seq1 = pF1KB3596.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KB3596/gi568815589f_99005206.tfa (gi568815589f:99005206_99249302), 244097 bp

>pF1KB3596 1509
>gi568815589f:99005206_99249302 (Chr9)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-343  (123650-123895)   100% ->
344-574  (127304-127534)   100% ->
575-805  (132654-132884)   100% ->
806-973  (137331-137498)   100% ->
974-1130  (139527-139683)   100% ->
1131-1255  (141280-141404)   100% ->
1256-1386  (142449-142579)   100% ->
1387-1509  (143975-144097)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGGCGGTCGCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGGCGGTCGCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGACAATTTTACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGCGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGACAATTTTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGTGACAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCTGTCACAGAGACCACAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123694 TGTGTGACAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCTGTCACAGAGACCACAGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTATACACAACAGCATGTGTATAGCTGAAATTGACTTAATTCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123744 AGTTATACACAACAGCATGTGTATAGCTGAAATTGACTTAATTCCTCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAGGCCGTTTGTATGTGCACCCTCTTCAAAAACTGGGTCTGTGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123794 ATAGGCCGTTTGTATGTGCACCCTCTTCAAAAACTGGGTCTGTGACTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACATATTGCTGCAATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTCCAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123844 ACATATTGCTGCAATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTCCAACTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TG         TAAAGTCATCACCTGGCCTTGGTCCTGTGGAACTGGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123894 TGGTA...CAGTAAAGTCATCACCTGGCCTTGGTCCTGTGGAACTGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTCATTGCTGGACCAGTGTGCTTCGTCTGCATCTCACTCATGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127343 CTGTCATTGCTGGACCAGTGTGCTTCGTCTGCATCTCACTCATGTTGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTATATCTGCCACAACCGCACTGTCATTCACCATCGAGTGCCAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127393 GTCTATATCTGCCACAACCGCACTGTCATTCACCATCGAGTGCCAAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAGGACCCTTCATTAGATCGCCCTTTTATTTCAGAGGGTACTACGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127443 AGAGGACCCTTCATTAGATCGCCCTTTTATTTCAGAGGGTACTACGTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGACTTAATTTATGATATGACAACGTCAGGTTCTGGCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127493 AAGACTTAATTTATGATATGACAACGTCAGGTTCTGGCTCAGGTA...TA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  GTTTACCATTGCTTGTTCAGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132653 GGTTTACCATTGCTTGTTCAGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAAAGCATTGGCAAAGGTCGATTTGGAGAAGTTTGGAGAGGAAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132703 AGAAAGCATTGGCAAAGGTCGATTTGGAGAAGTTTGGAGAGGAAAGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGAAGAACGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132753 GGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGAAGAACGTTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGTTCCGTGAGGCAGAGATTTATCAAACTGTAATGTTACGTCATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132803 TGGTTCCGTGAGGCAGAGATTTATCAAACTGTAATGTTACGTCATGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATCCTGGGATTTATAGCAGCAGACAATAAAG         ACAATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132853 CATCCTGGGATTTATAGCAGCAGACAATAAAGGTC...CAGACAATGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137340 CTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGATTACTTAAACAGATACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137390 TTTGATTACTTAAACAGATACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCTCTGTCCACGGCGAGCGGTCTTGCCCATCTTCACATGGAGATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137440 TGCTCTGTCCACGGCGAGCGGTCTTGCCCATCTTCACATGGAGATTGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTACCCAAG         GAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 137490 GTACCCAAGGTA...TAGGAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCAAAGAATATCTTGGTAAAGAAGAATGGAACTTGCTGTATTGCAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139559 TCAAAGAATATCTTGGTAAAGAAGAATGGAACTTGCTGTATTGCAGACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCCACAGATACCATTGATATTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139609 AGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCCACAGATACCATTGATATTGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAG         GTACATGGCCCCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 139659 CAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAGGTA...TAGGTACATGGCCCCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTTCTCGATGATTCCATAAATATGAAACATTTTGAATCCTTCAAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141296 GTTCTCGATGATTCCATAAATATGAAACATTTTGAATCCTTCAAACGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAATTGCTCGACGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141346 TGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAATTGCTCGACGATGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCATTGGTG         GAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141396 CCATTGGTGGTA...CAGGAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GATCTTGTACCTTCTGACCCATCAGTTGAAGAAATGAGAAAAGTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142481 GATCTTGTACCTTCTGACCCATCAGTTGAAGAAATGAGAAAAGTTGTTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142531 TGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387         GCCTTGAGAGTAATGGCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142581 TG...TAGGCCTTGAGAGTAATGGCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAGCATTGCGGATTAAGAAAACATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144017 GCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAGCATTGCGGATTAAGAAAACATTATC

   1550     .    :    .    :    .    :
   1479 GCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 144067 GCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG