seq1 = pF1KB3655.tfa, 1683 bp
seq2 = pF1KB3655/gi568815586r_50888328.tfa (gi568815586r:50888328_51108625), 220298 bp

>pF1KB3655 1683
>gi568815586r:50888328_51108625 (Chr12)

(complement)

1-34  (97898-97931)   100% ->
35-183  (100002-100150)   100% ->
184-309  (103190-103315)   100% ->
310-429  (103719-103838)   100% ->
430-536  (108207-108313)   100% ->
537-607  (109211-109281)   100% ->
608-675  (109385-109452)   100% ->
676-831  (111654-111809)   100% ->
832-990  (112839-112997)   100% ->
991-1077  (113996-114082)   100% ->
1078-1197  (115697-115816)   100% ->
1198-1347  (116287-116436)   100% ->
1348-1421  (116954-117027)   100% ->
1422-1575  (117678-117831)   100% ->
1576-1683  (120191-120298)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGGGTCCTGAACAGAAGATGTCAGATG         ACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  97898 ATGGTGCTGGGTCCTGAACAGAAGATGTCAGATGGTA...CAGACAGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCTGGAGATCATGGGGAGTCTGCCAGTCTTGGTAACATCAACCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 TTCTGGAGATCATGGGGAGTCTGCCAGTCTTGGTAACATCAACCCTGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGTAATCCCTCTCTTTCACAGTCCCCTGGGGACTCAGAGGAGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 ATAGTAATCCCTCTCTTTCACAGTCCCCTGGGGACTCAGAGGAGTACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCACTTACTTTAATGAGAAGATCTCCATTCCTGAGGAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100109 GCCACTTACTTTAATGAGAAGATCTCCATTCCTGAGGAGGAGGTT...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TACTCTTGTTTTAGCTTTCGTAAACTCTGGGCTTTCACCGGACCAGGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103189 GTACTCTTGTTTTAGCTTTCGTAAACTCTGGGCTTTCACCGGACCAGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTTATGAGCATTGCCTACCTGGATCCAGGAAATATTGAATCCGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103239 TTCTTATGAGCATTGCCTACCTGGATCCAGGAAATATTGAATCCGATTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTCTGGAGCAGTGGCTGGATTTAAG         TTGCTCTGGATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103289 CAGTCTGGAGCAGTGGCTGGATTTAAGGTG...TAGTTGCTCTGGATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGTTGGCCACCCTTGTGGGGCTGCTGCTCCAGCGGCTTGCAGCTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103733 TCTGTTGGCCACCCTTGTGGGGCTGCTGCTCCAGCGGCTTGCAGCTAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGAGTGGTTACTGGGCTGCATCTTGCTGAAGTATGTCACCGTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 TGGGAGTGGTTACTGGGCTGCATCTTGCTGAAGTATGTCACCGTCAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAAG         GTCCCACGAGTCATCCTGTGGCTGATGGTGGAGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 CCCAAGGTG...TAGGTCCCACGAGTCATCCTGTGGCTGATGGTGGAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTATCATCGGCTCAGACATGCAAGAAGTCATTGGCTCAGCCATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108242 GGCTATCATCGGCTCAGACATGCAAGAAGTCATTGGCTCAGCCATTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAATCTTCTGTCTGTAGGAAG         AATTCCTCTGTGGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108292 TCAATCTTCTGTCTGTAGGAAGGTG...TAGAATTCCTCTGTGGGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTCTCATCACCATTGCAGATACTTTTGTATTTCTCTTCTTGGACAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109230 GTTCTCATCACCATTGCAGATACTTTTGTATTTCTCTTCTTGGACAAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TG         GCTTGCGGAAGCTAGAAGCATTTTTTGGCTTTCTCATCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109280 TGGTA...TAGGCTTGCGGAAGCTAGAAGCATTTTTTGGCTTTCTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTATTATGGCCCTCACATTTGGATATGAG         TATGTTACAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109424 CTATTATGGCCCTCACATTTGGATATGAGGCA...TAGTATGTTACAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAACCCAGCCAGAGCCAGGTACTCAAGGGCATGTTCGTACCATCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111666 AAACCCAGCCAGAGCCAGGTACTCAAGGGCATGTTCGTACCATCCTGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGGCTGTCGCACTCCACAGATTGAACAGGCTGTGGGCATCGTGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111716 