seq1 = pF1KB3574.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KB3574/gi568815588f_122909030.tfa (gi568815588f:122909030_123153762), 244733 bp

>pF1KB3574 1296
>gi568815588f:122909030_123153762 (Chr10)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-202  (125327-125486)   100% ->
203-303  (128718-128818)   100% ->
304-510  (131437-131643)   100% ->
511-681  (132180-132350)   99% ->
682-807  (134017-134142)   100% ->
808-900  (135364-135456)   100% ->
901-990  (138180-138269)   100% ->
991-1128  (142020-142157)   100% ->
1129-1228  (144032-144131)   100% ->
1229-1296  (144666-144733)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCCTGGCAGTGCGGTTGCTGCGCGGCAGCAGGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGAGGGCCTGGCAGTGCGGTTGCTGCGCGGCAGCAGGCTGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CTAAGAAGAAATTTCCTGACTTGTTTGTCTTCTTGGAAGATTCCTCCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125326 GCTAAGAAGAAATTTCCTGACTTGTTTGTCTTCTTGGAAGATTCCTCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTCTCAAAATCTTCCCAGTCAGAAGCTCTACTCAATATAACAAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125376 ATGTCTCAAAATCTTCCCAGTCAGAAGCTCTACTCAATATAACAAATAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAATACACTTTGCTCCCCTGCAAACATTTACAGATGAGGAAATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125426 GGAATACACTTTGCTCCCCTGCAAACATTTACAGATGAGGAAATGATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGAGTTCAG         TTAAAAAATTTGCTCAGGAACAAATTGCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125476 AAAGAGTTCAGGTA...CAGTTAAAAAATTTGCTCAGGAACAAATTGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTTGGTTTCAACCATGGATGAAAATTCGAAAATGGAGAAATCAGTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128748 CTTTGGTTTCAACCATGGATGAAAATTCGAAAATGGAGAAATCAGTAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGGATTATTTCAACAAGGG         TTGATGGGTATTGAAGTTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128798 CAAGGATTATTTCAACAAGGGGTA...TAGTTGATGGGTATTGAAGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCAGAATATGGAGGCACAGGAGCTTCATTTTTATCCACTGTGCTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131457 CCCAGAATATGGAGGCACAGGAGCTTCATTTTTATCCACTGTGCTCGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGAGGAATTAGCCAAAGTTGATGCATCTGTGGCTGTCTTTTGTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131507 TAGAGGAATTAGCCAAAGTTGATGCATCTGTGGCTGTCTTTTGTGAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGAACACATTAATTAACACACTGATTAGAAAACATGGAACAGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131557 CAGAACACATTAATTAACACACTGATTAGAAAACATGGAACAGAAGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAGGCCACCTATTTGCCTCAGCTCACTACAGAAAAA         GTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131607 AAAGGCCACCTATTTGCCTCAGCTCACTACAGAAAAAGTG...TAGGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAGTTTCTGCCTTTCAGAGGCTGGAGCAGGTAGTGACTCATTTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132184 GAAGTTTCTGCCTTTCAGAGGCTGGAGCAGGTAGTGACTCATTTGCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGACCAGAGCTGATAAAGAGGGAGATTATTATGTCCTCAATGGATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132234 AAGACCAGAGCTGATAAAGAGGGAGATTATTATGTCCTCAATGGATCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGTGGATCAGCAGTGCTGAGCATGCAGGGCTCTTTCTGGTGATGGCAA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 132284 GATGTGGATCAGCAGTGCTGAGCACGCAGGGCTCTTTCTGGTGATGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGTAGACCCTACCATT         GGATATAAGGGAATTACCTCCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132334 ATGTAGACCCTACCATTGTA...TAGGGATATAAGGGAATTACCTCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTAGTAGATCGTGATACTCCGGGCCTTCATATAGGGAAACCTGAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134041 TTAGTAGATCGTGATACTCCGGGCCTTCATATAGGGAAACCTGAAAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTGGGGCTCAGAGCTTCTTCCACCTGCCCGTTAACATTCGAAAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134091 ATTGGGGCTCAGAGCTTCTTCCACCTGCCCGTTAACATTCGAAAATGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         GTTCCAGAAGCCAATATCTTGGGACAAATTGGACATGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134141 AGGTG...CAGGTTCCAGAAGCCAATATCTTGGGACAAATTGGACATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATAAGTATGCCATAGGGAGTCTCAATGAAGGTAGAATAGGAATTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135403 TATAAGTATGCCATAGGGAGTCTCAATGAAGGTAGAATAGGAATTGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAG         ATGCTGGGACTGGCGCAAGGATGTTTTGACTACACTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135453 ACAGGTA...CAGATGCTGGGACTGGCGCAAGGATGTTTTGACTACACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTCCATATATTAAAGAAAGGATACAATTTGGCAAAAGACTATTTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138217 TTCCATATATTAAAGAAAGGATACAATTTGGCAAAAGACTATTTGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAG         GGCCTCCAACACCAAGTGGCTCACGTGGCCACCCAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138267 CAGGTA...CAGGGCCTCCAACACCAAGTGGCTCACGTGGCCACCCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAAGCTGCAAGATTACTAACATACAATGCTGCTAGGCTTTTAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142058 GGAAGCTGCAAGATTACTAACATACAATGCTGCTAGGCTTTTAGAAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAAGCCATTCATAAAAGAAGCGTCAATGGCCAAATACTATGCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142108 GAAAGCCATTCATAAAAGAAGCGTCAATGGCCAAATACTATGCATCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129          ATTGCAGGACAAACAACGAGTAAATGTATCGAGTGGATGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142158 GTA...TAGATTGCAGGACAAACAACGAGTAAATGTATCGAGTGGATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGAGTAGGCTACACCAAAGATTACCCTGTGGAGAAATACTTCCGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144073 GGGAGTAGGCTACACCAAAGATTACCCTGTGGAGAAATACTTCCGAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAAAGATTG         GTACGATATATGAAGGAGCTTCCAACATCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 144123 CAAAGATTGGTA...AAGGTACGATATATGAAGGAGCTTCCAACATCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1261 TTGAACACCATTGCAAAGCATATCGATGCAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144698 TTGAACACCATTGCAAAGCATATCGATGCAGAATAC