seq1 = pF1KB3635.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KB3635/gi568815597f_23592608.tfa (gi568815597f:23592608_23795908), 203301 bp

>pF1KB3635 534
>gi568815597f:23592608_23795908 (Chr1)

1-157  (99995-100152)   98% ->
158-264  (101200-101306)   100% ->
265-396  (102053-102184)   100% ->
397-507  (103191-103301)   100% ->
508-534  (103737-103763)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGC GCAGGATCAAGGTGAAAAGGAGAACCCCATGCGGGAACTTCGCA
         | ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 GTTGCAGCAGGATCAAGGTGAAAAGGAGAACCCCATGCGGGAACTTCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TCCGCAAACTCTGTCTCAACATCTGTGTTGGGGAGAGTGGAGACAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 TCCGCAAACTCTGTCTCAACATCTGTGTTGGGGAGAGTGGAGACAGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 ACGCGAGCAGCCAAGGTGTTGGAGCAGCTCACAGGGCAGACCCCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 ACGCGAGCAGCCAAGGTGTTGGAGCAGCTCACAGGGCAGACCCCTGTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 TTCCAAAG         CTAGATACACTGTCAGATCCTTTGGCATCCGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 TTCCAAAGGTG...CAGCTAGATACACTGTCAGATCCTTTGGCATCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GAAATGAAAAGATTGCTGTCCACTGCACAGTTCGAGGGGCCAAGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101233 GAAATGAAAAGATTGCTGTCCACTGCACAGTTCGAGGGGCCAAGGCAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAAATCTTGGAGAAGGGTCTAAAG         GTGCGGGAGTATGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101283 GAAATCTTGGAGAAGGGTCTAAAGGTG...CAGGTGCGGGAGTATGAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 AAGAAAAAACAACTTCTCAGATACTGGAAACTTTGGTTTTGGGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 AAGAAAAAACAACTTCTCAGATACTGGAAACTTTGGTTTTGGGATCCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AACACATCGATCTGGGTATCAAATATGACCCAAGCATTGGTATCTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102120 AACACATCGATCTGGGTATCAAATATGACCCAAGCATTGGTATCTACGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 CTGGACTTCTATGTG         GTGCTGGGTAGGCCAGGTTTCAGCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102170 CTGGACTTCTATGTGGTA...CAGGTGCTGGGTAGGCCAGGTTTCAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CGCAGACAAGAAGCGCAGGACAGGCTGCATTGGGGCCAAACACAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 CGCAGACAAGAAGCGCAGGACAGGCTGCATTGGGGCCAAACACAGAATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GCAAAGAGGAGGCCATGCGCTGGTTCCAGCAGAAG         TATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103267 GCAAAGAGGAGGCCATGCGCTGGTTCCAGCAGAAGGTA...CAGTATGAT

    550     .    :    .    :
    514 GGGATCATCCTTCCTGGCAAA
        |||||||||||||||||||||
 103743 GGGATCATCCTTCCTGGCAAA