seq1 = pF1KB3634.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB3634/gi568815583r_76116562.tfa (gi568815583r:76116562_76411388), 294827 bp

>pF1KB3634 999
>gi568815583r:76116562_76411388 (Chr15)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-186  (115652-115798)   100% ->
187-268  (118689-118770)   100% ->
269-351  (118876-118958)   100% ->
352-451  (123444-123543)   100% ->
452-562  (124908-125018)   100% ->
563-664  (125651-125752)   100% ->
665-733  (127564-127632)   100% ->
734-816  (136895-136977)   100% ->
817-882  (179991-180056)   100% ->
883-963  (185460-185540)   100% ->
964-999  (194792-194827)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGAGCGGCGGCTCCGGGGCAGCTCCGGCGGGCG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGTTCCGAGCGGCGGCTCCGGGGCAGCTCCGGCGGGCGGTG...TAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTCATTGCTACGATTTCAGAGTACCCTGGTAATAGCTGAGCATGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115654 CTCATTGCTACGATTTCAGAGTACCCTGGTAATAGCTGAGCATGCAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCCCTAGCACCCATTACTTTAAATACCATTACTGCAGCCACACGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115704 ATTCCCTAGCACCCATTACTTTAAATACCATTACTGCAGCCACACGCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGGTGAAGTGTCCTGCTTAGTAGCTGGAACCAAATGTGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115754 GGAGGTGAAGTGTCCTGCTTAGTAGCTGGAACCAAATGTGACAAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GTGGCACAAGATCTCTGTAAAGTAGCAGGCATAGCAAAAGTTCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115804 .TAGGTGGCACAAGATCTCTGTAAAGTAGCAGGCATAGCAAAAGTTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCTCAGCATGATGTGTACAAAGGCCTACTTCCAG         AGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118735 TGGCTCAGCATGATGTGTACAAAGGCCTACTTCCAGGTG...CAGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGACACCATTGATTTTGGCAACTCAGAAGCAGTTCAATTACACACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118881 CTGACACCATTGATTTTGGCAACTCAGAAGCAGTTCAATTACACACACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGTGCTGGAGCATCTGCCTTCGGAAAG         AACCTTTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118931 CTGTGCTGGAGCATCTGCCTTCGGAAAGGTG...TAGAACCTTTTGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAGTAGCAGCCAAACTTGAGGTTGCCCCGATTTCTGACATCATTGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123457 GAGTAGCAGCCAAACTTGAGGTTGCCCCGATTTCTGACATCATTGCAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGTCACCTGACACATTTGTGAGAACTATTTATGCAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123507 AAGTCACCTGACACATTTGTGAGAACTATTTATGCAGGTG...CAGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCTCTATGTACAGTGAAGTGTGATGAGAAAGTGAAAGTGTTTTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124912 TGCTCTATGTACAGTGAAGTGTGATGAGAAAGTGAAAGTGTTTTCTGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGGAACATCCTTTGATGCTGCAGCAACAAGTGGCGGTAGTGCCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124962 GTGGAACATCCTTTGATGCTGCAGCAACAAGTGGCGGTAGTGCCAGTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAAGG         CATCAAGTACTTCACCAGTGGAAATATCAGAGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125012 GAAAAGGGTG...CAGCATCAAGTACTTCACCAGTGGAAATATCAGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTTGACCAGAAATTAACAAAAAGTGATCGACCAGAGCTAACAGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125685 GCTTGACCAGAAATTAACAAAAAGTGATCGACCAGAGCTAACAGGTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGTGGTGGTATCTGGTG         GTCGAGGCTTGAAGAGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125735 AAGTGGTGGTATCTGGTGGTA...GAGGTCGAGGCTTGAAGAGTGGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AACTTTAAGTTGTTATATGACTTGGCAGATCAACTACATGCTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 127587 AACTTTAAGTTGTTATATGACTTGGCAGATCAACTACATGCTGCAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734      TTGGTGCTTCCCGTGCTGCTGTTGATGCTGGCTTTGTTCCCAATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127637 ..TAGTTGGTGCTTCCCGTGCTGCTGTTGATGCTGGCTTTGTTCCCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACATGCAAGTTGGACAGACGGGAAAAATAGTAGCACCA         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 136940 ACATGCAAGTTGGACAGACGGGAAAAATAGTAGCACCAGTA...CAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTTTATATTGCTGTTGGAATATCTGGAGCCATCCAACATTTAGCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179994 CTTTATATTGCTGTTGGAATATCTGGAGCCATCCAACATTTAGCTGGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAAGACAGCAAG         ACAATTGTGGCAATTAATAAAGACCCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 180044 GAAAGACAGCAAGGTA...CAGACAATTGTGGCAATTAATAAAGACCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AAGCTCCAATTTTCCAAGTGGCAGATTATGGAATAGTTGCAGATTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185488 AAGCTCCAATTTTCCAAGTGGCAGATTATGGAATAGTTGCAGATTTATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    961 AAG         GTAGTTCCTGAAATGACTGAGATATTGAAGAAAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185538 AAGGTA...CAGGTAGTTCCTGAAATGACTGAGATATTGAAGAAAAAA