTGGATTGAAGACCAGAACTG         GCAGGAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 ACTTGGCTGTCTGGATTGAAGACCAGAACTGGTG...CAGGCAGGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACTTGGGAGTGATGATTCCAAGGCTACCATGCTATTCTTCCACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 GCACTTGGGAGTGATGATTCCAAGGCTACCATGCTATTCTTCCACTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATCAGCTGAACTATGAGTGTGGCCGTTGCAGCCAGGACCCAGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 GGATCAGCTGAACTATGAGTGTGGCCGTTGCAGCCAGGACCCAGAGTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTGCTGCAGCACAATTTGCGGAAATTCTGCCGGGACATTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100397 TGTTGCTGCAGCACAATTTGCGGAAATTCTGCCGGGACATTCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    CCCTTTTCCCAGGATCCTACCCAGTTGGCTGAGATGATCTTTAACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 TAGCCCTTTTCCCAGGATCCTACCCAGTTGGCTGAGATGATCTTTAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTTCTGGAAGAAAAAAGAATTTTGATCCAGGCTCAGAGGGCCCAATTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100816 CCTTCTGGAAGAAAAAAGAATTTTGATCCAGGCTCAGAGGGCCCAATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         GAACAAGGAGAGCCAGTTCTCGAAACACCTGTGGAGAGCCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 TG...CAGGAACAAGGAGAGCCAGTTCTCGAAACACCTGTGGAGAGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACATGAGATTGAATCCCGGATCCTGGATTTAAGGGCTATGATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101082 CAACATGAGATTGAATCCCGGATCCTGGATTTAAGGGCTATGATGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        AAGCTGGTAAAATCCATCAGCCAACTGAAAGACCAGCAGGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101132 T...CAGAAGCTGGTAAAATCCATCAGCCAACTGAAAGACCAGCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTCTGCTTCCGATATAAGATCCAGGCCAAAG         GGAAGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101264 TCTTCTGCTTCCGATATAAGATCCAGGCCAAAGGTA...CAGGGAAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCTCTCTGGACCCCCATCAGACCAAAGAGCAGAAGATTCTGCAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 CCCTCTCTGGACCCCCATCAGACCAAAGAGCAGAAGATTCTGCAGGAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTCAATGAACTGGACAAAAGGAGAAAG         GAGGTGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101767 TCTCAATGAACTGGACAAAAGGAGAAAGGTG...CAGGAGGTGCTGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTCCAAAGCACTGCTAGGCCGATTAACTACCCTAATCGAGCTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101971 CCTCCAAAGCACTGCTAGGCCGATTAACTACCCTAATCGAGCTACTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAAAGTTGGAGGAGTGGAAGGCCCAGCAGCAAAAAGCCTGCATCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102021 CCAAAGTTGGAGGAGTGGAAGGCCCAGCAGCAAAAAGCCTGCATCAGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCCATTGACCACGGGTTGGAACAGCTGGAGACATG         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102071 TCCCATTGACCACGGGTTGGAACAGCTGGAGACATGGTG...CAGGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCTGGAGCAAAGCTGTTGTTTCACCTGAGGCAGCTGCTGAAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105127 CAGCTGGAGCAAAGCTGTTGTTTCACCTGAGGCAGCTGCTGAAGGAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGGACTGAGTTGCCTGGTTAGCTATCAGGATGACCCTCTGACCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105177 AAGGGACTGAGTTGCCTGGTTAGCTATCAGGATGACCCTCTGACCAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTGGACCTACGCAACGCCCAGGTCACAGAGTTGCTACAGCGTCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105227 GGTGGACCTACGCAACGCCCAGGTCACAGAGTTGCTACAGCGTCTGCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACAG         AGCCTTTGTGGTAGAAACCCAGCCCTGCATGCCCCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105277 ACAGGTC...CAGAGCCTTTGTGGTAGAAACCCAGCCCTGCATGCCCCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTCCCCATCGACCCCTCATCCTCAAGACTGGCAGCAAGTTCACCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105419 ACTCCCCATCGACCCCTCATCCTCAAGACTGGCAGCAAGTTCACCGTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACAAG         GCTGCTGGTGAGACTCCAGGAAGGCAATGAGTCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105469 AACAAGGTT...CAGGCTGCTGGTGAGACTCCAGGAAGGCAATGAGTCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGACTGTGGAAGTCTCCATTGACAG         GAATCCTCCTCAATTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105719 TGACTGTGGAAGTCTCCATTGACAGGTA...CAGGAATCCTCCTCAATTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAAGG         CTTCCGGAAGTTCAACATTCTGACTTCAAACCAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106156 CAAGGGTA...CAGCTTCCGGAAGTTCAACATTCTGACTTCAAACCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AACTTTGACCCCCGAGAAGGGGCAGAGTCAGGGTTTGATTTGGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106418 AACTTTGACCCCCGAGAAGGGGCAGAGTCAGGGTTTGATTTGGGACTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTTACCTG         ACTCTGGTGGAGCAACGTTCAGGTGGTTCAGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106468 GTTACCTGGTA...CAGACTCTGGTGGAGCAACGTTCAGGTGGTTCAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGGGCAGCAATAAG         GGGCCACTAGGTGTGACAGAGGAACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106969 AAGGGCAGCAATAAGGTG...CAGGGGCCACTAGGTGTGACAGAGGAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GCACATCATCAGCTTCACGGTCAAATATACCTACCAGGGTCTGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107089 