AGGCTGTCGCACTCCACAGATTGAACAGGCTGTGGGCATCGTGGGAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATCATGCCACACAACATGTACCTGCATTCTGCCTTAGTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111766 TCATCATGCCACACAACATGTACCTGCATTCTGCCTTAGTCAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    TCTAGACAGGTAAACCGGAACAATAAGCAGGAAGTTCGAGAAGCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112836 TAGTCTAGACAGGTAAACCGGAACAATAAGCAGGAAGTTCGAGAAGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAAGTACTTTTTCATTGAATCCTGCATTGCACTCTTTGTTTCCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112886 TAAGTACTTTTTCATTGAATCCTGCATTGCACTCTTTGTTTCCTTCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCAATGTCTTTGTTGTCTCAGTCTTTGCTGAAGCATTTTTTGGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112936 TCAATGTCTTTGTTGTCTCAGTCTTTGCTGAAGCATTTTTTGGGAAAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACGAGCAGGTG         GTTGAAGTCTGTACAAATACCAGCAGTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112986 AACGAGCAGGTGGTG...TAGGTTGAAGTCTGTACAAATACCAGCAGTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCATGCTGGCCTCTTTCCTAAAGATAACTCGACACTGGCTGTGGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114025 TCATGCTGGCCTCTTTCCTAAAGATAACTCGACACTGGCTGTGGACATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAAAGGG         GGTGTTGTGCTGGGATGTTACTTTGGGCCTGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114075 ACAAAGGGGTA...CAGGGTGTTGTGCTGGGATGTTACTTTGGGCCTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCACTCTACATTTGGGCAGTGGGGATCCTGGCTGCAGGACAGAGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115730 GCACTCTACATTTGGGCAGTGGGGATCCTGGCTGCAGGACAGAGCTCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATGACAGGAACCTATTCTGGCCAGTTTGTCATGGAG         GGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115780 CATGACAGGAACCTATTCTGGCCAGTTTGTCATGGAGGTA...CAGGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCCTGAACCTAAAGTGGTCACGCTTTGCCCGAGTGGTTCTGACTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116291 TCCTGAACCTAAAGTGGTCACGCTTTGCCCGAGTGGTTCTGACTCGCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATTGCCATCATCCCCACTCTGCTTGTTGCTGTCTTCCAAGATGTAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116341 ATTGCCATCATCCCCACTCTGCTTGTTGCTGTCTTCCAAGATGTAGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCTAACAGGGATGAATGACTTTCTGAATGTTCTACAGAGCTTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116391 TCTAACAGGGATGAATGACTTTCTGAATGTTCTACAGAGCTTACAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348      CTTCCCTTTGCTCTCATACCCATCCTCACATTTACGAGCTTGCGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116441 ..CAGCTTCCCTTTGCTCTCATACCCATCCTCACATTTACGAGCTTGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCAGTAATGAGTGACTTTGCCAATGGACT         AGGCTGGCGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116999 CCAGTAATGAGTGACTTTGCCAATGGACTGTG...CAGAGGCTGGCGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGCAGGAGGAATCTTGGTCCTTATCATCTGTTCCATCAATATGTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117690 TGCAGGAGGAATCTTGGTCCTTATCATCTGTTCCATCAATATGTACTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TAGTGGTTTATGTCCGGGACCTAGGGCATGTGGCATTATATGTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117740 TAGTGGTTTATGTCCGGGACCTAGGGCATGTGGCATTATATGTGGTGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCTGTGGTCAGCGTGGCTTATCTGGGCTTTGTGTTCTACTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117790 GCTGTGGTCAGCGTGGCTTATCTGGGCTTTGTGTTCTACTTGGTA...CA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576  GGTTGGCAATGTTTGATTGCACTGGGCATGTCCTTCCTGGACTGTGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120190 GGGTTGGCAATGTTTGATTGCACTGGGCATGTCCTTCCTGGACTGTGGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ATACGGTAAGCATCTCTAAAGGCCTGCTGACAGAAGAAGCCACCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120240 ATACGGTAAGCATCTCTAAAGGCCTGCTGACAGAAGAAGCCACCCGTGGC

   1800     .
   1675 TACGTTAAA
        |||||||||
 120290 TACGTTAAA