seq1 = pF1KB3561.tfa, 621 bp
seq2 = pF1KB3561/gi568815578r_1210444.tfa (gi568815578r:1210444_1413468), 203025 bp

>pF1KB3561 621
>gi568815578r:1210444_1413468 (Chr20)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-305  (100707-100882)   100% ->
306-477  (100961-101132)   98% ->
478-569  (102578-102669)   100% ->
570-621  (102974-103025)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCACCGGTAACCGGGTACAGCCTGGGCGTGCGGCGAGCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCACCGGTAACCGGGTACAGCCTGGGCGTGCGGCGAGCTGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCCCGGGGTGCGCGAGATCCACCTGTGCAAGGACGAGCGCGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCCCGGGGTGCGCGAGATCCACCTGTGCAAGGACGAGCGCGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGCTGAGGCTGCGGAAGGTCGACCAG         GGGCTCTTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CCGGGCTGAGGCTGCGGAAGGTCGACCAGGTA...CAGGGGCTCTTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTTGGTCCAGGCCAACACCCCTGCATCCCTTGTGGGGCTGCGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100719 CAGTTGGTCCAGGCCAACACCCCTGCATCCCTTGTGGGGCTGCGCTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACCAGCTCCTGCAGATTGACGGGCGTGACTGTGCTGGGTGGAGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 GGACCAGCTCCTGCAGATTGACGGGCGTGACTGTGCTGGGTGGAGCTCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAAGCCCATCAGGTGGTGAAGAAGGCATCAGGCGATAAGATTGTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 ACAAAGCCCATCAGGTGGTGAAGAAGGCATCAGGCGATAAGATTGTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGTTCGGGACAG         GCCATTCCAGCGGACTGTCACCATGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>||| |||||||||||||||||||||||
 100869 GTGGTTCGGGACAGGTG...CAGGCCGTTCCAGCGGACTGTCACCATGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGACAGCATGGGCCACGTCGGCTTCGTGATCAAGAAGGGGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100988 CAAGGACAGCATGGGCCACGTCGGCTTCGTGATCAAGAAGGGGAAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCTCTGGTCAAAGGGAGTTCTGCGGCCCGCAACGGGCTCCTCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101038 TCTCTCTGGTCAAAGGGAGTTCTGCGGCCCGCAACGGGCTCCTCACCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTACGTGTGTGAGGTAGACGGGCAGAATGTTATCGGGCTGAAG     
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101088 CACTACGTGTGTGAGGTGGACGGGCAGAATGTTATCGGGCTGAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     GACAAAAAGATCATGGAGATTCTGGCCACGGCTGGGAACGTTGTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101138 .TAGGACAAAAAGATCATGGAGATTCTGGCCACGGCTGGGAACGTTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTGACCATCATCCCCAGTGTGATCTACGAGCACATGGTCAAAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102624 CCCTGACCATCATCCCCAGTGTGATCTACGAGCACATGGTCAAAAAGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      GTTGCCTCCAGTCCTGCTCCACCACACCATGGACCACTCCATCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102674 ..CAGGTTGCCTCCAGTCCTGCTCCACCACACCATGGACCACTCCATCCC

    650     .
    615 AGATGCC
        |||||||
 103019 AGATGCC