seq1 = pF1KB3649.tfa, 1776 bp
seq2 = pF1KB3649/gi568815593f_179605682.tfa (gi568815593f:179605682_179828641), 222960 bp

>pF1KB3649 1776
>gi568815593f:179605682_179828641 (Chr5)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-245  (100577-100650)   100% ->
246-304  (101451-101509)   100% ->
305-446  (102558-102699)   100% ->
447-528  (103297-103378)   100% ->
529-721  (104192-104384)   100% ->
722-911  (110424-110613)   100% ->
912-1025  (113987-114100)   100% ->
1026-1182  (114723-114879)   100% ->
1183-1398  (117123-117338)   100% ->
1399-1518  (117979-118098)   100% ->
1519-1645  (118976-119102)   100% ->
1646-1725  (120999-121078)   100% ->
1726-1776  (122910-122960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGAAGTGGTTGCTGTGTATGTTACTGGTGCTTGGAACTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGAAGTGGTTGCTGTGTATGTTACTGGTGCTTGGAACTGCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTGAGGCTCATGATGGACATGATGATGATGTGATTGATATTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTGAGGCTCATGATGGACATGATGATGATGTGATTGATATTGAGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTTGACGATGTCATTGAAGAGGTAGAAGACTCAAAACCAGATACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTTGACGATGTCATTGAAGAGGTAGAAGACTCAAAACCAGATACCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCCTCCTTCATCTCCCAAG         GTTACTTACAAAGCTCCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GCTCCTCCTTCATCTCCCAAGGTT...CAGGTTACTTACAAAGCTCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCAACAGGGGAAGTATATTTTGCTGATTCTTTTGACAGAGGAACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 TCCAACAGGGGAAGTATATTTTGCTGATTCTTTTGACAGAGGAACTCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGG         GTGGATTTTATCCAAAGCCAAGAAAGACGATACCGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 CAGGGTA...CAGGTGGATTTTATCCAAAGCCAAGAAAGACGATACCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAAATTGCCAAATATGATG         GAAAGTGGGAGGTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101488 GATGAAATTGCCAAATATGATGGTG...TAGGAAAGTGGGAGGTAGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGAAGGAGTCAAAGCTTCCAGGTGATAAAGGACTTGTGTTGATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 AATGAAGGAGTCAAAGCTTCCAGGTGATAAAGGACTTGTGTTGATGTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCCAAGCATCATGCCATCTCTGCTAAACTGAACAAGCCCTTCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102627 GGGCCAAGCATCATGCCATCTCTGCTAAACTGAACAAGCCCTTCCTGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACACCAAGCCTCTCATTGTTCA         GTATGAGGTTAATTTCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102677 GACACCAAGCCTCTCATTGTTCAGTA...TAGGTATGAGGTTAATTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAATGGAATAGAATGTGGTGGTGCCTATGTGAAACTGCTTTCTAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 AAATGGAATAGAATGTGGTGGTGCCTATGTGAAACTGCTTTCTAAAACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAACTCAACCTG         GATCAGTTCCATGACAAGACCCCTTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103365 CAGAACTCAACCTGGTA...AAGGATCAGTTCCATGACAAGACCCCTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACGATTATGTTTGGTCCAGATAAATGTGGAGAGGACTATAAACTGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104219 ACGATTATGTTTGGTCCAGATAAATGTGGAGAGGACTATAAACTGCACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCTTCCGACACAAAAACCCCAAAACGGGTATCTATGAAGAAAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104269 CATCTTCCGACACAAAAACCCCAAAACGGGTATCTATGAAGAAAAACATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTAAGAGGCCAGATGCAGATCTGAAGACCTATTTTACTGATAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104319 CTAAGAGGCCAGATGCAGATCTGAAGACCTATTTTACTGATAAGAAAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATCTTTACACACTAA         TCTTGAATCCAGATAATAGTTTTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104369 CATCTTTACACACTAAGTA...CAGTCTTGAATCCAGATAATAGTTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATACTGGTTGACCAATCTGTGGTGAATAGTGGAAATCTGCTCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110449 AATACTGGTTGACCAATCTGTGGTGAATAGTGGAAATCTGCTCAATGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGACTCCTCCTGTAAATCCTTCACGTGAAATTGAGGACCCAGAAGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110499 TGACTCCTCCTGTAAATCCTTCACGTGAAATTGAGGACCCAGAAGACCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGCCCGAGGATTGGGATGAAAGACCAAAAATCCCAGATCCAGAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110549 AAGCCCGAGGATTGGGATGAAAGACCAAAAATCCCAGATCCAGAAGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAGCCAGATGACTG         GGATGAAGATGCCCCTGCTAAGATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110599 CAAGCCAGATGACTGGTG...AAGGGATGAAGATGCCCCTGCTAAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGATGAAGAGGCCACAAAACCCGAAGGCTGGTTAGATGATGAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114013 CAGATGAAGAGGCCACAAAACCCGAAGGCTGGTTAGATGATGAGCCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACGTACCTGATCCAGACGCAGAGAAACCTGAGGATTG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114063 TACGTACCTGATCCAGACGCAGAGAAACCTGAGGATTGGTA...TAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAGACATGGATGGAGAATGGGAGGCTCCTCAGATTGCCAACCCTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114726 TGAAGACATGGATGGAGAATGGGAGGCTCCTCAGATTGCCAACCCTAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTGAGTCAGCTCCTGGATGTGGTGTCTGGCAGCGACCTGTGATTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114776 GTGAGTCAGCTCCTGGATGTGGTGTCTGGCAGCGACCTGTGATTGACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCCAATTATAAAGGCAAATGGAAGCCTCCTATGATTGACAATCCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114826 CCCAATTATAAAGGCAAATGGAAGCCTCCTATGATTGACAATCCCAGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAG         GGAATCTGGAAACCCAGGAAAATACCAAATCCAGATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114876 CCAGGTT...TAGGGAATCTGGAAACCCAGGAAAATACCAAATCCAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTTTGAAGATCTGGAACCTTTCAGAATGACTCCTTTTAGTGCTATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117160 TCTTTGAAGATCTGGAACCTTTCAGAATGACTCCTTTTAGTGCTATTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGGAGCTGTGGTCCATGACCTCTGACATTTTTTTTGACAACTTTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117210 TTGGAGCTGTGGTCCATGACCTCTGACATTTTTTTTGACAACTTTATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTGTGCTGATCGAAGAATAGTTGATGATTGGGCCAATGATGGATGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117260 TTGTGCTGATCGAAGAATAGTTGATGATTGGGCCAATGATGGATGGGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGAAGAAAGCTGCTGATGGGGCTGCTGAG         CCAGGCGTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117310 TGAAGAAAGCTGCTGATGGGGCTGCTGAGGTT...CAGCCAGGCGTTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGCAGATGATCGAGGCAGCTGAAGAGCGCCCGTGGCTGTGGGTAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117991 GGGCAGATGATCGAGGCAGCTGAAGAGCGCCCGTGGCTGTGGGTAGTCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TATTCTAACTGTAGCCCTTCCTGTGTTCCTGGTTATCCTCTTCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118041 TATTCTAACTGTAGCCCTTCCTGTGTTCCTGGTTATCCTCTTCTGCTGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTGGAAAG         AAACAGACCAGTGGTATGGAGTATAAGAAAACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118091 CTGGAAAGGTA...CAGAAACAGACCAGTGGTATGGAGTATAAGAAAACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATGCACCTCAACCGGATGTGAAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119009 GATGCACCTCAACCGGATGTGAAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGGAAGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AAAGGACAAGGGAGATGAGGAGGAGGAAGGAGAAGAGAAACTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119059 AAAGGACAAGGGAGATGAGGAGGAGGAAGGAGAAGAGAAACTTGGTA...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1646    AAGAGAAACAGAAAAGTGATGCTGAAGAAGATGGTGGCACTGTCAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120996 TAGAAGAGAAACAGAAAAGTGATGCTGAAGAAGATGGTGGCACTGTCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CAAGAGGAGGAAGACAGAAAACCTAAAGCAGAG         GAGGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121046 CAAGAGGAGGAAGACAGAAAACCTAAAGCAGAGGTA...TAGGAGGATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AATTTTGAACAGATCACCAAGAAACAGAAAGCCACGAAGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122918 AATTTTGAACAGATCACCAAGAAACAGAAAGCCACGAAGAGAG