seq1 = pF1KB3668.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB3668/gi568815594r_75382541.tfa (gi568815594r:75382541_75614286), 231746 bp

>pF1KB3668 783
>gi568815594r:75382541_75614286 (Chr4)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-210  (104991-105110)   100% ->
211-326  (105352-105467)   100% ->
327-405  (120108-120186)   100% ->
406-450  (122354-122398)   100% ->
451-509  (122505-122563)   100% ->
510-536  (122650-122676)   100% ->
537-657  (123586-123706)   100% ->
658-783  (131621-131746)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGACGGCCCGGGAAGATGGCGCCAGCGGTCAAGAGCGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGACGGCCCGGGAAGATGGCGCCAGCGGTCAAGAGCGAGGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGGCTGCGAGCACTATGACAGAGGATGTCTCCTAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GCGGGGCTGCGAGCACTATGACAGAGGATGTCTCCTAAAGGTG...TAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACCTTGCTGTGACAAGCTTTATACTTGCCGCTTGTGTCATGATAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104992 CACCTTGCTGTGACAAGCTTTATACTTGCCGCTTGTGTCATGATAACAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATCATCAACTAGATCGCTTTAAAGTGAAGGAAGTGCAGTGCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105042 GAAGATCATCAACTAGATCGCTTTAAAGTGAAGGAAGTGCAGTGCATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTGAAAAAATTCAACAT         GCCCAACAGACTTGTGAAGAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105092 CTGTGAAAAAATTCAACATGTA...TAGGCCCAACAGACTTGTGAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTAGCACATTGTTTGGAGAATATTATTGCGATATATGCCATTTGTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105374 GTAGCACATTGTTTGGAGAATATTATTGCGATATATGCCATTTGTTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGATAAGAAGCAGTATCACTGTGAAAACTGTGGAATTTGTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105424 AAAGATAAGAAGCAGTATCACTGTGAAAACTGTGGAATTTGTAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    GATTGGTCCAAAGGAAGATTTTTTCCATTGTTTGAAATGTAACTTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120105 TAGGATTGGTCCAAAGGAAGATTTTTTCCATTGTTTGAAATGTAACTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTAGCTATGAATCTTCAAGGAAGACACAAG         TGTATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120155 GCCTAGCTATGAATCTTCAAGGAAGACACAAGGTA...CAGTGTATTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGTGTCCCGACAGAATTGTCCAATATGTTTGGAG         GACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122363 AATGTGTCCCGACAGAATTGTCCAATATGTTTGGAGGTA...CAGGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCACACATCCCGTGTTGTTGCTCATGTCTTGCCATGTGGACATCTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122510 TCACACATCCCGTGTTGTTGCTCATGTCTTGCCATGTGGACATCTTTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAG         AACGTGTTATGAAGAAATGTTGAAAGA         A
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122560 ATAGGTA...CAGAACGTGTTATGAAGAAATGTTGAAAGAGTG...CAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GGCTACAGATGTCCATTATGTATGCACTCTGCTTTAGATATGACCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123587 GGCTACAGATGTCCATTATGTATGCACTCTGCTTTAGATATGACCAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TTGGAGACAGCTGGATGATGAAGTAGCACAGACTCCTATGCCATCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123637 TTGGAGACAGCTGGATGATGAAGTAGCACAGACTCCTATGCCATCAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCAGAACATGACTGTGGAT         TTTCTCTGCAATGACTGTAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||
 123687 ATCAGAACATGACTGTGGATGTG...CAGATTCTCTGCAATGACTGTAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGACGATCCACTGTTCAGTTTCATATATTAGGCATGAAATGTAAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131642 GGACGATCCACTGTTCAGTTTCATATATTAGGCATGAAATGTAAGATTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGAATCCTATAATACTGCTCAAGCTGGAGGACGTAGAATTTCACTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131692 TGAATCCTATAATACTGCTCAAGCTGGAGGACGTAGAATTTCACTGGATC

    850     .
    779 AGCAA
        |||||
 131742 AGCAA