seq1 = pF1KB3681.tfa, 2685 bp
seq2 = pF1KB3681/gi568815575r_54346145.tfa (gi568815575r:54346145_54595432), 249288 bp

>pF1KB3681 2685
>gi568815575r:54346145_54595432 (ChrX)

(complement)

1-307  (100001-100307)   100% ->
308-481  (123946-124119)   100% ->
482-659  (124673-124850)   100% ->
660-1101  (124976-125417)   100% ->
1102-1191  (126557-126646)   100% ->
1192-1290  (127501-127597)   96% ->
1291-1438  (129834-129982)   96% ->
1439-1497  (138866-138924)   100% ->
1498-1644  (139067-139213)   100% ->
1645-1737  (139649-139741)   100% ->
1738-1817  (139906-139985)   100% ->
1818-1848  (145132-145162)   100% ->
1849-1950  (145673-145774)   100% ->
1951-2076  (146165-146290)   100% ->
2077-2238  (146466-146627)   100% ->
2239-2382  (147979-148122)   100% ->
2383-2685  (149019-149321)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATGGCCACCGAGCCCCGGGGGGCGCCGGGCCTTCGGAGCCCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATGGCCACCGAGCCCCGGGGGGCGCCGGGCCTTCGGAGCCCGAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGCCACGAACCCGCCGGGCGCCGCTCCGCCGGCCTGTGCCGACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGCCACGAACCCGCCGGGCGCCGCTCCGCCGGCCTGTGCCGACTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCTGGAGCCTCGGAACCCGGACTGCTGGCGCGCAGGGGCTCAGGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCTGGAGCCTCGGAACCCGGACTGCTGGCGCGCAGGGGCTCAGGTTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCTTGGCGGCCCACTGGATCCCCAGTTTGTCGGACCCTCGGACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCTTGGCGGCCCACTGGATCCCCAGTTTGTCGGACCCTCGGACACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGGCGCTGCTCCAGGCCACCGGGTCTTGCCCTGCGGTCCCAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGGCGCTGCTCCAGGCCACCGGGTCTTGCCCTGCGGTCCCAGTCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCACCACCGGGCCCTGCGCTTCTCTTACCACCTGGAGGGCTCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCACCACCGGGCCCTGCGCTTCTCTTACCACCTGGAGGGCTCGCAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGCCTG         GGCTGCACCAGGGAAACCGGATCCTGGTTAAAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGCCTGGTG...CAGGGCTGCACCAGGGAAACCGGATCCTGGTTAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTGTCCCTTGACCCTGGCCAAAGCCTAGAGCCTCATCCAGAAGGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123980 TTTGTCCCTTGACCCTGGCCAAAGCCTAGAGCCTCATCCAGAAGGTCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCGGCTTCGCTCAGACCCAGGTCCCCCGACTGAAACCCCTAGCCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124030 AGCGGCTTCGCTCAGACCCAGGTCCCCCGACTGAAACCCCTAGCCAGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTTCACCACTGAAGCGGGCACCGGGCCCGAAGCCACAGG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124080 CCTTCACCACTGAAGCGGGCACCGGGCCCGAAGCCACAGGGTA...CAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCCCCAAAGCCCAGCTACCTGCAGATGCCCCGGATGCCCCCCCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124674 GCCCCCAAAGCCCAGCTACCTGCAGATGCCCCGGATGCCCCCCCCACTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCCCATCCCCCCTCCACCATCACGCCCACTGCCTGCCGACCCCCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124724 AGCCCATCCCCCCTCCACCATCACGCCCACTGCCTGCCGACCCCCGAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCAAGGGCCTGGCTCCCAGGGCAGAGGCCAGCCCCAGTTCTGCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124774 GCCAAGGGCCTGGCTCCCAGGGCAGAGGCCAGCCCCAGTTCTGCAGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATCCTCACTGATTGAGAAGTTTGAAAG         AGAGCCTGTGATTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124824 ATCCTCACTGATTGAGAAGTTTGAAAGGTG...CAGAGAGCCTGTGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCGCCTCGGATAGACCAGTCCCTGGCCCCAGCCCAGGTCCCCCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124990 TCGCCTCGGATAGACCAGTCCCTGGCCCCAGCCCAGGTCCCCCAGAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCATGTTGCCACAGCCAACCTCGCAGCCACCAGTGCCCCAGCTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125040 GTCATGTTGCCACAGCCAACCTCGCAGCCACCAGTGCCCCAGCTCCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGGTGAGGCCTCCCGCTGCCTGTTTCTGCTGGCTCCTGGGCCCCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125090 GGGTGAGGCCTCCCGCTGCCTGTTTCTGCTGGCTCCTGGGCCCCGGGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGAGAAGGTGCCCAACCGGGACAGCGGCATTGATAGCATCAGCTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125140 GTGAGAAGGTGCCCAACCGGGACAGCGGCATTGATAGCATCAGCTCGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCCAACAGCGAGGAGACCTGCTTCGTCAGTGATGACGGGCCCCCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125190 TCCAACAGCGAGGAGACCTGCTTCGTCAGTGATGACGGGCCCCCCAGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAGCCTCTGCCCTGGGCCCCCTGCCCTGGCTAGTGTGCCTGTTGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125240 CAGCCTCTGCCCTGGGCCCCCTGCCCTGGCTAGTGTGCCTGTTGCCTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCGACCCCCACCGGCCTGGCTCCCAAGAGGTTGACAGTGACCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125290 CCGACCCCCACCGGCCTGGCTCCCAAGAGGTTGACAGTGACCTGGAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGGACGACGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAGGACAGAGAAATCCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125340 GAGGACGACGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAGGACAGAGAAATCCCAGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCTGATGGAGAGACAGGAGTCTGTGGAG         TTGACTGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125390 CCTGATGGAGAGACAGGAGTCTGTGGAGGTA...CAGTTGACTGTGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAAAGGTGTTTCACATTGCCAATGAGCTCCTGCAAACTGAGAAGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126570 AAAAGGTGTTTCACATTGCCAATGAGCTCCTGCAAACTGAGAAGGCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTTTCCAGGCTCCATCTCCTGGATCAG         GTGTTCTGTGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126620 GTTTCCAGGCTCCATCTCCTGGATCAGGTG...CAGGTGTTCTGTGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCTGCTGGAAGAAGCTCGGAACCGCAGTTCCTTCCCGGCCGACGTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127515 GCTGCTGGAAGAAGCTCGGAACCGCAGTTCCTTCCCGGCCGACGTTGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACGGCATCTTCTCTAACATCTGCTCCATC ATCCAT         GAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||-||---|>>>...>>>   ||
 127565 ACGGCATCTTCTCTAACATCTGCTCCATCTAT   TGCT...CTGCCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296  GCAGAAGGAGGAAGCCTGTGGCAACCTGACATTGCAGCACCACATGCTG
        - ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129839 CACAGAAGGAGGAAGCCTGTGGCAACCTGACATTGCAGCACCACATGCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345 GAGCCTGTGCAGCGCATCCCCCGCTATGAGCTTCTTCTCAAGGACTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129889 GAGCCTGTGCAGCGCATCCCCCGCTATGAGCTTCTTCTCAAGGACTATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395 GTTAAAGCTGCCCCATGGCTCCCCGGACAGCAAGGATGCCCAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129939 GTTAAAGCTGCCCCATGGCTCCCCGGACAGCAAGGATGCCCAAAGTG...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439    AGTCTCTGGAGCTGATCGCCACAGCAGCAGAGCACTCGAATGCTGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138863 TAGAGTCTCTGGAGCTGATCGCCACAGCAGCAGAGCACTCGAATGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486 ATCCGCAAAATG         GAGCGAATGCATAAGCTGCTGAAGGTATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 138913 ATCCGCAAAATGGTG...CAGGAGCGAATGCATAAGCTGCTGAAGGTATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1527 TGAGCTGTTAGGGGGCGAGGAGGACATTGTCAGCCCCACCAAAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139096 TGAGCTGTTAGGGGGCGAGGAGGACATTGTCAGCCCCACCAAAGAGCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1577 TAAAAGAAGGCCACATCCTTAAGCTGTCAGCAAAGAATGGGACCACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139146 TAAAAGAAGGCCACATCCTTAAGCTGTCAGCAAAGAATGGGACCACTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1627 GACCGATACCTCATACTA         TTCAACGACCGCCTCCTTTACTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139196 GACCGATACCTCATACTAGTA...TAGTTCAACGACCGCCTCCTTTACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1668 CGTGCCCAGGCTGCGGCTCCTTGGCCAGAAGTTTAGCGTGCGGGCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139672 CGTGCCCAGGCTGCGGCTCCTTGGCCAGAAGTTTAGCGTGCGGGCACGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1718 TTGATGTAGATGGCATGGAG         CTAAAGGAGAGCTCCAACCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139722 TTGATGTAGATGGCATGGAGGTA...CAGCTAAAGGAGAGCTCCAACCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1759 AATCTGCCTCGAACCTTCCTGGTGTCAGGAAAGCAGCGCTCCCTCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139927 AATCTGCCTCGAACCTTCCTGGTGTCAGGAAAGCAGCGCTCCCTCGAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1809 CCAGGCCAG         GACTGAGGAGGAGAAGAAAGACTGGGTCCAG 
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>
 139977 CCAGGCCAGGTA...AAGGACTGAGGAGGAGAAGAAAGACTGGGTCCAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1849         GCCATCAACTCCACCCTCCTGAAGCATGAACAGACGCTGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145164 TA...CAGGCCATCAACTCCACCCTCCTGAAGCATGAACAGACGCTGGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1891 ACTTTCAAACTGTTGAACTCAACAAACAGGGAAGATGAAGACACCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145715 ACTTTCAAACTGTTGAACTCAACAAACAGGGAAGATGAAGACACCCCACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1941 CAACTCTCCA         AACGTGGATCTTGGGAAGCGGGCACCTACGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 145765 CAACTCTCCAGTA...CAGAACGTGGATCTTGGGAAGCGGGCACCTACGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1982 CCATCCGGGAAAAGGAAGTCACCATGTGCATGCGCTGCCAGGAGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146196 CCATCCGGGAAAAGGAAGTCACCATGTGCATGCGCTGCCAGGAGCCCTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032 AATTCTATCACCAAACGCAGGCACCACTGCAAGGCCTGCGGGCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 146246 AATTCTATCACCAAACGCAGGCACCACTGCAAGGCCTGCGGGCATGTG..

