seq1 = pF1KB3580.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB3580/gi568815595r_122326988.tfa (gi568815595r:122326988_122596565), 269578 bp

>pF1KB3580 1614
>gi568815595r:122326988_122596565 (Chr3)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-237  (129137-129244)   99% ->
238-337  (132525-132624)   100% ->
338-432  (135248-135342)   100% ->
433-564  (142565-142696)   100% ->
565-653  (144502-144590)   100% ->
654-753  (144933-145032)   100% ->
754-917  (146829-146992)   100% ->
918-996  (154450-154528)   100% ->
997-1122  (159271-159396)   100% ->
1123-1250  (162778-162905)   100% ->
1251-1429  (168850-169028)   100% ->
1430-1614  (169394-169578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACCCCAGGAAAAGAGAACTTTCGCCTGAAAAGTTACAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACCCCAGGAAAAGAGAACTTTCGCCTGAAAAGTTACAAGAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTCTGAATCCCGATGAGATGCGCAGGAGGAGGGAGGAAGAAGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCTCTGAATCCCGATGAGATGCGCAGGAGGAGGGAGGAAGAAGGACTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTACGAAAGCAGAAAAGAGAAGAGCAG         TTATTCAAGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AGTTACGAAAGCAGAAAAGAGAAGAGCAGGTA...CAGTTATTCAAGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAATGTTGCTACAGCAGAAGAAGAAACAGAAGAAGAAGTTATGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129149 AGAAATGTTGCTACAGCAGAAGAAGAAACAGAAGAAGAAGTTATGTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAGGCTTTCATGAGGCTCAGATTAATAACATGGAGATGGCACCA    
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>.
 129199 TGGAGGCTTTCATGAGGCTCAGATTAGTAACATGGAGATGGCACCAGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GGTGGTGTCATCACTTCTGACATGATTGAAATGATATTTTCCAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129249 ..CAGGGTGGTGTCATCACTTCTGACATGATTGAAATGATATTTTCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCCCAGAGCAACAGCTTTCAGCAACACAGAAATTCAGGAAGCTGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132570 AGCCCAGAGCAACAGCTTTCAGCAACACAGAAATTCAGGAAGCTGCTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAG         AACCTAACCCTCCTATTGATGAAGTTATCAGCACAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132620 AAAAGGTG...CAGAACCTAACCCTCCTATTGATGAAGTTATCAGCACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGAGTAGTGGCCAGGTTTGTGGAGTTCCTCAAACGAAAAGAGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135284 CAGGAGTAGTGGCCAGGTTTGTGGAGTTCCTCAAACGAAAAGAGAATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACACTGCAG         TTTGAATCAGCTTGGGTACTGACAAATATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 135334 ACACTGCAGGTG...TAGTTTGAATCAGCTTGGGTACTGACAAATATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCAGGAAATTCTCTTCAGACCCGAATTGTGATTCAGGCAGGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142597 TTCAGGAAATTCTCTTCAGACCCGAATTGTGATTCAGGCAGGAGCTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATCTTCATAGAGTTGCTCAGCTCAGAGTTTGAAGATGTCCAGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142647 CCATCTTCATAGAGTTGCTCAGCTCAGAGTTTGAAGATGTCCAGGAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          GCAGTCTGGGCTCTTGGCAACATTGCTGGAGATAGTACCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142697 GTA...CAGGCAGTCTGGGCTCTTGGCAACATTGCTGGAGATAGTACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGCAGGGACTATGTCTTAGACTGCAATATCCTTCCCCCTCTTTTGCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 144543 GTGCAGGGACTATGTCTTAGACTGCAATATCCTTCCCCCTCTTTTGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654        GTTATTTTCAAAGCAAAACCGCCTGACCATGACCCGGAATGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144593 A...TAGGTTATTTTCAAAGCAAAACCGCCTGACCATGACCCGGAATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTATGGGCTTTGTCTAATCTCTGTAGAGGGAAAAGTCCACCTCCAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144976 GTATGGGCTTTGTCTAATCTCTGTAGAGGGAAAAGTCCACCTCCAGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCAAAG         GTTTCTCCATGTCTGAATGTGCTTTCCTGGTTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145026 TGCAAAGGTA...CAGGTTTCTCCATGTCTGAATGTGCTTTCCTGGTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTTTGTCAGTGACACTGATGTACTGGCTGATGCCTGCTGGGCCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146863 TGTTTGTCAGTGACACTGATGTACTGGCTGATGCCTGCTGGGCCCTCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATCTATCAGATGGACCCAATGATAAAATTCAAGCGGTCATCGATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146913 TATCTATCAGATGGACCCAATGATAAAATTCAAGCGGTCATCGATGCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTATGTAGGAGACTTGTGGAACTGCTGAT         GCATAATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 146963 AGTATGTAGGAGACTTGTGGAACTGCTGATGTA...CAGGCATAATGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATAAAGTGGTTTCTCCTGCTTTGCGAGCTGTGGGAAACATTGTCACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154461 ATAAAGTGGTTTCTCCTGCTTTGCGAGCTGTGGGAAACATTGTCACAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGATATTCAGACACAG         GTAATTCTGAATTGCTCAGCTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 154511 GATGATATTCAGACACAGGTA...TAGGTAATTCTGAATTGCTCAGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCAGAGTTTATTGCATTTGCTGAGTAGCCCAAAGGAATCTATCAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159294 GCAGAGTTTATTGCATTTGCTGAGTAGCCCAAAGGAATCTATCAAAAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGCATGTTGGACGATATCTAATATTACAGCTGGAAATAGGGCACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159344 AAGCATGTTGGACGATATCTAATATTACAGCTGGAAATAGGGCACAGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAG         ACTGTGATAGATGCCAACATTTTCCCAGCCCTCATTAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159394 CAGGTA...TAGACTGTGATAGATGCCAACATTTTCCCAGCCCTCATTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TATTTTACAAACTGCTGAATTTCGGACAAGAAAAGAAGCAGCTTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162816 TATTTTACAAACTGCTGAATTTCGGACAAGAAAAGAAGCAGCTTGGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCACAAATGCAACTTCTGGAGGATCAGCTGAACAGATCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 162866 TCACAAATGCAACTTCTGGAGGATCAGCTGAACAGATCAAGTA...TAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACCTAGTAGAACTGGGTTGTATCAAGCCGCTCTGTGATCTCCTCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168851 TACCTAGTAGAACTGGGTTGTATCAAGCCGCTCTGTGATCTCCTCACGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATGGACTCTAAGATTGTACAGGTTGCCCTAAATGGCTTGGAAAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168901 CATGGACTCTAAGATTGTACAGGTTGCCCTAAATGGCTTGGAAAATATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAGGCTTGGAGAACAGGAAGCCAAAAGGAATGGCACTGGCATTAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168951 TGAGGCTTGGAGAACAGGAAGCCAAAAGGAATGGCACTGGCATTAACCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TACTGTGCTTTGATTGAAGAAGCTTATG         GTCTGGATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 169001 TACTGTGCTTTGATTGAAGAAGCTTATGGTA...TAGGTCTGGATAAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGAGTTCTTACAGAGTCATGAAAACCAGGAGATCTACCAAAAGGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169407 TGAGTTCTTACAGAGTCATGAAAACCAGGAGATCTACCAAAAGGCCTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATCTTATTGAGCATTACTTCGGGACCGAAGATGAAGACAGCAGCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169457 ATCTTATTGAGCATTACTTCGGGACCGAAGATGAAGACAGCAGCATTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCCAGGTTGACCTTAACCAGCAGCAGTACATCTTCCAACAGTGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169507 CCCCAGGTTGACCTTAACCAGCAGCAGTACATCTTCCAACAGTGTGAGGC

   1700     .    :    .    :
   1593 TCCTATGGAAGGTTTCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||
 169557 TCCTATGGAAGGTTTCCAGCTT