seq1 = pF1KB3619.tfa, 2706 bp
seq2 = pF1KB3619/gi568815575f_129440440.tfa (gi568815575f:129440440_129690267), 249828 bp

>pF1KB3619 2706
>gi568815575f:129440440_129690267 (ChrX)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-122  (100302-100384)   100% ->
123-202  (104519-104598)   100% ->
203-241  (108124-108162)   100% ->
242-352  (116886-116996)   100% ->
353-442  (117422-117511)   100% ->
443-563  (118194-118314)   100% ->
564-725  (118401-118562)   100% ->
726-827  (120111-120212)   100% ->
828-942  (120740-120854)   100% ->
943-1059  (121945-122061)   100% ->
1060-1247  (122160-122347)   100% ->
1248-1359  (125333-125444)   100% ->
1360-1469  (126815-126924)   100% ->
1470-1605  (128825-128960)   100% ->
1606-1716  (134701-134811)   100% ->
1717-1882  (135458-135623)   100% ->
1883-2118  (135878-136113)   100% ->
2119-2142  (143905-143928)   100% ->
2143-2259  (146563-146679)   100% ->
2260-2344  (147740-147824)   100% ->
2345-2472  (148447-148574)   100% ->
2473-2584  (149406-149517)   100% ->
2585-2706  (149707-149828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGCCGCTCCCGGTCGGAGCCCAGCCGCTTGCC         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGAGCCGCCGCTCCCGGTCGGAGCCCAGCCGCTTGCCGTA...CCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TACTGTCGAGGGTATGGAGATGAAGGGTCCTCTCCGGGAGCCCTGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100304 TACTGTCGAGGGTATGGAGATGAAGGGTCCTCTCCGGGAGCCCTGCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACCCTAGCCCAGAGGAACGGGCAATATGA         GTTAATAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100354 TGACCCTAGCCCAGAGGAACGGGCAATATGAGTA...TAGGTTAATAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGTTGCATGAGAAGGAACAGCATGTTCAAGATATCATTCCTATAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104529 CAGTTGCATGAGAAGGAACAGCATGTTCAAGATATCATTCCTATAAATAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACTTCAGATGTGTTCAAG         AAGCAGAAGAAACTCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104579 CCACTTCAGATGTGTTCAAGGTA...CAGAAGCAGAAGAAACTCTTTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGACATAGCTTCTAACA         GTGGCTGCAAAATTCGGGTTCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108145 TTGACATAGCTTCTAACAGTG...TAGGTGGCTGCAAAATTCGGGTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GGGGACTGGATCAGAGAGCGCCGCTTTGAAATCCCTGATGAGGAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116909 GGGGACTGGATCAGAGAGCGCCGCTTTGAAATCCCTGATGAGGAACACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTTGAAGTTCCTCTCAGCTGTCCTTGCTGCTCAGAAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116959 TTTGAAGTTCCTCTCAGCTGTCCTTGCTGCTCAGAAAGGTA...TAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGTCACAGCTTCTTGTTCCAGAGCAAAAGGACTCATCTAGCTGGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117425 AGTCACAGCTTCTTGTTCCAGAGCAAAAGGACTCATCTAGCTGGTACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAATTAGACACTAAGGACAAACCTTCTGTTTTTTCAG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117475 AAATTAGACACTAAGGACAAACCTTCTGTTTTTTCAGGTA...CAGGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCTTGGATTTGAAGACAATTTTTCTTCTATGAATTTGGACAAGAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118198 TCTTGGATTTGAAGACAATTTTTCTTCTATGAATTTGGACAAGAAAATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATTCACAAAATCAGCCTACTGGGATTCATCGGGAACCCCCACCTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118248 ATTCACAAAATCAGCCTACTGGGATTCATCGGGAACCCCCACCTCCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTTCAGTGAATAAAAT         GCTTCCACGTGAAAAAGAAGCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118298 TTTTCAGTGAATAAAATGTA...TAGGCTTCCACGTGAAAAAGAAGCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TAACAAGGAGCAGCCCAAAGTGACCAACACCATGCGGAAGCTCTTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118425 TAACAAGGAGCAGCCCAAAGTGACCAACACCATGCGGAAGCTCTTTGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAAATACCCAATCTGGGCAGCGGGAGGGTCTCATCAAACATATCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118475 CAAATACCCAATCTGGGCAGCGGGAGGGTCTCATCAAACATATCCTGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGCGAGAGAAAGAATATGTCAACATTCAGACTTTCAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118525 AAGCGAGAGAAAGAATATGTCAACATTCAGACTTTCAGGTT...TAGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTTTGTTGGAACTTGGAATGTGAATGGCCAGTCTCCAGATAGCGGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120114 TTTTGTTGGAACTTGGAATGTGAATGGCCAGTCTCCAGATAGCGGGTTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AACCTTGGCTGAACTGTGATCCCAATCCTCCTGATATCTACTGCATTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120164 AACCTTGGCTGAACTGTGATCCCAATCCTCCTGATATCTACTGCATTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828         ATTCCAAGAACTGGACTTGAGCACAGAAGCCTTCTTCTACTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120214 TA...CAGATTCCAAGAACTGGACTTGAGCACAGAAGCCTTCTTCTACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGAATCTGTGAAGGAACAAGAATGGTCCATGGCTGTAGAGAGAGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120782 TGAATCTGTGAAGGAACAAGAATGGTCCATGGCTGTAGAGAGAGGTTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATTCCAAAGCCAAGTATAAGAAA         GTTCAACTGGTGCGCCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120832 ATTCCAAAGCCAAGTATAAGAAAGTA...TAGGTTCAACTGGTGCGCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTTGGGATGATGCTTCTTATATTTGCCAGAAAGGATCAGTGTCGATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121963 GTTGGGATGATGCTTCTTATATTTGCCAGAAAGGATCAGTGTCGATACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCGTGATATTGCTACAGAAACAGTTGGAACTGGAATCATGGGGAAAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122013 TCGTGATATTGCTACAGAAACAGTTGGAACTGGAATCATGGGGAAAATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060         GGAAACAAAGGTGGGGTAGCTGTGAGATTTGTATTTCACAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122063 TG...CAGGGAAACAAAGGTGGGGTAGCTGTGAGATTTGTATTTCACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACCACCTTTTGCATTGTCAATTCCCATCTGGCTGCACACGTGGAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122202 ACCACCTTTTGCATTGTCAATTCCCATCTGGCTGCACACGTGGAGGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGAGAGAAGGAATCAAGATTATAAGGACATTTGTGCGAGAATGAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122252 TGAGAGAAGGAATCAAGATTATAAGGACATTTGTGCGAGAATGAGTTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGTCCCAAATCAGACCCTCCCGCAGTTGAACATCATGAAACATGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122302 TGGTCCCAAATCAGACCCTCCCGCAGTTGAACATCATGAAACATGAGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1248      GGTTGTCATTTGGTTGGGAGATTTGAATTATAGACTTTGCATGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122352 ..TAGGGTTGTCATTTGGTTGGGAGATTTGAATTATAGACTTTGCATGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGATGCCAATGAGGTGAAAAGTCTTATTAATAAGAAAGACCTTCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125378 TGATGCCAATGAGGTGAAAAGTCTTATTAATAAGAAAGACCTTCAGAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCTTGAAATTCGACCAG         CTAAATATTCAGCGCACACAGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125428 TCTTGAAATTCGACCAGGTA...TAGCTAAATATTCAGCGCACACAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AAAGCTTTTGTTGACTTCAATGAAGGGGAAATCAAGTTCATCCCCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126839 AAAGCTTTTGTTGACTTCAATGAAGGGGAAATCAAGTTCATCCCCACTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TAAGTATGACTCTAAAACAGACCGGTGGGATTCCAG         TGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126889 TAAGTATGACTCTAAAACAGACCGGTGGGATTCCAGGTA...CAGTGGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AATGCCGGGTTCCAGCCTGGTGTGACCGAATTCTTTGGAGAGGAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128830 AATGCCGGGTTCCAGCCTGGTGTGACCGAATTCTTTGGAGAGGAACAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTTAATCAGCTTAATTATCGGAGTCACATGGAACTGAAAACCAGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128880 GTTAATCAGCTTAATTATCGGAGTCACATGGAACTGAAAACCAGCGACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CAAGCCTGTTAGCGCCCTCTTCCATATTGGG         GTGAAGGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128930 CAAGCCTGTTAGCGCCCTCTTCCATATTGGGGTA...CAGGTGAAGGTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TGGATGAACGAAGGTACCGGAAAGTCTTTGAAGATAGTGTACGCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134711 TGGATGAACGAAGGTACCGGAAAGTCTTTGAAGATAGTGTACGCATCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GACAGAATGGAAAATGACTTCCTTCCTTCCTTAGAACTCAGCAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134761 GACAGAATGGAAAATGACTTCCTTCCTTCCTTAGAACTCAGCAGGAGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 G         TTTGTGTTTGAAAATGTGAAGTTTCGGCAACTACAAAAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134811 GGTG...CAGTTTGTGTTTGAAAATGTGAAGTTTCGGCAACTACAAAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AGAAGTTCCAGATCAGCAACAATGGACAGGTTCCCTGCCATTTTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135498 AGAAGTTCCAGATCAGCAACAATGGACAGGTTCCCTGCCATTTTTCTTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ATCCCTAAACTTAATGACAGCCAGTACTGCAAGCCATGGCTTCGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135548 ATCCCTAAACTTAATGACAGCCAGTACTGCAAGCCATGGCTTCGGGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ACCTTTTGAGGGCTACTTGGAGCCAA         ATGAGACAGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 135598 ACCTTTTGAGGGCTACTTGGAGCCAAGTG...CAGATGAGACAGTGGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TTTCTCTTGATGTGTATGTCAGCAAAGACTCTGTAACCATCCTGAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135893 TTTCTCTTGATGTGTATGTCAGCAAAGACTCTGTAACCATCCTGAACTCG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGAGAAGATAAGATTGAAGATATTCTCGTCCTTCACCTGGATCGAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135943 GGAGAAGATAAGATTGAAGATATTCTCGTCCTTCACCTGGATCGAGGCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 AGATTACTTCTTGACTATCAGTGGAAATTACCTCCCAAGTTGTTTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135993 AGATTACTTCTTGACTATCAGTGGAAATTACCTCCCAAGTTGTTTTGGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CATCCTTAGAGGCTCTGTGCCGTATGAAAAGACCAATCCGAGAAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136043 CATCCTTAGAGGCTCTGTGCCGTATGAAAAGACCAATCCGAGAAGTTCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTTACCAAACTCATAGACTTG         GAAGAAGACAGCTTCCTAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136093 GTTACCAAACTCATAGACTTGGTA...CAGGAAGAAGACAGCTTCCTAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AAAG         GAGAAATCCCTTCTGCAAATGGTTCCTTTGGATGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143925 AAAGGTA...TAGGAGAAATCCCTTCTGCAAATGGTTCCTTTGGATGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GTGCCAGTGAGAGACCCCTTCAGGTTCCCAAGGAGATCTGGCTTCTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146600 GTGCCAGTGAGAGACCCCTTCAGGTTCCCAAGGAGATCTGGCTTCTAGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GATCACCTATTCAAATACGCCTGTCACCAG         GAGGACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 146650 GATCACCTATTCAAATACGCCTGTCACCAGGTA...TAGGAGGACCTGTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CCAGACCCCTGGAATGCAGGAAGAGCTCCAGCAGATCATTGATTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147751 CCAGACCCCTGGAATGCAGGAAGAGCTCCAGCAGATCATTGATTGTCTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ATACCAGCATTCCTGAGACAATCC         CTGGCAGCAACCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 147801 ATACCAGCATTCCTGAGACAATCCGTA...CAGCTGGCAGCAACCACTCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GTGGCTGAAGCACTGCTCATTTTCTTGGAAGCCCTGCCAGAGCCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148464 GTGGCTGAAGCACTGCTCATTTTCTTGGAAGCCCTGCCAGAGCCAGTCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 CTGTTACGAGCTGTATCAGCGATGTCTTGACTCTGCTTATGATCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148514 CTGTTACGAGCTGTATCAGCGATGTCTTGACTCTGCTTATGATCCCCGGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 TCTGCCGACAG         GTGATCTCCCAGCTTCCGAGATGCCATAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 148564 TCTGCCGACAGGTG...CAGGTGATCTCCCAGCTTCCGAGATGCCATAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 AATGTTTTCCGTTACTTGATGGCATTCCTTCGAGAACTCTTAAAATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149436 AATGTTTTCCGTTACTTGATGGCATTCCTTCGAGAACTCTTAAAATTCTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 TGAATACAATAGCGTCAATGCCAACATGATCG         CTACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 149486 TGAATACAATAGCGTCAATGCCAACATGATCGGTA...TAGCTACTCTCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 TCACTAGTCTTCTCCTGAGGCCTCCACCCAACCTTATGGCAAGACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149716 TCACTAGTCTTCTCCTGAGGCCTCCACCCAACCTTATGGCAAGACAGACT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 CCAAGTGACCGCCAGCGTGCTATTCAGTTCCTTCTGGGCTTTCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149766 CCAAGTGACCGCCAGCGTGCTATTCAGTTCCTTCTGGGCTTTCTGCTTGG

   2900     .    :
   2694 GAGCGAAGAAGAC
        |||||||||||||
 149816 GAGCGAAGAAGAC