seq1 = pF1KB3680.tfa, 2853 bp
seq2 = pF1KB3680/gi568815593r_138057211.tfa (gi568815593r:138057211_138277667), 220457 bp

>pF1KB3680 2853
>gi568815593r:138057211_138277667 (Chr5)

(complement)

1-19  (99054-99072)   100% ->
20-116  (100001-100097)   100% ->
117-186  (105534-105603)   100% ->
187-236  (106258-106307)   100% ->
237-359  (106508-106630)   100% ->
360-440  (106756-106836)   100% ->
441-505  (107259-107323)   100% ->
506-642  (108310-108446)   100% ->
643-861  (108980-109198)   100% ->
862-1006  (109590-109734)   100% ->
1007-1216  (110941-111150)   100% ->
1217-1497  (111560-111840)   100% ->
1498-1950  (112502-112954)   99% ->
1951-2044  (113255-113348)   100% ->
2045-2091  (113535-113581)   100% ->
2092-2306  (114324-114538)   100% ->
2307-2399  (115522-115614)   100% ->
2400-2468  (115804-115872)   100% ->
2469-2646  (116600-116777)   100% ->
2647-2751  (117495-117599)   100% ->
2752-2796  (118069-118113)   100% ->
2797-2853  (120401-120457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGGGAACGGGCA         AACACAAGCTGCTAAGCACTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99054 ATGGCGACGGGAACGGGCAGTG...CAGAACACAAGCTGCTAAGCACTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCTATGTTTAGCATCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 CCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCTATGTTTAGCATCTTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTG         GGTATCAGTTAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100073 TCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGTA...TAGGGTATCAGTTAGCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105550 GCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAA         CATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105600 AAAAGTA...TAGCATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGAGACACCAAA         ACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106295 CTGAGACACCAAAGTG...CAGACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106536 GTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106586 TGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    360     ACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 .TAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAAC         GAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106802 AGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGTG...TAGGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107265 GAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CATACCAGG         CTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 CATACCAGGGTA...TAGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108342 TTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108392 TGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTGGG         GTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 CTGGGGTG...TAGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109016 TCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109066 AGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109116 GACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTG         GTCAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109166 AAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTA...TAGGTCAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109598 GAGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109648 TGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGATACAGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109698 ACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTA...TAGGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110945 TCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110995 CTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111045 CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111095 GCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTCCAG         TGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111145 CTCCAGGTG...CAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111595 GTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111645 CATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111695 AGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111745 GATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111795 GGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498      GTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111845 ..CAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112547 GCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112597 CTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 112647 CACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112697 AACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112747 CAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 TAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112847 CAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112897 AGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGACAGAG         GCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112947 AGACAGAGGTA...CAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113288 GGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGAAATGTCAG         ACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113338 TGAAATGTCAGGTA...CAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTATTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TTGGAAGCCAGATAAAG         GATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113565 TTGGAAGCCAGATAAAGGTA...AAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114348 GAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114398 TCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114448 AGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114498 CTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTGTG...CAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115522 CTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115572 AGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTG...C

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2400   GTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115802 AGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCACCTGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CTACCACAGCATTGTGCAGAG         GCCTATGGATTTGTCAACTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115852 CTACCACAGCATTGTGCAGAGGTG...TAGGCCTATGGATTTGTCAACTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116620 TTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 CGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116670 CGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116720 CCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 AGATCCAG         CAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116770 AGATCCAGGTA...CAGCAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 TCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117528 TCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 CAAACAGGATGCTTCAGAGAAG         GACAGTGTCCCAATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117578 CAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGTG...CAGGACAGTGTCCCAATGGGCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 CTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTT         GATGGAGGAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118088 CTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGTA...TAGGATGGAGGAACCAGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 GGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120416 GGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG