seq1 = pF1KB3659.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KB3659/gi568815587r_73901415.tfa (gi568815587r:73901415_74107042), 205628 bp

>pF1KB3659 936
>gi568815587r:73901415_74107042 (Chr11)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-337  (100664-100874)   100% ->
338-541  (101110-101313)   100% ->
542-643  (102458-102559)   100% ->
644-824  (103036-103216)   100% ->
825-936  (105517-105628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGGACTGAAGCCTTCAGACGTGCCTCCCACCATGGCTGTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGGACTGAAGCCTTCAGACGTGCCTCCCACCATGGCTGTGAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGGGCAGGCACAGCAGCCTGTTTTGCTGACCTCGTTACCTTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGGGCAGGCACAGCAGCCTGTTTTGCTGACCTCGTTACCTTTCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACACAGCCAAGGTCCGCCTGCAG         ATCCAGGGGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 TGGACACAGCCAAGGTCCGCCTGCAGGTA...CAGATCCAGGGGGAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGCGGTCCAGACGGCCCGGCTCGTGCAGTACCGTGGCGTGCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100679 CAGGCGGTCCAGACGGCCCGGCTCGTGCAGTACCGTGGCGTGCTGGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCTGACCATGGTGCGGACTGAGGGTCCCTGCAGCCCCTACAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100729 CATCCTGACCATGGTGCGGACTGAGGGTCCCTGCAGCCCCTACAATGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGGCCGGCCTGCAGCGCCAGATGAGCTTCGCCTCCATCCGCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100779 TGGTGGCCGGCCTGCAGCGCCAGATGAGCTTCGCCTCCATCCGCATCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTATGACTCCGTCAAGCAGGTGTACACCCCCAAAGGCGCGGACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100829 CTCTATGACTCCGTCAAGCAGGTGTACACCCCCAAAGGCGCGGACAGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      ACTCCAGCCTCACTACCCGGATTTTGGCCGGCTGCACCACAGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 ..CAGACTCCAGCCTCACTACCCGGATTTTGGCCGGCTGCACCACAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATGGCGGTGACCTGTGCCCAGCCCACAGATGTGGTGAAGGTCCGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101155 CCATGGCGGTGACCTGTGCCCAGCCCACAGATGTGGTGAAGGTCCGATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGCCAGCATACACCTCGGGCCATCCAGGAGCGACAGAAAATACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101205 CAGGCCAGCATACACCTCGGGCCATCCAGGAGCGACAGAAAATACAGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACTATGGACGCCTACAGAACCATCGCCAGGGAGGAAGGAGTCAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101255 GACTATGGACGCCTACAGAACCATCGCCAGGGAGGAAGGAGTCAGGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGTGGAAAG         GAACTTTGCCCAACATCATGAGGAATGCTATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101305 TGTGGAAAGGTA...CAGGAACTTTGCCCAACATCATGAGGAATGCTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCAACTGTGCTGAGGTGGTGACCTACGACATCCTCAAGGAGAAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102490 GTCAACTGTGCTGAGGTGGTGACCTACGACATCCTCAAGGAGAAGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGACTACCACCTGCTCACTG         ACAACTTCCCCTGCCACTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102540 GGACTACCACCTGCTCACTGGTG...CAGACAACTTCCCCTGCCACTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCTGCCTTTGGAGCCGGCTTCTGTGCCACAGTGGTGGCCTCCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 TCTCTGCCTTTGGAGCCGGCTTCTGTGCCACAGTGGTGGCCTCCCCGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACGTGGTGAAGACCCGGTATATGAACTCACCTCCAGGCCAGTACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 GACGTGGTGAAGACCCGGTATATGAACTCACCTCCAGGCCAGTACTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCCCTCGACTGTATGATAAAGATGGTGGCCCAGGAGGGCCCCACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 CCCCCTCGACTGTATGATAAAGATGGTGGCCCAGGAGGGCCCCACAGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTACAAGGG         ATTTACACCCTCCTTTTTGCGTTTGGGATCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 TCTACAAGGGGTG...CAGATTTACACCCTCCTTTTTGCGTTTGGGATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGAACGTGGTGATGTTCGTAACCTATGAGCAGCTGAAACGGGCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105548 TGGAACGTGGTGATGTTCGTAACCTATGAGCAGCTGAAACGGGCCCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :
    906 GAAAGTCCAGATGTTACGGGAATCACCGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105598 GAAAGTCCAGATGTTACGGGAATCACCGTTT