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2077     GTGGTTTGTGGGAAGTGCTCCGAGTTCCGGGCCCGCCTCGTCTATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146296 .CAGGTGGTTTGTGGGAAGTGCTCCGAGTTCCGGGCCCGCCTCGTCTATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2123 ACAACAACCGCTCCAACCGTGTGTGCACTGATTGCTATGTGGCCTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146512 ACAACAACCGCTCCAACCGTGTGTGCACTGATTGCTATGTGGCCTTGCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2173 GGGGTGCCTGGGAGCAGTCCAGCCTGCAGCCAGCATACACCCCAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146562 GGGGTGCCTGGGAGCAGTCCAGCCTGCAGCCAGCATACACCCCAGCGCCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2223 GAGGTCCATCCTGGAG         AAACAGGCCTCAGTGGCTGCAGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 146612 GAGGTCCATCCTGGAGGTA...CAGAAACAGGCCTCAGTGGCTGCAGAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2264 ACAGCGTCATCTGCAGCTTCCTGCACTACATGGAGAAGGGTGGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148004 ACAGCGTCATCTGCAGCTTCCTGCACTACATGGAGAAGGGTGGCAAAGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2314 TGGCACAAGGCATGGTTCGTGGTCCCTGAAAATGAACCCTTGGTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148054 TGGCACAAGGCATGGTTCGTGGTCCCTGAAAATGAACCCTTGGTGCTGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2364 TATCTACGGAGCCCCTCAG         GATGTGAAAGCCCAGCGCAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 148104 TATCTACGGAGCCCCTCAGGTA...CAGGATGTGAAAGCCCAGCGCAGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2405 TGCCCCTCATTGGCTTCGAGGTGGGACCGCCCGAGGCAGGGGAGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149041 TGCCCCTCATTGGCTTCGAGGTGGGACCGCCCGAGGCAGGGGAGCGGCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2455 GACAGAAGGCATGTCTTCAAGATCACCCAGAGCCACCTCAGCTGGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149091 GACAGAAGGCATGTCTTCAAGATCACCCAGAGCCACCTCAGCTGGTACTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2505 CAGCCCTGAGACAGAGGAACTACAGCGACGCTGGATGGCTGTGCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149141 CAGCCCTGAGACAGAGGAACTACAGCGACGCTGGATGGCTGTGCTTGGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2555 GGGCGGGCCGAGGGGACACGTTCTGCCCGGGGCCCACACTGTCTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149191 GGGCGGGCCGAGGGGACACGTTCTGCCCGGGGCCCACACTGTCTGAGGAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2605 AGGGAGATGGAGGAGGCACCGGTGGCTGCTTTAGGAGCCACTGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149241 AGGGAGATGGAGGAGGCACCGGTGGCTGCTTTAGGAGCCACTGCTGAACC

   2800     .    :    .    :    .    :
   2655 CCCCGAATCCCCCCAGACCCGAGACAAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 149291 CCCCGAATCCCCCCAGACCCGAGACAAGACC