GCACATCATCAGCTTCACGGTCAAATATACCTACCAGGGTCTGAAGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGCTGAAA         ACGGACACCCTCCCTGTGGTGATTATTTCCAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107139 AGCTGAAAGTG...CAGACGGACACCCTCCCTGTGGTGATTATTTCCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ATGAACCAGCTCTCAATTGCCTGGGCTTCAGTTCTCTGGTTCAATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107344 ATGAACCAGCTCTCAATTGCCTGGGCTTCAGTTCTCTGGTTCAATTTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CAGCCCAAACCTTCAG         AACCAGCAGTTCTTCTCCAACCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107394 CAGCCCAAACCTTCAGGTA...CAGAACCAGCAGTTCTTCTCCAACCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CCAAGGCCCCCTGGAGCTTGCTGGGCCCTGCTCTCAGTTGGCAGTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107538 CCAAGGCCCCCTGGAGCTTGCTGGGCCCTGCTCTCAGTTGGCAGTTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TCCTATGTTGGCCGAGGCCTCAACTCAGACCAGCTGAGCATGCTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107588 TCCTATGTTGGCCGAGGCCTCAACTCAGACCAGCTGAGCATGCTGAGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAAGCTGTTCG         GGCAGAACTGTAGGACTGAGGATCCATTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 CAAGCTGTTCGGTA...CAGGGCAGAACTGTAGGACTGAGGATCCATTAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TGTCCTGGGCTGACTTCACTAAG         CGAGAGAGCCCTCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107798 TGTCCTGGGCTGACTTCACTAAGGTA...CAGCGAGAGAGCCCTCCTGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AAGTTACCATTCTGGACATGGCTGGACAAAATTCTGGAGTTGGTACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107967 AAGTTACCATTCTGGACATGGCTGGACAAAATTCTGGAGTTGGTACATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CCACCTGAAGGATCTCTGGAATGATGG         ACGCATCATGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108017 CCACCTGAAGGATCTCTGGAATGATGGGTA...CAGACGCATCATGGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TTGTGAGTCGGAGCCAGGAGCGCCGGCTGCTGAAGAAGACCATGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109631 TTGTGAGTCGGAGCCAGGAGCGCCGGCTGCTGAAGAAGACCATGTCTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ACCTTTCTACTGCGCTTCAGTGAATCGTCAGAAGGGGGCATTACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109681 ACCTTTCTACTGCGCTTCAGTGAATCGTCAGAAGGGGGCATTACCTGCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CTGGGTGGAGCACCAGGATGATG         ACAAGGTGCTCATCTACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109731 CTGGGTGGAGCACCAGGATGATGGTC...CAGACAAGGTGCTCATCTACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CTGTGCAACCGTACACGAAGGAGGTGCTGCAGTCACTCCCGCTGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109966 CTGTGCAACCGTACACGAAGGAGGTGCTGCAGTCACTCCCGCTGACTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ATCATCCGCCATTACCAGTTGCTCACTGAGGAGAATATACCTGAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 ATCATCCGCCATTACCAGTTGCTCACTGAGGAGAATATACCTGAAAACCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 ACTGCGCTTCCTCTATCCCCGAATCCCCCGGGATGAAGCTTTTGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110066 ACTGCGCTTCCTCTATCCCCGAATCCCCCGGGATGAAGCTTTTGGGTGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 ACTACCAGGAGAAAG         TTAATCTCCAGGAACGGAGGAAATAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110116 ACTACCAGGAGAAAGGTG...CAGTTAATCTCCAGGAACGGAGGAAATAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CTGAAACACAGGCTCATTGTGGTCTCTAATAG         ACAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110395 CTGAAACACAGGCTCATTGTGGTCTCTAATAGGTG...CAGACAGGTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 TGAACTGCAACAACCGCTGGAGCTTAAGCCAGAGCCAGAGCTGGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112446 TGAACTGCAACAACCGCTGGAGCTTAAGCCAGAGCCAGAGCTGGAGTCAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TAGAGCTGGAACTAGGGCTGGTGCCAGAGCCAGAGCTCAGCCTGGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112496 TAGAGCTGGAACTAGGGCTGGTGCCAGAGCCAGAGCTCAGCCTGGACTTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 GAGCCACTGCTGAAGGCAGGGCTGGATCTGGGGCCAGAGCTAGAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112546 GAGCCACTGCTGAAGGCAGGGCTGGATCTGGGGCCAGAGCTAGAGTCTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GCTGGAGTCCACTCTGGAGCCTGTGATAGAGCCCACACTATGCATGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112596 GCTGGAGTCCACTCTGGAGCCTGTGATAGAGCCCACACTATGCATGGTAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 CACAAACAGTGCCAGAGCCAGACCAAGGACCTGTATCACAGCCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112646 CACAAACAGTGCCAGAGCCAGACCAAGGACCTGTATCACAGCCAGTGCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GAGCCAGATTTGCCCTGTGATCTGAGACATTTGAACACTGAGCCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112696 GAGCCAGATTTGCCCTGTGATCTGAGACATTTGAACACTGAGCCAATGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 AA         TCTTCAGAAACTGTGTAAAGATTGAAGAAATCATGCCGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112746 AAGTA...TAGTCTTCAGAAACTGTGTAAAGATTGAAGAAATCATGCCGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 ATGGTGACCCACTGTTGGCTGGCCAGAACACCGTGGATGAGGTTTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113080 ATGGTGACCCACTGTTGGCTGGCCAGAACACCGTGGATGAGGTTTACGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 TCCCGCCCCAGCCACTTCTACACTGATGGACCCTTGATGCCTTCTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113130 TCCCGCCCCAGCCACTTCTACACTGATGGACCCTTGATGCCTTCTGACTT

   2750 
   2553 C
        |
 113180 C